一、普通小麦品质性状遗传与QTL分析（论文文献综述）
张霞[1]（2021）在《小偃麦种质系SN304的鉴定及重要性状QTL分析》文中认为中间偃麦草（Thinopyrum intermedium,2n=6x=42）是小麦重要的近缘植物之一,具有生长繁茂、大穗多花、抗逆性强、适应性广等特点,对多种病虫害有良好的抗性,是小麦进行遗传改良的重要基因库。利用中间偃麦草和普通小麦的远缘杂交创制的小偃麦种质系,保留了中间偃麦草的多种优良性状,是向小麦转移中间偃麦草优异基因的重要桥梁材料。目前,中间偃麦草向普通小麦转移优异的抗病、抗虫基因报道较多,关于中间偃麦草中产量相关性状的研究较少。本研究利用分子细胞遗传学和重测序等技术,对小麦-中间偃麦草种质系SN304的遗传组成进行鉴定;同时利用SN304和普通小麦YN15创建RIL群体,利用简化基因组测序手段构建了高质量的遗传图谱,进而对其不同环境中的重要性状进行QTL分析,定位来自中间偃麦草重要性状的QTL,并筛选综合性状优异的小偃麦新种质。主要结果如下:1.以中间偃麦草基因组DNA为探针对SN304进行基因组原位杂交（GISH）分析,结果没有检测到中间偃麦草的杂交信号;利用寡核苷酸探针套对SN304和YN15进行荧光原位杂交（FISH）分析,结果发现两者在2A、7A、2B、3B、6B和7B染色体上存在明显的杂交信号差异;利用多对分子标记在SN304中扩增出中间偃麦草的特异条带。以上结果表明SN304属于小麦-中间偃麦草隐形渐渗系。2.利用包含296个家系的SN304和YN15创建的RIL群体,通过SLAF-seq技术开发多态性标记并进行遗传连锁图谱的构建,最终获得一个包含3053个标记的遗传连锁图谱,包括18个连锁群,全长1401.44cM,标记间平均遗传距离为0.46cM。3.在不同栽培环境条件下,对SN304、YN15及RIL群体的24个重要性状进行田间调查并统计分析,除生育期等个别性状外,亲本SN304的多个重要性状均显着高于YN15,RIL群体的大多数重要性状在不同环境中均表现连续变异,变异系数在正常范围内,在基因型和环境间均达到显着水平。4.不同肥力条件下,通过连锁分析和全基因组关联分析（GWAS）同时对24个重要性状进行QTL分析,连锁分析共检测到385个重要性状的QTL,分布在小麦的17条染色体上,单个QTL可以解释表型变异的1.52-45.84%,LOD值最大为75.34,其中有104个QTL在两个以上环境中能被检测到,59个QTL的表型变异率大于10%,为环境间稳定表达的主效QTL。通过关联分析,共检测到3709个SNP位点,有2214个SNP位点的表型贡献率超过10%,其中5个环境以上能检测到1444个SNP位点,为多环境间稳定表达的SNP位点。结合连锁分析和关联分析的结果,共同的QTL位点有159个,包含82个环境间稳定表达的QTL,其中有50个QTL加性效应是来自于SN304;包含48个在低肥环境下特异表达的QTL,其中18个为主效QTL。5.在干旱环境下通过连锁分析和关联分析同时对24个重要性状进行QTL检测,连锁分析共检测到102个重要性状的QTL,位于小麦的15条染色体上,单个QTL可以解释表型变异的1.99-40.85%,LOD值最大为42.88,其中有8个QTL在两个干旱环境中能被检测到,3个为干旱环境间稳定表达的主效QTL。通过关联分析,共检测到2033个SNP标记,其中有494个在两个环境中均能检测到,有1312个SNP的贡献率大于10%。连锁分析和关联分析结合,共有11个共同的QTL位点,与正常水浇地环境对比,其中有10个QTL共同定位在一个区间,有1个QTL为干旱环境中特异表达的QTL。6.利用开发双端锚定引物和重测序的方法验证重要性状QTL区间与中间偃麦草的关系,对50个增效基因来自SN304的QTL区间开发双端锚定引物,找到3对定位在2B、6B和7B染色体上的引物在SN304中扩增出中间偃麦草的条带。将SN304和YN15的重测序序列与中国春参考基因组比对,发现两者在2BL、6BS和7BL的部分染色体片段明显存在差异;将差异序列与中间偃麦草基因组序列相比,发现SN304的2B染色体上的特异序列与中间偃麦草第二同源群上的一个序列具有较好的同源性。以上结果在2B染色体上的序列变化与SN304和YN15在荧光原位杂交中的差异信号相一致,而且2B染色体上定位了47个重要性状的QTL,包含6个QTL簇,初步推测2B染色体上重要性状的QTL区间与中间偃麦草染色体片段的渗入相关。7.基于SN304和YN15穗子的差异,对其及群体中具有代表性的大小穗家系R104和R223在二棱期和四分体时期的幼穗进行转录组分析,在两个时期关于穗子差异的差异表达基因有557和509个。通过层次聚类筛选,SN304和R104高表达的基因216个和106个,筛选到9个位于4B染色体上的候选基因,位于4B染色体上控制穗部性状定位的QTL区间,这些基因的功能需要后续的深入分析与验证。8.在SN304和YN15构建的RIL群体中筛选到20份综合性状优良、生育期较早的小偃麦种质系,14份SN304经60Co-γ射线辐照的小偃麦种质系后代,利用原位杂交技术对这些小偃麦种质系的遗传组成进行了分析,为其进一步的利用奠定了基础。
董鲁浩[2]（2021）在《小麦驯化过程中亚基因组差异核苷酸模式及粒型调控位点的研究》文中研究表明小麦（Triticum aestivum L.）是世界重要的粮食作物之一,其年均种植面积约占全世界作物播种面积的17%,为全世界提供了约20%的粮食消耗;而在我国,小麦种植面积占我国粮食种植面积的20%,小麦总产占我国粮食总产的20%,因此,保障小麦的稳产、增产对维护粮食安全具有至关重要的意义。为了缓解小麦总产同小麦需求间的差距,必须不断提高小麦产量。小麦产量作为人类进行小麦生产活动最为关注的主要性状,其整个生产历史过程是单产不断增加的驯化和选育过程。粒重是构成小麦产量的三要素之一,主要由粒长、粒宽、籽粒面积等籽粒形态性状所决定。小麦是典型的异源六倍体作物,其在异源多倍化后的驯化过程中,3个亚基因组发生了剧烈的变化,带来了丰富的遗传变异和表型变异。DNA核苷酸组成是影响密码子使用、物种形成和基因组结构的基本基因组特征。因此,研究普通小麦及其野生祖先种的DNA核苷酸组成,发掘重要籽粒大小相关QTL/基因,将有助于了解普通小麦驯化过程中基因组/亚基因组的核苷酸差异进化/驯化模式及小麦籽粒形态性状的遗传基础,对小麦籽粒性状的分子改良具有重要意义。本研究以普通小麦的3个亚基因组为研究对象,利用包括普通小麦、硬粒小麦、野生二粒小麦和粗山羊草等93份重测序数据,研究普通小麦及其祖先种（野生二粒小麦和粗山羊草）在全基因组/亚基因组水平上的核苷酸组成模式;利用普通小麦自然群体的全基因组关联分析,解析籽粒性状QTL的亚基因组差异分布,剖析小麦籽粒形态性状的遗传基础,发掘相关籽粒性状的QTL/基因。主要结果如下:1.普通小麦A、B、D亚基因组的核苷酸组成普通小麦在基因组、亚基因组、染色体和多态性位点水平上保持着核苷酸组成第二匹配规则（PR2）和[AT]-增长模式（[AT]值为碱基A和T的数量占4类碱基总和的比例）。通过比较从野生二粒小麦到普通小麦的A、B亚基因组的[AT]-增长和从粗山羊草到普通小麦的D亚基因组的[AT]-增长,我们发现D亚基因组在亚基因组和染色体的多态性位点上的[AT]-增长最快,而且D亚基因组上这种最快的[AT]-增长几乎在所有的染色体窗口都能够被检测到,这表明D亚基因组与其它2个亚基因组之间可能存在着不同的[AT]-增长模式。通过对不同功能注释SNP集（基因间区SNP集与非同义SNP集、非基因SNP集与基因SNP集）及选择性区段的[AT]-增长比较,我们发现[AT]-增长主要是由非选择性区段的基因间区引起的。而进一步的置换频率和序列分析表明,3个亚基因组具有相同的突变类型,而D亚基因组在高频突变类型上的突变率最高。我们利用普通小麦私有SNP集也进一步证实了D亚基因组在高频突变类型上的最高突变率。通过对D亚基因组最快[AT]-增长调控相关候选位点的筛选,共检测到4个关联位点（qATD-3A、qATD-1B、qATD-3B和qATD-7D）,其中在A和D亚基因组上分别有1个关联信号,而2个信号在B亚基因组上。结果表明,D亚基因组的最快[AT]-增长不仅由其自身决定,可能与分布在普通小麦3个亚基因组上的DNA修复系统有关。2.普通小麦自然群体籽粒形态性状的全基因组关联分析利用50K SNP芯片筛选出的45,298个高质量SNP标记,对自然群体在6个环境下的粒重和籽粒形态性状进行全基因组关联分析,共检测到51个与籽粒性状相关的关联位点,分布在1D、2A、2B、2D、3D、4A、4B、5A、5B、5D、6D、7D染色体上,其中能够在至少3个环境中被检测到的关联位点有6个（qGA-6D、qTGW-6D、qGL-2D、qGW-2D.1、qTGW-4A和qGW-2B）。51个关联位点在A（11）、B（5）、D（35）亚基因组的分布不同,表明3个亚基因组对籽粒性状调控是有差异的;且只有qGW-2A、qGW-2B和qGW-2D.1分布在A、B、D亚基因组的相似物理位置上,存在着共线性关系,这表明在普通小麦A、B、D亚基因组上的同源基因对在籽粒性状调控上产生了分化;而这些QTL在A、B、D亚基因组中均有分布,这也表明籽粒性状可能是受分布在3个亚基因组的多基因共同调控的。在2D、4B、5A、5D染色体上检测到与粒长性状相关的5个关联位点（qGL-2D、qGL-4B、qGL-5A.1、qGL-5A.2和qGL-5D）,其中2D染色体上的关联信号最显着,且在6个环境中均被检测到。通过LD分析,将qGL-2D定位于2D染色体上的522,544,495-533,987,666。利用qGL-2D的显着SNP位点对自然群体的粒长性状进行单倍型分析,发现HAP4的平均粒长（6.82 mm）较HAP1的平均粒长（6.51 mm）提高了4.76%,达到显着差异水平（p<0.05）,同时HAP4单倍型能够显着提高群体的籽粒大小、粒重和产量。因此,qGL-2D的优异单倍型能够用于小麦高产分子育种。结合籽粒转录组数据,我们在qGL-2D区间内发现29个在籽粒中表达的基因。同源分析表明,Traes CS2D02G407700编码谷胱甘肽过氧化物酶,在小麦籽粒的果种皮高表达;Traes CS2D02G414800编码油质蛋白,在小麦籽粒的糊粉层高表达。这2个基因可能影响作物的正常生长发育和种子的萌发、发育、成熟、休眠,是qGL-2D区间的重要候选基因。3.普通小麦3个亚基因组的核苷酸组成、性状调控的分析在多倍体的二倍化过程中,来自不同野生祖先种的多个亚基因组需要在密码子使用、基因表达模式以及DNA修复系统等方面逐渐融合,才能重新构建一个完整且统一的全基因组管理系统。本研究发现的异源六倍体普通小麦3个亚基因组在核苷酸模式、突变率、籽粒性状调控方面的差异为了解异源多倍体的二倍化提供了新的线索。
李乐晨[3]（2020）在《野生二粒小麦居群进化及其产量性状全基因组关联分析》文中提出野生二粒小麦（Triticum dicoccoides L.,2n=4x=28,AABB）,是普通小麦（Triticum aestivum L.,2n=6x=42,AABBDD）A、B染色体组的供体种,是普通小麦改良的优质基因资源。为了更好地利用野生二粒小麦的基因资源,本研究探讨了野生二粒小麦种内的遗传分化情况,以及A、B基因组的进化速率,并通过选择信号检测发现了两个在野生二粒小麦驯化过程中受到显着选择的SNP位点,同时依据小麦55k芯片的分型结果,对121份野生二粒小麦的粒长、粒宽、百粒重、穗长、可育小穗数、株高等产量相关性状进行了全基因组关联分析,并利用小麦自然群体对籽粒性状进行了验证并进行了基因功能预测。主要结果如下:（1）构建了以121份野生二粒小麦核基因组为基础的系统进化树,以及以野生二粒小麦,栽培二粒小麦、普通小麦核基因组为基础的系统进化树,发现野生二粒小麦间有明显分化,并发现了两份野生二粒小麦材料与硬粒小麦分化程度较低,亲缘关系较近。（2）对野生二粒小麦的A、B染色体组分别进行了主成分分析与群体结构分析,并构建了系统进化树,研究表明,野生二粒小麦A基因组在各层次下的分组清晰且稳定,而B基因组的分类混杂,且野生二粒小麦A基因组与B基因组均发生了明显的分化。野生二粒小麦与普通小麦B基因组间的分化程度大于野生二粒小麦与普通小麦A基因组间的分化程度,这暗示了普通小麦B基因组进化速度快于A染色体组。（3）对121份野生二粒小麦的10424个SNP标记进行选择信号分析,筛选出了两个受到显着选择的位点,分别为AX-108884190与AX-109867478,在该位点1Mb范围内发现了Traes CS6A01G327700基因与Traes CS2A01G136700基因,二者均编码DNAJ蛋白,表明这两个位点可能与小麦环境适应的适应力有关。（4）对野生二粒小麦株高、穗长、可育小穗数、粒长、粒宽、百粒重共6个产量相关性状考察分析,结果表明:在3个地点的6个产量性状间均存在广泛的表型变异。6个性状间的关联分析表明,粒长与粒宽在0.01水平呈显着正相关,与百粒重在0.01水平上呈显着正相关,与穗长与可育小穗数在0.01水平上呈显着负相关。粒宽与百粒重、株高在0.01水平上呈显着正相关,与可育小穗数在0.05水平上呈显着负相关,百粒重与穗长在0.05水平上呈显着负相关,与可育小穗数在0.01水平上呈显着负相关,株高与穗长,可育小穗数在0.01水平上呈显着正相关,穗长与可育小穗数呈显着正相关。（5）基于小麦55K SNP芯片中来自A、B染色体组上的10424个高质量的多态性SNP标记,对121份野生二粒小麦的产量进行全基因组关联分析,共鉴定出110个与野生二粒小麦农艺性状显着相关稳定位点。其中控制粒长的显着标记共7个,分布在1A、2A、3A、5A、7A、7B染色体上。控制粒宽的显着位点共67个,在除4B、5B外的染色体上均有分布,控制百粒重的位点共有15个。控制穗长的显着标记共有9个,分布在2A、5A、6A,2B、4B、6B染色体上这些位点中有7个与他人已发表的位点接近。在控制籽粒性状的稳定位点中,有10个在普通小麦群体中得到了验证,其中控制粒宽的位点共8个,控制百粒重与粒长的位点各1个。对验证过的籽粒性状相关位点、株高、穗部相关性状的位点进行了候选基因功能预测,根据功能注释,这些位点可能与泛素连接酶、细胞色素、植物激素有关。
张珍悦[4]（2020）在《小麦-华山新麦草抗纹枯病渐渗系H-6-11-1的分子细胞遗传学分析》文中研究说明华山新麦草（Psathyrostachys huashanica）是我国特有的小麦野生近缘属植物,在以往的报道中表现出多种抗病以及抗逆性状。H-6-11-1是本课题组通过普通小麦7182×华山新麦草杂交,并连续自交得到的F8代衍生后代材料,纹枯病抗性鉴定表现良好。本研究拟对H-6-11-1的抗病性和农艺性状进行调查分析,并通过分子细胞遗传学分析和分子标记等方法确定其遗传构成,明确外源染色体片段的导入情况。进一步构建H-6-11-1×扬麦158的F2分离群体,分析其纹枯病抗性遗传模型。参照Bulked sample analysis（BSA）法建立感病池和抗病池,进行660K SNP芯片扫描,并结合SSR分子标记分析,初步定位纹枯病抗性相关基因在染色体上的位置,为纹枯病抗性候选基因的发现和功能验证提供理论依据和材料支撑。主要研究结果如下:1、H-6-11-1抗病性鉴定结果显示,H-6-11-1综合抗病性好,中抗（MR）纹枯病,抗（R）赤霉病,高抗（R）白粉病,近免疫条锈病。因其普通小麦亲本7182和扬麦158对纹枯病表现为感病（S）,推断H-6-11-1的纹枯病抗性应来源于外源亲本华山新麦草。农艺性状调查分析结果表明,H-6-11-1综合农艺性状良好,矮杆、千粒重较高,且主要品质指标达到强筋小麦标准。2、细胞遗传学分析表明,H-6-11-1根尖细胞染色体数为42条,原位杂交未发现明显的黄绿色的外源染色体或者片段信号（可能是由于导入外源片段过小）。结合SSR分子标记、660K芯片扫描对比分析以及抗病表型结果推测,H-6-11-1为小麦-华山新麦草渐渗系后代材料。3、遗传模型分析表明,H-6-11-1的纹枯病抗性受两对主效基因共同控制,且纹枯病抗性的最优模型为2MG-ADI（2对主效基因-加性-显性-上位性）。660K SNP芯片扫描结果显示,纹枯病相关抗性基因可能的位置在3BL和5B染色体上。进一步利用SSR引物进行多态性筛选发现,在3BL上的3对SSR标记（Xwmc687、Xwmc326、Xgwm547）有差异性条带的出现,推断该区段可能存在有新的抗性相关的QTL位点。
杨玉敏[5]（2020）在《节节麦早期生物量、产量及其相关性状在人工合成小麦背景下的QTL分析》文中认为普通小麦（Triticum aestivum L.,2n=6x=42,AABBDD）是我国最重要的粮食作物之一,节节麦（Aegilops tauschii Coss.,2n=2x=14,DD）是普通小麦D基因组供体,具有丰富的优异性状,是小麦遗传改良的重要二级资源。人工合成小麦（Synthetic hexaploid wheat,2n=6x=42,AABBDD）是转育节节麦D基因组优异基因到普通小麦的重要桥梁,在小麦新品种的选育过程中发挥了重要作用。利用SNP标记研究在人工合成小麦遗传背景下源于节节麦D基因组的早期生物量、产量及其相关性状的QTL,以期挖掘和利用源于节节麦的有益基因改良小麦,也为分子标记辅助育种提供理论基础。为避免AB基因组的遗传重组对D基因组遗传作图的干扰,本研究以具有相同AB基因组、不同D基因组的人工合成小麦Syn79与Syn80为亲本,杂交创制重组自交系F9代为作图群体,连续3年2点5个试验环境下研究该群体及其亲本的早期生物量、产量及其相关性状,主要研究结果如下:1.利用15 K的SNP育种芯片对重组自交系F9代及其亲本进行基因型检测,在扫描的A、B和D基因组13947个SNP标记中,亲本在AB基因组上无多态性,D基因组3480个标记中153个标记亲本具多态性,这些多态性位点在D基因组不同染色体上分布不均匀:7D（34个）>1D（30个）>5D（25个）>4D（21个）>2D（20个）>6D（15个）>3D（8个）。153个多态性位点构建D基因组的遗传图谱总长度为803.84 c M,相邻位点间距在2.67 c M～6.93 c M之间,平均间距为5.25 c M。D基因组不同染色体图谱覆盖长度差异较大:7D（214.50 c M）>1D（127.58 c M）≈4D（145.52c M）≈5D（135.72 c M）>2D（69.22 c M）≈6D（89.95 c M）>3D（21.35 c M）。该图谱的建立为识别和发掘人工合成小麦遗传背景下源于节节麦的优异基因奠定基础。2.调查了重组自交系及其亲本的早期生物量相关性状,结合D基因组的遗传图谱,采用完备区间作图-加性效应作图法分析早期生物量相关性状的QTL,苗高、早期单株分蘖、早期单株鲜重和早期单株干重4个早期生物量相关性状共检测到8个QTL,这些QTL成簇分布在1DS和7D的两个染色体区段:（1）1DS区间AX-94812958～AX-110910133富集有苗高QTL—QEph.saas-1DS,早期单株分蘖QTL—QEtn.saas-1DS,早期单株鲜重QTL—QEsfw.saas-1DS和早期单株干重QTL—QEsdw.saas-1DS,这4个QTL在5个试验环境下均能检测到,解释表型变异平均值分别为7.92%,15.34%,9.64%和10.15%。（2）7D上AX-109917900～AX-110605376区间,检测到QEph.saas-7D,QEtn.saas-7D,QEsfw.saas-7D和QEsdw.saas-7D,其在5个不同环境下均能检测到,其解释表型变异率分别为16.12%,24.35%,15.25%和13.37%。这两个染色体片段上,提高早期生物量的QTL均来自人工合成小麦Syn80的D基因组供体,即节节麦AT428。由此表明源于节节麦AT428的D基因组、提高早期生物量的QTL能在人工合成六倍体小麦遗传背景稳定表达,可用于普通小麦遗传改良。3.根据3年2点5个环境下产量及其相关性状表型数据和构建的D基因组遗传图谱进行QTL分析,15个性状共检测到34个QTL,这些位点在D基因组7对染色体上均有分布,多数QTL成簇分布在1D、5D和7D,且1D和7D上的多数QTL均能在5个环境下检测到:（1）1D上的AX-109911195～AX-109908110区段同时控制单株产量、单株生物量、单株有效穗和株高,其至少在4个环境下被检测到,这些位点贡献率9.64%～13.94%,等位基因来自Syn80的D基因组供体,即节节麦AT428。1D的另一区段AX-109849585～AX-182152161具有千粒重、粒长和粒周长QTL,粒长和粒周长QTL表达稳定、贡献率高。（2）5D的AX-94647797～AX-89564905区段同时控制单株产量、单株生物量、穗粒数、小穗数和粒面积。5D上另一染色体区段AX-94840001～AX-95246226同时控制千粒重、穗粒数、穗长和单株生物量。（3）7D上AX-109917900～AX-110605376区段富集有单株产量、单株生物量、单株有效穗、株高、穗长和小穗数QTL。产量及其相关性状的QTL绝大多数来自Syn80的D基因组供体—节节麦AT428,在不同环境下表达稳定。4.比较早期生物量、产量及其相关性状,结果表明:（1）早期生物量性状与成熟期产量相关性状显着正相关:早期单株分蘖与成熟期单株有效穗、单株产量极显着正相关,早期苗高与成熟期株高、产量极显着正相关。（2）早期生物量QTL与产量及其相关性状QTL相关:早期生物量QTL与产量及其相关性状QTL可能分布在同一染色体同一区间,且位点来自同一亲本,这揭示了表型正相关的遗传基础。本研究在人工合成六倍体小麦遗传背景下定位了来自节节麦D基因组的早期生物量、产量及其相关性状的QTL,从分子水平上证明了早期生物量与产量及其相关性状的正相关,明确了节节麦AT428具有促进早期生物量、提高产量的QTL,这些位点能在六倍体小麦遗传背景下稳定表达,可用于改良小麦。
赵梦雨[6]（2020）在《黄河流域节节麦5t+10.5t亚基导入小麦后的品质效应分析》文中研究说明节节麦（Aegilops tauschii Coss.,2n=2x=14,DD）被公认为是普通六倍体小麦D基因组祖先的供体种,因其含有抗病虫、抗逆等优质基因和丰富的HMW-GS类型被认为是小麦品种改良可利用的遗传资源。随着人们生活水平的提高,小麦的品质改良是近年来小麦育种的主要目标之一。本研究利用含有5t+10.5t的节节麦T093、T015与周麦18杂交、回交构建的代换系为实验材料,通过HMW-GS组成分析,筛选出含有5t+10.5t的亚基品系,随后利用SSR标记分析、HMW-GS克隆和品质测定,对5t+10.5t亚基导入小麦后的遗传效应进行分析,以期为节节麦在小麦种质资源的创新和品质改良的应用提供理论依据。具体结果如下:（1）利用SDS-PAGE技术对251份BC3F8-T093-周18和301份BC1F8-T015-周18的HMW-GS组成分析,发现在BC3F8-T093-周18群体中,只有后代品系18108的2+12亚基被5t+10.5t亚基所替换;在BC1F8-T015-周18群体中,共有40个品系的2+12亚基被5t+10.5t亚基所替换。（2）利用141对SSR分子标记对江苏、山东、河北、河南等其它地区的27份小麦与随机挑选的6个品系（18108、18458、18497、18526、18532和18668）以及亲本周麦18进行了遗传多样性分析,共检测出了26对多态性引物,聚类分析结果显示周麦18与6个代换系后代品系在同一个类群中,表明这6个后代品系是周麦18的衍生后代。（3）根据HMW-GS基因两端有高度保守性,设计引物P1和P2对后代品系18108和T093进行PCR扩增,随后利用定向缺失亚克隆的方法,获得节节麦T093和18108的Dx5t、Dy10.5t亚基基因序列,18108的基因暂命名为18108-Dx5t、18108-Dy10.5t,T093的基因暂命名为T093-Dx5t和T093-Dy10.5t。T093的T093-Dx5t和T093-Dy10.5t序列全长分别为2514 bp、1968 bp,和其后代品系18108的18108-Dx5t、18108-Dy10.5t基因序列全长相同。通过序列比对,发现这些基因具有典型的高分子量谷蛋白亚基基因的结构,此外,T093的Dx5t、Dy10.5t在后代18108中的变化非常小,仅有个别的核苷酸差异。把这些基因与普通小麦各基因组以及山羊草属D基因组上的HMW-GS基因进行系统进化树构建,发现18108的Dx5t、Dy10.5t基因均与山羊草属D基因组的HMW-GS聚在了一起,表明节节麦的Dx5t和Dy10.5t亚基基因导入了后代品系18108中。（4）为了探究节节麦亚基5t+10.5t对后代品系品质的影响,利用近红外分析仪对两个群体材料的品质参数进行了测定,发现含有5t+10.5t亚基品系的蛋白质含量、湿面筋含量、沉降值和延伸度的平均值都高于含有2+12亚基品系均值。
王树彬[7]（2020）在《硬粒小麦核心种质遗传多样性及农艺和抗旱性状全基因组关联分析》文中研究指明现代栽培小麦包括硬粒小麦（Triticum turgidum ssp.durum,2n=4x=28,AABB）和普通小麦（T.aestivum ssp.aestivum,2n=6x=42,AABBDD）两个物种。硬粒小麦仅占全球小麦产量的5%和全球小麦栽培面积的10%,但是,硬粒小麦具有高蛋白质和高胡萝卜素含量等品质特点,是意大利面等食品的专属原料,市场价格比普通小麦高出20%,具有普通小麦不可替代的农业和经济价值。相比普通小麦,硬粒小麦主要栽培地区更集中于干旱和半干旱气候地区,这使得硬粒小麦在干旱胁迫方面具有更强的适应性。硬粒小麦和普通小麦在遗传多样性和诸多性状方面存在广泛差异,在品种改良方面互为主要基因库。硬粒小麦和普通小麦（A、B基因组）可能分别驯化自栽培二粒小麦（T.turgidum ssp.dicoccum,2n=4x=28,AABB）两个主要亚群,这也可能是两者遗传多样性差异的重要原因,但三者遗传关系尚不明确。目前,利用连锁分析或关联分析等遗传学研究手段,小麦中已经开展了不少农艺性状和抗旱QTL方面的研究,但研究重点一直在普通小麦方面,硬粒小麦方面相关研究还比较有限。本研究中,我们以国际小麦基因库National small grain collection（NSGC）硬粒小麦核心种质为研究材料,利用小麦9k芯片对群体进行了基因型分析,对群体18个主要农艺性状和抗旱性（枯萎指数）进行了调查,结合以上信息对硬粒小麦遗传多样性和农艺性状变异进行了系统分析,主要研究果如下:1.研究表明硬粒小麦具有丰富的遗传和表型变异。所调查的18个农艺性状具有较高的遗传力（H2为60%～92%）,其中株高、抽穗期、旗叶长度、旗叶夹角、穗长和小穗数在育种过程中受到了选择。小麦9k芯片鉴定了 4,369个多态性较高（MAF大于0.05）的SNP标记,覆盖了全部14条染色体,平均标记间密度为2.6 Mb,标记间物理距离大于5 Mb时连锁不平衡程度迅速衰减,总体上估计r2降低至0.1至少需要26 Mb物理间隔。2.研究发现硬粒小麦群体具有复杂的层级结构,具体体现在亚群间或材料间高度的遗传相关性。材料间IBS（亲缘关系）分布峰值在0.6处,说明不同材料间广泛存在高水平的亲缘关系。通过STRUCTURE软件对各材料遗传构成进行推算,发现硬粒小麦群体可以划分为2个或4个亚群,亚群间有大量的材料在遗传构成方面表现出混合性:无论划分为2个或4个亚群,分别有29%和47%的材料Q值（最大遗传成分所占比例）小于0.7,并且亚群的划分与育种状态和地理分布没有显着关系。3.比较了现代栽培小麦（硬粒小麦和普通小麦）与祖先种栽培二粒小麦的遗传多样性,发现从祖先种到农家种再到改良种的驯化和育种过程中出现了明显的瓶颈效应,相关群体遗传多样性依次减小,并且三个小麦种呈现出显着的遗传分化,其中硬粒小麦和普通小麦分化程度最大。进一步通过STRUCTURE软件对各材料遗传构成进行推算,表明三者的遗传关系与其进化历程相关:栽培二粒小麦清晰地分为遗传和地理上相异的南部和北部两个亚群,大部分硬粒小麦遗传构成与栽培二粒小麦南部亚群相近,全部普通小麦材料与栽培二粒小麦北部亚群遗传构成相近,表明硬粒小麦和普通小麦可能起源于不同的栽培二粒小麦亚群,栽培二粒小麦的群体分化可能是硬粒小麦和普通小麦遗传多样性差异的重要原因。4.关联分析总共鉴定了 121个SNP标记（属于73个遗传位点）与17个农艺性状显着关联。对于不同性状,关联位点从1～14个不等,单个位点可以解释2%～6%的表型变异,全部位点可以解释6%～43%的表型变异率,主要取决于所检测到的关联位点数目。联合分子辅助育种（仅考虑关联位点）和基因组选择（使用全部4,369个多态性标记）发现,对于所有性状,基因组选择对表型值的预测能力均超过分子辅助育种,这说明关联分析没有检测到微效QTL,同时说明本研究关注的大部分农艺性状受主效和微效QTL控制,属于典型数量性状。121个关联标记和73个关联位点中,分别有16个和15个与多个性状显着关联,说明硬粒小麦农艺性状QTL中广泛存在“一因多效”或遗传连锁现象。利用两个F2:3群体,我们通过连锁分析进一步对三个“一因多效”的产量因子关联位点进行了验证,结果表明连锁分析和关联分析结果完全一致,说明了关联分析结果具有可信性。5.关联分析总共鉴定了 19个SNP标记（属于9个遗传位点）与硬粒小麦抗旱性（枯萎指数）显着关联,单个位点可解释3%～6%的表型变异,全部9个位点可解释25%的表型变异。抗旱位点locus.4B.1之前在硬粒小麦和普通小麦中被广泛报道与多种抗旱和耐盐指标相关;另外,locus.4B.1同时与株高显着关联,这可能是由于locus.4B.1位于株高基因Rht-B1下游,并且两者具有一定程度的遗传连锁。单倍型分析表明locus.4B.1具有9种单倍型（hap1-9）,其单倍型分布与前面提到的硬粒小麦、普通小麦和祖先种栽培二粒小麦的演化关系一致。硬粒小麦群体中,只有两种低频（总计12%）单倍型hap1和hap2表现抗旱性,并且与相对较低的株高相关联,这两种单倍型在育种过程中得到了选择,但是还未固定下来,在硬粒小麦抗旱改良方面具有应用潜力。6.综合locus.4B.1处已报道的抗旱QTL信息,我们将该抗旱位点物理距离缩小至16Mb,包含177个注释基因;结合基因注释、表达模式和序列变异,我们发现三个串联重复的含有7个WD40结构域的基因TaWD40.4B.1～3可能是该位点候选基因,其中,TaWD40.24B.2中导致蛋白质翻译提前终止的核苷酸突变CDS.1274.G>A可能是该位点功能变异。统计学分析表明,群体中携带CDS.1274.G的株系抗旱性显着高于携带CDS.1274.A（翻译提前终止）的株系。我们进一步分析了 TaWD40.4B.1～3硬粒小麦EMS突变体抗旱表型,发现三个基因在抗旱功能上具有保守性,并且不同结构域对抗旱性具有不同影响。
程宇坤[8]（2019）在《长江中下游麦区小麦地方种质条锈病抗性与产量相关性状多样性评价及其QTL定位》文中提出小麦地方种质,又称农家品种、本地品种,是经过漫长的自然选择和人为干预后保存下来的作物遗传资源,具备了对当地自然生态条件的较强适应性和与之相对应的生产潜力,是现代小麦改良重要的重要基因源。长江中下游麦区是我国小麦主要生产区,也是我国小麦条锈病春季流行主要病区。鉴于此,本研究对来自长江中下游麦区的210份小麦地方种质进行系统的苗期、成株期条锈病抗性和产量相关性状鉴定,以期获得一批能直接用于当前小麦条锈病抗性及产量育种的优异种质。在此基础上,分别以来自长江中下游麦区的2份优异地方种质（安岳红小麦和宜宾猪儿麦）为亲本,通过构建重组自交系群体（RILs）,结合小麦55K SNP芯片技术,进行高密度分子遗传图谱的构建和成株期条锈病抗性和产量相关性状QTL作图,以期获得控制来自小麦地方种质的条锈病抗性和产量相关性状潜在的新QTL区段,为当前小麦条锈病抗性及产量育种提供有效基因源。获得了如下主要研究结果:1.基于前人已报道的342个条锈病抗性基因/位点/区段,以Maccaferr和Andrzej等人构建的小麦分子标记遗传图谱为参考图谱,基于元分析技术构建了小麦抗条锈病一致性数量性状（MQTL）图谱。该图谱涵盖194个小麦抗条锈病MQTL。其中,81个MQTL与严重度（Disease severity,DS）相关、31个与反应型（Infection type,IT）相关、15个与病程曲线下面积相关（Area under disease progress curve,AUDPC）、44个与DS和IT共相关、6个与DS和AUDPC共相关、13个与IT和AUDPC共相关、4个与其他条锈病抗性性状相关。这些抗条锈病一致性QTL定位于小麦21条染色体,呈非均匀分布,在12个小麦染色体区段成簇存在,分别在2A、4A、5A、1B、2B、3B、5B、6B、7B、1D、2D、7D染色体上。通过与已发表的正式命名抗条锈病基因比较分析,发现大多数正式命名基因定位于MQTL簇区段,说明这些MQTL簇区段很可能是控制小麦条锈病抗性热点区域。2.对210份来源于长江中下游麦区小麦地方种质进行苗期混合小种抗病性鉴定,并于2017年和2018年两年分别在四川崇州和绵阳利用混合小种进行人工接种成株期鉴定和产量相关性状性状分析。结果表明,4份地方种质（红芒糙、早五天、光头麦、圆锥麦）表现为苗期近免疫（IT=0和0;）,占所有材料的1.90%。102份地方种质表现为稳定的成株期抗性,占48.57%。结合苗期和成株期抗性表型分析,3份材料表现出全生育期抗性,占1.43%。产量相关性状分析表明,长江中下游麦区在2个环境下均表现出丰富的表型变异。结合条锈病抗性及产量相关性状分析,共鉴定出6份条锈病抗性优异且产量相关性状突出的小麦地方种质:大和尚头（安徽）、肥西三月黄（安徽）、临平洋麦（浙江）、宜宾猪儿麦（四川）、安岳红小麦（四川）和眉山光头麦（四川）。3、苗期和成株期条锈病抗性表型鉴定表明,安岳红小麦（AYH）条锈病抗性属于成株期抗性,受数量性状位点（QTL）控制。利用小麦55K SNP芯片对AYH/台长29（TC 29）重组自交系群体（RILs）进行全基因组分子扫描,构建了高密度SNP分子连锁图谱。共锚定1143个SNP分子标记,涵盖小麦21条染色体,总长度2822.05c M。基于成株期条锈病最终严重度（Final Disease Severity,FDS）、反应型（Infection Type,IT）和病程曲线下面积（Area Under Disease Progress Curve,AUDPC）进行成株期抗条锈病QTL定位。共检测到5个控制成株期条锈病抗性QTL,分别位于1D、2A、5B、和7D染色体上,暂命名为QYr AYH.Sicau-1D.1,QYr AYH.Sicau-2A.1,QYr AYH.Sicau-5B.1,QYr AYH.Sicau-7D.1,以及QYr AYH.Sicau-7D.2,可解释表型变异率为6.10～31.65%。基于已构建的小麦条锈病一致性数量性状位点图谱中国春物理图谱（IWGCS Ref Seq v1.0）发现,QYr AYH.Sicau-7D.2和QYr AYH.Sicau-5B.1可能是控制小麦成株期条锈病抗性潜在的新QTL。遗传效应分析表明,这些QTL或其组合,能显着降低小麦成株期条锈病严重度。针对检测到的2个新QTL,分别开发了能有效鉴定QYr AYH.Sicau-7D.2和QYr AYH.Sicau-5B.1的竞争性等位基因特异性PCR标记（KASP）,KASP＿AX-109750388和KASP＿AX-110527974。结合63份四川育成品种进行KASP标记特异性检测,来自四川麦区的育成小麦品种仅有少数育成品种携带鉴定的成株期条锈病抗性QTL。4、利用已构建的SNP高密度分子遗传连锁图谱对AYH/TC29重组自交系群体进行小穗数（SPN）、穗长（SL）、有效分蘖（PTN）、小穗粒数（KNL）、穗粒数（KNS）、穗粒重（KWS）和千粒重（TKW）等产量相关性状进行QTL定位。共检测到32个控制小麦产量相关性状QTL,可解释表型变异率为4.67～24.43%。其中,25个QTL可解释表型变异率超过10%的,分布于1A、2A、2B、2D、3A、3D、4A、4D、5A、5D、6B、6D和7D染色体上。其中,位于4D染色体上控制穗长的QSLAYH.Sicau-4D.1,在2个环境中均能稳定表达。同时发现,1A、3A和4D染色体上分别携带有1个具有一因多效QTL。其中,1A染色体AX-111216460～AX-108728119区间同时控制着有效分蘖、穗粒数和千粒重;3A染色体AX-110922897～AX-111072779区间同时控制着穗粒数和穗粒重;4D染色体AX-109564839～AX-109449898区段同时控制穗长和穗粒数。5、苗期和成株期条锈病抗性表型鉴定表明,宜宾猪儿麦（YBR）条锈病抗性属于成株期抗性,受QTL控制。利用小麦55K SNP芯片对YBR/TC29重组自交系群体进行全基因组分子扫描,构建了高密度SNP分子连锁图谱。共锚定1487个SNP分子标记,涵盖小麦21条染色体,总长度3526.69c M。基于成株期条锈病FDS、IT和AUDPC进行成株期抗条锈病QTL定位。共检测到5个控制成株期条锈病抗性QTL,分别位于2A、2B、5B、和7D染色体上,暂命名为QYr YBR.Sicau-2A.1,QYr YBR.Sicau-2B.1,QYr YBR.Sicau-5B.1,QYr YBR.Sicau-7D.1,以及QYr YBR.Sicau-7D.2,可解释表型变异率为4.94～19.81%。基于已构建的小麦条锈病一致性数量性状位点图谱和比较基因组学发现,QYr YBR.Sicau-7D.1和QYr YBR.Sicau-5B.1与安岳红小麦中QYr AYH.Sicau-7D.1和QYr AYH.Sicau-5B.1共定位在同一区间,表明这两份地方种质可能存在相同的控制小麦成株期条锈病QTL。遗传效应分析表明,这些QTL或其组合,能显着降低小麦成株期条锈病严重度。6、利用已构建的SNP高密度分子遗传连锁图谱对YBR/TC29 RIL群体进行小穗数（SPN）、穗长（SL）、有效分蘖（PTN）、小穗粒数（KNL）、穗粒数（KNS）、穗粒重（KWS）和千粒重（TKW）等产量相关性状进行QTL定位。共检测到31个控制小麦产量相关性状QTL,可解释表型变异率为4.79～16.39%。其中,13个QTL可解释表型变异率超过10%的,分布于1A、2B、3B、4B、5A、5B、6B和7A染色体上。其中,在5A和7A染色体上分别携带有1个具有一因多效QTL。5A染色体AX-110360226～AX-110938645区间同时控制着穗长和穗粒数;7A染色体AX-108902579～AX-08847997区间同时控制着小穗粒数和千粒重。
王中秋[9]（2019）在《普通小麦-野生二粒小麦染色体臂置换系在小麦遗传育种中的应用》文中认为小麦是世界上最重要的粮食作物之一,种质资源是选育小麦新品种的物质保障,而野生二粒小麦具有丰富的遗传资源,为了实现对它的挖掘和开发利用,本试验用以普通小麦品种Bethlehem（BLH）为背景的野生二粒小麦染色体臂置换系（chromosome arm substitute,CASL）为材料进行研究。首先对CASL及亲本BLH的品质性状进行分析,挖掘携带优良野生二粒小麦基因的置换系,把这些基因定位到染色体臂上;并将各CASL分别与亲本BLH杂交共配制24个杂交组合,对其进行农艺性状考察和杂种优势分析,针对野生二粒小麦的每个染色体臂深入研究农艺性状的杂种优势;另一方面利用CASL7AS和ZNL12为亲本创制的一套DH群体为材料,对其进行农艺性状和品质性状测量,并进行统计分析,筛选含有野生二粒小麦优异基因且综合性状较好的DH系,为小麦育种提供新的育种资源。主要研究结果如下:1、对CASL和亲本的五个品质性状进行检测分析,发现不同CASL之间各品质性状均存在较大的差异。根据各品质性状统计结果,我们推测:至少6个控制野生二粒小麦籽粒蛋白质形成的正效QTL分别定位于6AL、1BS、2BS、3BL、7BS和7BL,至少3个控制湿面筋形成的正效QTL分别定位于2BL、7BS和7BL;至少3个控制沉降值的主效QTL分别定位于4AL、7AL和7BL;至少1个控制淀粉形成的负效QTL位点定位于7BL上;至少1个促进小麦籽粒灰度增加的正效QTL定位于7BL上。2、利用CASL和BLH构建了24个杂交组合,在表型分析时发现部分组合F1在对应的性状上明显高于亲本CASL和BLH,根据统计分析结果,初步检测到在株高、穗颈长、穗长、粒宽、粒长、千粒重等6个农艺性状上可能至少存在共32个杂种优势位点。3、通过对DH系群体的农艺性状和品质性状分析发现,各性状都存在着丰富的遗传变异,且都呈连续分布的典型数量性状（除叶型、叶锈病）,其中分蘖数、株高、穗颈长和单株产量的变异系数均高达20%以上。对农艺性状、品质性状的简单相关性分析表明,穗颈长、株高均与千粒重、单株产量呈极显着正相关,与蛋白质含量呈极显着负相关,抽穗期与蛋白质含量呈极显着正相关,产量性状均与蛋白质含量呈极显着负相关。广义遗传率分析结果表明大多数性状（除有效穗数、总小穗数）具有较高的广义遗传率（H2>80%）,对于三个地点共同考察的性状进行相关性分析,结果表明这些性状均具有较高的遗传稳定性。4、通过聚类分析,DH群体包括亲本被分为5个类群,从类群的整体上分析得知存在着高产优质潜力的类群有第Ⅱ类群和第Ⅴ类群,农艺性状的综合水平均优于其它三类,且蛋白质含量较高。从中筛选出H6,H7,H13,H41,H173,H184,H50,H64等综合性状较好的8个株系,对于小麦的矮杆、增产、优质育种具有重要的借鉴意义。
张灿灿[10]（2019）在《野生二粒小麦面粉加工品质相关性状的全基因组关联分析及高分子量谷蛋白亚基基因1Ax1的克隆》文中进行了进一步梳理野生二粒小麦（Triticum dicoccoides L.,2n=4x=28,AABB）被认为是普通小麦（Triticum aestivum L.,2n=6x=42,AABBDD）染色体组AABB的供体种,含有很多有益性状,包括抗病性强、蛋白质和微量元素含量高等,是改良普通小麦的重要基因资源。面粉加工品质性状是由多基因控制的数量性状,受环境影响较大,表现为连续变异,遗传基础较为复杂。利用高密度的SNP标记对野生二粒小麦的面粉加工品质相关性状进行关联分析,挖掘其蕴含的有益的基因位点,可以丰富小麦的遗传基础,为小麦的面粉加工品质改良提供新的基因资源。本研究以来自中东地区的121份野生二粒小麦为材料,在辉县、商丘和开封3个地点进行田间试验,结合小麦55K SNP芯片上来自A、B染色体组上的多态性位点,对野生二粒小麦的面粉加工品质相关性状进行全基因组关联分析,为小麦品质育种提供优异位点;同时以面粉加工品质较好的野生二粒小麦J129为材料,利用定向缺失亚克隆技术,克隆出了一个新的高分子量谷蛋白亚基1Ax1基因,取得如下结果:（1）对121份野生二粒小麦的面粉加工品质性状:淀粉含量、蛋白含量、湿面筋含量、沉降值、吸水率、面筋指数和粉质延伸度性状考察分析,结果表明:在3个地点的材料7个品质性状均存在广泛的变异,变异系数最大的是粉质延伸度（FE）,为33.42%,最小的是淀粉含量（GSC）,为5.84%。方差分析结果显示,7个品质性状基因型间差异、环境间差异以及基因型与环境互作差异均达显着水平,表明基因型和环境对性状变异均有显着影响。广义遗传率分析表明蛋白含量（GPC）遗传率最大,为32%;吸水率（WA）的遗传率最小,为11%。相关性分析结果显示:蛋白含量与湿面筋含量、沉降值呈极显着正相关,湿面筋含量与吸水率呈极显着正相关,粉质延伸度与蛋白含量呈极显着正相关,面筋指数与蛋白质含量、湿面筋含量呈极显着负相关。（2）基于小麦55K SNP芯片中来自A、B染色体组上的10907个高质量的多态性SNP标记,对121份野生二粒小麦进行全基因组关联分析结果表明:共鉴定出1840个位点与面粉加工品质性状显着相关的位点,其中有714个区段,这些SNP位点在野生二粒小麦的1-7A和1-7B染色体上均有分布,其中,在1A染色体上分布的标记最多达到332个,在6B染色体上分布的标记最少仅有72个,所有关联位点表型变异解释率（R2）总幅度为8.3%-26.4%。淀粉含量和蛋白含量的稳定关联位点最多。检测到与淀粉含量相关的稳定的关联区段/位点有16个（区段3个）,分布在1A、4A、1B、3B、4B、5B染色体上,且1B（372.30-374.91 Mb）、4A（121.05-121.21 Mb）、5B（142.67-144.87 Mb）染色体上定位到的稳点关联位点最多;检测到与蛋白含量相关的稳定的关联区段/位点有14个（区段1个）,分布在2A、3A、4A、5A、6A、3B、6B、7B染色体上,且7B（50.30-50.78Mb）染色体上定位到的稳点关联位点最多;检测到与湿面筋含量相关的稳定的关联区段有1个,分布在7A（510.65-510.83 Mb）染色体上;检测到与沉降值相关的稳定的关联位点有1个,分布在1B染色体上,物理位置为289.53 Mb;检测到与粉质延伸度相关的稳定的关联位点有5个,分布在1A、2A、6A、3B、6B染色体上,其物理位置分别为518.77 Mb、95.16Mb、74.45Mb、23.38 Mb和16.40 Mb。另外,对121份野生二粒小麦的相关性状关联的SNP位点进行候选基因预测和功能注释,结果表明这些位点在小麦及其近缘种中主要与抗病蛋白、细胞色素、转运蛋白、结构蛋白以及蛋白激酶等相关。（3）以野生二粒小麦J129为材料,通过定向缺失亚克隆的方法获得了高分子量谷蛋白亚基Ax基因序列,通过序列分析比对,显示J129-1Ax1基因序列与已发布的HMW-GS的x型亚基基因结构一致,其具有的氨基酸序列与其它Ax亚基基因序列相比多了一个九肽PTQGQQGQQ序列,该结构可能影响蛋白质结构域的形成与稳定。此外,J129-1Ax1亚基中的谷氨酰胺（Q）、α-螺旋和β-折叠的含量较高,因此推测,该亚基基为能增加面团弹性的优质基因。
二、普通小麦品质性状遗传与QTL分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、普通小麦品质性状遗传与QTL分析（论文提纲范文）
（1）小偃麦种质系SN304的鉴定及重要性状QTL分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 小麦近缘植物产量相关性状优异基因的挖掘和利用 |
| 1.1.1 小麦-黑麦1BL/1RS易位系的培育和利用 |
| 1.1.2 长穗偃麦草Lr19 染色体区段在小麦遗传改良中的利用 |
| 1.1.3 簇毛麦染色体区段在小麦遗传改良中的应用 |
| 1.2 中间偃麦草与小麦遗传改良 |
| 1.2.1 小麦和中间偃麦草远缘杂交进展 |
| 1.2.2 中间偃麦草抗病基因的利用 |
| 1.3 小麦数量性状位点(QTL)分析方法 |
| 1.3.1 QTL定位的作图群体 |
| 1.3.2 QTL定位方法 |
| 1.3.3 SLAF-seq 技术与分子标记的开发应用 |
| 1.4 小麦重要性状的QTL定位研究进展 |
| 1.4.1 小麦穗部性状QTL定位 |
| 1.4.2 小麦籽粒性状QTL定位 |
| 1.4.3 小麦株高及相关性状的QTL定位 |
| 1.4.4 小麦旗叶性状的QTL定位 |
| 1.4.5 小麦生育期的QTL定位 |
| 1.5 本研究的目的意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 技术路线 |
| 2.3 试验地点 |
| 2.4 试验方法 |
| 2.4.1 田间试验设计 |
| 2.4.2 产量及相关性状田间调查 |
| 2.4.3 原位杂交 |
| 2.4.3.1 根尖细胞染色体制片 |
| 2.4.3.2 探针标记 |
| 2.4.3.3 杂交步骤 |
| 2.4.3.4 杂交信号检测 |
| 2.4.4 分子标记分析 |
| 2.4.4.1 DNA提取 |
| 2.4.4.2 分子标记类型和来源 |
| 2.4.4.3 PCR分析 |
| 2.4.5 遗传图谱绘制和数据分析 |
| 2.4.5.1 遗传连锁图谱构建 |
| 2.4.5.2 表型数据、QTL分析与关联分析 |
| 2.4.6 转录组分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 小偃麦种质系SN304的遗传组成鉴定 |
| 3.1.1 SN304的细胞遗传学鉴定 |
| 3.1.2 SN304的分子标记鉴定 |
| 3.2 遗传连锁图谱的构建 |
| 3.2.1 多态性标记和SLAF-seq标记的筛选 |
| 3.2.2 构建遗传连锁图谱 |
| 3.3 RIL群体在不同环境下的表型变异和遗传分析 |
| 3.4 不同肥力条件重要性状的QTL定位 |
| 3.4.1 穗部性状的QTL分析 |
| 3.4.2 籽粒相关性状的QTL分析 |
| 3.4.3 株高及相关性状的QTL分析 |
| 3.4.4 旗叶相关性状的QTL分析 |
| 3.4.5 生育期的QTL分析 |
| 3.4.6 QTL簇 |
| 3.5 不同肥力条件下重要性状的全基因组关联分析 |
| 3.5.1 穗部相关性状的全基因组关联分析 |
| 3.5.2 籽粒相关性状的全基因组关联分析 |
| 3.5.3 株高相关性状的全基因组关联分析 |
| 3.5.4 生育期和旗叶相关性状的全基因组关联分析 |
| 3.6 干旱环境下重要性状的连锁分析和关联分析 |
| 3.6.1 干旱环境下重要性状的连锁分析 |
| 3.6.2 干旱环境中重要性状的全基因组关联分析 |
| 3.7 SN304 重要性状QTL位点与中间偃麦草区段的关系 |
| 3.7.1 利用重测序分析SN304与YN15的遗传组成差异 |
| 3.7.2 SN304中重要性状QTL位点与中间偃麦草区段分析 |
| 3.8 SN304 与YN15 幼穗发育转录组分析 |
| 3.8.1 幼穗取样及测序数据质量分析 |
| 3.8.2 SN304与YN15幼穗发育差异表达分析 |
| 3.8.2.1 样品间相关性分析 |
| 3.8.2.2 差异表达基因的筛选和富集分析 |
| 3.8.3 层次聚类挖掘幼穗发育相关基因 |
| 3.9 次生优良小偃麦种质系的选育 |
| 4 讨论 |
| 4.1 小麦异源染色体渐渗系 |
| 4.2 小偃麦种质系在小麦遗传改良中的应用价值 |
| 4.3 QTL成簇分布和性状的相关性 |
| 4.4 SN304 重要性状QTL与已报道基因或QTL的比较 |
| 4.5 低肥环境下产量及相关性状QTL的应用和研究 |
| 4.6 株高与生育期的互作及对产量的影响 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表论文情况 |
（2）小麦驯化过程中亚基因组差异核苷酸模式及粒型调控位点的研究（论文提纲范文）
| 符号说明 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 多倍体及其分类 |
| 1.2 普通小麦的起源与多倍化 |
| 1.2.1 普通小麦的起源 |
| 1.2.2 普通小麦异源多倍体形成过程中各亚基因组变异 |
| 1.2.3 普通小麦驯化过程中基因组/亚基因组的核苷酸模式 |
| 1.3 作物驯化 |
| 1.3.1 作物的主要驯化性状及其特点 |
| 1.3.2 作物驯化性状的基因定位方法 |
| 1.3.3 作物驯化性状的定位群体 |
| 1.3.4 种质资源利用 |
| 1.3.5 小麦产量及其相关性状的QTL |
| 1.3.5.1 小麦产量三要素的QTL |
| 1.3.5.2 小麦粒重与籽粒形态的QTL |
| 1.4 研究目的与意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 植物材料 |
| 2.1.2 田间种植 |
| 2.1.3 性状测量 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 小麦基因组DNA提取 |
| 2.2.1.1 DNA提取相关试剂 |
| 2.2.1.2 DNA提取操作步骤 |
| 2.2.2 小麦总RNA提取 |
| 2.2.2.1 RNA提取相关试剂与耗材 |
| 2.2.2.2 RNA提取操作步骤 |
| 2.2.3 粒长候选区间的RNA-seq分析 |
| 2.3 数据分析 |
| 2.3.1 普通小麦及其野生祖先种核苷酸组成的统计 |
| 2.3.1.1 普通小麦及其野生祖先种的基因组和序列信息 |
| 2.3.1.2 多态性位点的核苷酸组成 |
| 2.3.1.3 不同基因组功能注释集的核苷酸组成 |
| 2.3.1.4 与[AT]-增长相关的突变类型和突变率 |
| 2.3.1.5 D亚基因组[AT]值的关联分析 |
| 2.3.1.6 D亚基因组最快[AT]-增长调控相关候选基因的筛选 |
| 2.3.2 普通小麦自然群体的数据分析 |
| 2.3.2.1 表型分析 |
| 2.3.2.2 基因分型 |
| 2.3.2.3 群体结构和亲缘关系 |
| 2.3.2.4 关联分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 普通小麦A、B、D亚基因组的核苷酸模式 |
| 3.1.1 在普通小麦驯化过程中,D亚基因组的核苷酸组成变化最大 |
| 3.1.2 在异源多倍化后的驯化过程中,D亚基因组在多态性位点上的[AT]-增长最快 |
| 3.1.3 D亚基因组在多态性位点上最快的[AT]-增长并不依赖于任何特定的染色体片段 |
| 3.1.4 三个亚基因组的[AT]-增长主要是由非选择性区段的基因间区引起的 |
| 3.1.5 三个亚基因组的[AT]-增长是由相同的突变类型引起的 |
| 3.1.6 D亚基因组中最快的[AT]-增长得益于最高的突变率 |
| 3.1.7 D亚基因组上最快的[AT]-增长是由整个基因组的联合修复系统决定的 |
| 3.2 普通小麦自然群体分析 |
| 3.2.1 籽粒性状的表型分析 |
| 3.2.2 群体内差异比较 |
| 3.2.3 优异种质筛选 |
| 3.2.4 SNP标记统计 |
| 3.2.5 群体结构与亲缘关系 |
| 3.2.6 籽粒性状的全基因组关联分析 |
| 3.2.6.1 籽粒性状的关联分析结果 |
| 3.2.6.2 普通小麦3 个亚基因组对籽粒性状的调控差异 |
| 3.2.7 粒长的全基因组关联分析 |
| 3.2.7.1 粒长关联分析结果 |
| 3.2.7.2 粒长的单倍型分析 |
| 3.2.7.3 四种粒长单倍型在籽粒其它性状的比较分析 |
| 3.2.7.4 粒长候选区间的转录组分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 普通小麦驯化过程中基因组/亚基因组核苷酸组成的差异模式 |
| 4.1.1 在异源多倍化后的驯化过程中,普通小麦3 个亚基因组的PR2 和[AT]-增长仍然存在 |
| 4.1.2 普通小麦D亚基因组的显着[AT]-增长表明其野生祖先种的多个DNA修复系统逐渐整合 |
| 4.2 自然群体的关联分析 |
| 4.2.1 籽粒性状的表型分析 |
| 4.2.2 小麦粒长的关联分析 |
| 4.2.3 籽粒性状QTL在 A、B、D亚基因组的差异分布 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表论文 |
（3）野生二粒小麦居群进化及其产量性状全基因组关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 野生二粒小麦的进化 |
| 1.1.1 野生二粒小麦的形态特点及分布 |
| 1.1.2 野生二粒小麦在普通小麦形成中的地位 |
| 1.2 野生二粒小麦有益性状利用的研究进展 |
| 1.3 全基因组关联分析 |
| 1.3.1 全基因组关联分析的原理及研究进展 |
| 1.3.2 连锁不平衡 |
| 1.3.3 单核苷酸多态性(SNP) |
| 1.3.4 全基因组关联分析的一般策略 |
| 1.3.5 全基因组关联分析在作物育种中的应用 |
| 1.3.6 全基因组关联分析的优势与不足 |
| 1.4 普通小麦农的产量相关性状的研究进展 |
| 1.5 研究目的及意义 |
| 第二章 野生二粒小麦的居群进化 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 DNA提取与SNP分型 |
| 2.1.3 群体结构分析 |
| 2.1.4 系统进化树的构建 |
| 2.2 研究结果 |
| 2.2.1 野生二粒小麦SNP的质量及在基因组的分布 |
| 2.2.2 野生二粒小麦的遗传分化 |
| 2.2.3 野生二粒小麦A基因组间的遗传分化 |
| 2.2.4 野生二粒小麦B基因组间的遗传分化 |
| 2.2.5 野生二粒小麦驯化过程中的位点缺失 |
| 2.3 讨论 |
| 第3章 野生二粒小麦产量相关性状的全基因组关联分析 |
| 3.1 实验材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 田间试验设计及性状调查 |
| 3.1.3 农艺性状其测定方法 |
| 3.2 表型数据处理 |
| 3.3 全基因组关联分析 |
| 3.3.1 DNA提取与基因分型 |
| 3.3.2 全基因组关联分析 |
| 3.3.3 显着位点的验证 |
| 3.3.4 稳定位点的基因功能预测 |
| 3.4 实验结果 |
| 3.4.1 野生二粒小麦农艺性状的表型变异分析 |
| 3.4.2 野生二粒小麦产量相关性状间的相关性分析 |
| 3.4.3 野生二粒小麦产量相关性状间的全基因组关联分析 |
| 3.4.4 籽粒性状相关位点的验证 |
| 3.4.5 产量相关位点的基因功能预测 |
| 3.5 讨论 |
| 3.5.1 农艺性状间的相关性 |
| 3.5.2 产量相关性状的全基因组关联分析 |
| 3.5.3 野生二粒小麦产量相关性状的基因功能预测 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（4）小麦-华山新麦草抗纹枯病渐渗系H-6-11-1的分子细胞遗传学分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 小麦及其遗传改良 |
| 1.1.1 小麦近缘种在小麦遗传改良中的应用 |
| 1.1.2 华山新麦草及小麦-华山新麦草衍生后代的创制与研究 |
| 1.2 小麦纹枯病研究背景 |
| 1.2.1 小麦种质的纹枯病抗性鉴定 |
| 1.2.2 小麦近缘种在纹枯病抗性育种上的应用 |
| 1.3 小麦纹枯病抗性相关基因的定位研究 |
| 1.3.1 遗传作图群体的构建方法 |
| 1.3.2 分子标记技术及其小麦遗传改良上的应用 |
| 1.3.3 混合群体分析法及其应用 |
| 1.3.4 小麦纹枯病抗性基因研究进展 |
| 1.4 本研究的目的、意义及内容 |
| 1.4.1 本研究的目的及意义 |
| 1.4.2 本研究的内容 |
| 1.4.3 技术路线 |
| 第二章 小麦-华山新麦草衍生后代材料H-6-11-1农艺性状和抗病性分析 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 H-6-11-1农艺性状调查 |
| 2.1.3 H-6-11-1抗病性鉴定 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 H-6-11-1的农艺性状调查分析 |
| 2.2.2 H-6-11-1的抗病性鉴定 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 小麦—华山新麦草衍生后代材料H-6-11-1细胞遗传学和分子标记分析 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 基因组DNA的提取 |
| 3.1.3 根尖的制备 |
| 3.1.4 细胞学观察 |
| 3.1.5 基因组原位杂交(GISH) |
| 3.1.6 SSR分析 |
| 3.1.7 660K芯片扫描 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 细胞学观察及基因组原位杂交(GISH) |
| 3.2.2 SSR分析 |
| 3.2.3 660K芯片扫描结果分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 小麦-华山新麦草渐渗系H-6-11-1纹枯病抗性的遗传模型分析及其QTL定位 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 遗传群体的构建 |
| 4.1.3 H-6-11-1纹枯病抗性的遗传模型分析 |
| 4.1.4 BSA法建立抗病池和感病池 |
| 4.1.5 660K芯片分析 |
| 4.1.6 连锁标记的SSR分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 H-6-11-1纹枯病抗性的遗传模型分析 |
| 4.2.2 660K芯片结果分析 |
| 4.2.3 连锁标记的SSR分析结果 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 结论与创新点 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（5）节节麦早期生物量、产量及其相关性状在人工合成小麦背景下的QTL分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1. 节节麦在小麦育种中的重要作用 |
| 1.1.1. 节节麦的优异基因 |
| 1.1.2. 节节麦优异基因的转育 |
| 1.1.3. 节节麦D基因组遗传图谱 |
| 1.2. 人工合成小麦作为桥梁选育小麦新品种 |
| 1.2.1. 人工合成小麦的产生 |
| 1.2.2. 人工合成小麦的历史 |
| 1.2.3. 人工合成小麦遗传多样性丰富 |
| 1.2.4. 人工合成小麦具丰富的抗病虫基因 |
| 1.2.5. 人工合成小麦具有改良小麦品质的优质基因 |
| 1.2.6. 人工合成小麦具有高产相关的优异基因 |
| 1.2.7. 人工合成小麦具改良小麦抗逆性基因 |
| 1.2.8. 人工合成小麦衍生品种 |
| 1.3. 早期生物量 |
| 1.3.1. 早期生物量的概念 |
| 1.3.2. 早期生物量的表型性状 |
| 1.3.3. 早期生物量QTL研究现状 |
| 1.4. 产量及其相关性状 |
| 1.4.1. 产量及其相关性状的关系 |
| 1.4.2. 产量及其相关性状的QTL定位 |
| 1.5. SNP标记 |
| 1.6. 本研究目的和意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1. 试验材料 |
| 2.2. 田间试验 |
| 2.3. 表型数据收集 |
| 2.3.1. 早期生物量数据收集 |
| 2.3.2. 成熟期产量及其相关性状数据收集 |
| 2.4. 基因型数据收集 |
| 2.4.1. DNA提取 |
| 2.4.2. SNP标记 |
| 2.5. 遗传图谱构建 |
| 2.6. 偏分离分析 |
| 2.7. 数据统计分析 |
| 2.8. QTL分析 |
| 2.9. QTL命名 |
| 第三章 基于SNP标记构建D基因组遗传图谱 |
| 3.1. 引言 |
| 3.2. 结果与分析 |
| 3.2.1. 双亲间多态性分析 |
| 3.2.2. 遗传图谱构建 |
| 3.2.3. 重组自交系群体的偏分离 |
| 3.3. 讨论 |
| 第四章 人工合成小麦背景下节节麦早期生物量的QTL分析 |
| 4.1. 引言 |
| 4.2. 结果与分析 |
| 4.2.1. 早期生物量表型分析 |
| 4.2.2. 早期生物量性状相关性分析 |
| 4.2.3. 早期生物量性状QTL分析 |
| 4.3. 讨论 |
| 第五章 人工合成小麦背景下节节麦产量性状QTL分析 |
| 5.1. 引言 |
| 5.2. 结果与分析 |
| 5.2.1. 产量及其相关性状的表型数据分析 |
| 5.2.2. 相关性分析 |
| 5.2.3. QTL分析 |
| 5.3. 讨论 |
| 5.3.1. 产量 |
| 5.3.2. 生物量 |
| 5.3.3. 有效穗 |
| 5.3.4. 穗部性状 |
| 5.3.5. 籽粒性状 |
| 5.3.6. 株高 |
| 5.3.7. 早期生物量在育种中的重要意义 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（6）黄河流域节节麦5t+10.5t亚基导入小麦后的品质效应分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩写词(Abbreviations) |
| 1 前言 |
| 1.1 节节麦的相关研究 |
| 1.1.1 节节麦的形态、分类及地理分布 |
| 1.1.2 节节麦优异基因在普通小麦中的应用 |
| 1.2 染色体片段代换系群体的构建及应用 |
| 1.2.1 染色体片段代换系的构建 |
| 1.2.2 染色体片段代换系的应用 |
| 1.3 小麦籽粒储藏蛋白和品质关系的研究现状 |
| 1.3.1 小麦籽粒储藏蛋白的分类 |
| 1.3.2 小麦品质的研究进展 |
| 1.4 高分子量谷蛋白亚基与品质关系的研究进展 |
| 1.4.1 HMW-GS的结构 |
| 1.4.2 HMW-GS的多样性 |
| 1.4.3 小麦HMW-GS与品质关系的研究 |
| 1.4.4 节节麦的HMW-GS |
| 1.5 本研究的目的与意义 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 主要相关仪器设备 |
| 2.1.2 实验材料 |
| 2.2 HMW-GS亚基分析 |
| 2.2.1 谷蛋白的提取 |
| 2.2.2 SDS-PAGE鉴定 |
| 2.3 代换系的SSR分析 |
| 2.3.1 供试材料DNA的提取和纯化 |
| 2.3.2 样品的PCR反应 |
| 2.3.3 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测 |
| 2.4 HWM-GS的克隆 |
| 2.4.1 HMW-GS基因的PCR扩增与回收 |
| 2.4.2 PCR产物T载克隆 |
| 2.4.3 定向缺失制备亚克隆 |
| 2.4.4 DNA测序与分析 |
| 2.5 品质的测定 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 节节麦-小麦代换系的HMW-GS的鉴定与组成分析 |
| 3.2 代换系后代中筛选品系的遗传分析 |
| 3.3 高分子量谷蛋白Dx5~t、Dy10.5~t亚基的克隆与序列分析 |
| 3.3.1 HMW-GS基因的PCR扩增 |
| 3.3.2 HMW-GS基因的亚克隆 |
| 3.3.3 BC_3F_8-T093-周18 群体后代10108-Dy10.5~t基因的序列特征 |
| 3.3.4 节节麦T093-Dy10.5~t基因的序列特征 |
| 3.3.5 BC_3F_8-T093-周18 群体后代10108-Dx5~t基因的序列特征 |
| 3.3.6 节节麦T093-Dx5~t基因的序列特征 |
| 3.3.7 代换系后代10108与亲本T093的Dx、Dy亚基基因序列比对 |
| 3.3.8 代换系后代18108的Dx5~t、Dy10.5~t与Dx2、Dy12 基因序列比对 |
| 3.3.9 代换系后代10108与亲本T093的Dx亚基基因的系统进化分析 |
| 3.3.10 代换系后代10108与亲本T093的Dy亚基基因的系统进化分析 |
| 3.4 代换系后代面粉加工品质性状的测定 |
| 4 讨论 |
| 4.1 节节麦-小麦代换系HMW-GS的鉴定与组成分析 |
| 4.2 高分子量谷蛋白Dx5~t、Dy10.5~t亚基的克隆与序列分析 |
| 4.3 代换系后代的品质分析 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（7）硬粒小麦核心种质遗传多样性及农艺和抗旱性状全基因组关联分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 现代小麦的起源和驯化 |
| 1.2.1 栽培二粒小麦的驯化 |
| 1.2.2 硬粒小麦和普通小麦的驯化 |
| 1.3 小麦主要农艺性状遗传学研究进展 |
| 1.3.1 株高和抽穗期 |
| 1.3.2 旗叶形态 |
| 1.3.3 穗粒数和粒重 |
| 1.4 小麦抗旱性生物学研究进展 |
| 1.4.1 小麦抗旱指标 |
| 1.4.2 小麦抗旱QTL |
| 1.5 全基因组关联分析 |
| 1.5.1 关联分析在小麦中的应用 |
| 1.5.2 关联分析与小麦基因组学 |
| 1.5.3 关联分析与小麦基因库资源管理和利用 |
| 1.6 本研究的目的和意义 |
| 第二章 NSGC硬粒小麦核心种质资源遗传多样性分析 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 NSGC硬粒小麦核心种质身份信息 |
| 2.2.2 群体基因型信息 |
| 2.2.3 群体历史表型记录 |
| 2.2.4 群体遗传学分析 |
| 2.2.5 全基因组关联分 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 NSGC硬粒小麦核心种质基因型数据 |
| 2.3.2 标记染色体分布和连锁不平衡 |
| 2.3.3 不同身份信息组别遗传多样性分析 |
| 2.3.4 群体材料间遗传相似性 |
| 2.3.5 群体遗传结构 |
| 2.3.6 全基因组关联分析的模型参数选择 |
| 2.3.7 历史表型数据全基因组关联分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 硬粒小麦基因型鉴定 |
| 2.4.2 NSGC硬粒小麦核心种质遗传多样性 |
| 2.4.3 硬粒小麦关联分析 |
| 第三章 栽培二粒小麦群体演化与现代小麦遗传多样性分化 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料和方法 |
| 3.2.1 试验材料及其基因型数据 |
| 3.2.2 栽培二粒小麦群体表型调查 |
| 3.2.3 基因型数据预处理 |
| 3.2.4 群体遗传结构分析 |
| 3.2.5 群体遗传多样性分析 |
| 3.2.6 表型数据统计学分析 |
| 3.2.7 栽培二粒小麦表型关联分析 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 参试群体基因型数据概况 |
| 3.3.2 栽培二粒小麦群体表型数据概况 |
| 3.3.3 栽培二粒小麦抽穗期、株高和粒形全基因组关联分析 |
| 3.3.4 栽培二粒小麦群体结构 |
| 3.3.5 全部材料群体结构分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 栽培二粒小麦群体演化模式 |
| 3.4.2 硬粒小麦和普通小麦的驯化 |
| 第四章 硬粒小麦主要农艺性状关联分析 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 试验材料和基因型数据 |
| 4.2.2 田间实验 |
| 4.2.3 表型数据调查 |
| 4.2.4 表型数据分析 |
| 4.2.5 关联分析和基因组预测 |
| 4.2.6 连锁分析 |
| 4.2.7 关联位点候选基因分析 |
| 4.3结果与分析 |
| 4.3.1 群体农艺性状变异情况 |
| 4.3.2 全基因组关联分析 |
| 4.3.3 关联位点遗传效应 |
| 4.3.4 关联位点一因多效或遗传连锁情况 |
| 4.3.5 关联位点选择信号 |
| 4.3.6 分子选择育种 |
| 4.3.7 三个关联位点的连锁分析 |
| 4.3.8 关联位点处已报道的QTL或基因 |
| 4.3.9 关联位点候选基因分析 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 硬粒小麦主要农艺性状遗传结构 |
| 4.4.2 关联位点处已报道的QTL或基因 |
| 4.4.3 关联位点候选基因 |
| 第五章 硬粒小麦抗旱性全基因组关联分析以及抗旱位点locus.4B.1候选基因初步功能鉴定 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 试验材料 |
| 5.2.2 抗旱性相关表型调查和统计分析 |
| 5.2.3 数据分析 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 不同抗旱指标的比较分析 |
| 5.3.2 小麦抗旱性全基因组关联分析 |
| 5.3.3 枯萎指数关联位点与已定位QTL的共定位关系 |
| 5.3.4 Locus.4B.1单倍型分析 |
| 5.3.5 Locus.4B.1候选基因分析 |
| 5.3.6 TaWD40.4B 2自然变异分析 |
| 5.3.7 TaWD40.4B.1～3 EMS突变体抗旱性鉴定 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 枯萎指数在小麦抗旱遗传学方面应用价值 |
| 5.4.2 小麦抗旱位点locus.4B.1 |
| 5.4.3 抗旱位点locus.4B.1候选基因TaWD40.4B |
| 第六章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在读期间发表文献 |
| 附表 |
| 附表1 NSGC硬粒小麦核心种质身份信息 |
| 附表2 栽培二粒小麦群体亚群划分 |
| 附表3 Locus.4B.1抗旱区域基因功能注释和表达量 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 |
（8）长江中下游麦区小麦地方种质条锈病抗性与产量相关性状多样性评价及其QTL定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 小麦条锈病及其危害和防治 |
| 1.1.1 小麦条锈病 |
| 1.1.2 小麦条锈病特点 |
| 1.1.3 小麦条锈病防治 |
| 1.2 小麦抗条锈病研究进展 |
| 1.2.1 小麦抗条锈病类型 |
| 1.2.2 已正式命名的抗条锈病基因 |
| 1.2.3 成株抗性研究进展 |
| 1.2.4 抗条锈病在地方种质中的研究进展 |
| 1.3 抗病性遗传研究方法 |
| 1.3.1 常规杂交法 |
| 1.3.2 基因推导分析 |
| 1.3.3 非整倍体法和细胞分子遗传学 |
| 1.3.4 DNA分子标记和基因芯片技术 |
| 1.3.5 元分析 |
| 1.4 QTL作图基本原理与方法 |
| 1.4.1 QTL作图原理 |
| 1.4.2 QTL作图群体 |
| 1.4.3 QTL作图方法 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 第二章 小麦抗条锈病一致性图谱(MQTL)构建 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 小麦抗条锈病QTL信息搜集 |
| 2.1.2 小麦抗条锈病QTL整合 |
| 2.1.3 小麦抗条锈病QTL元分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 小麦抗条锈病QTL信息收集和图谱整合 |
| 2.2.2 小麦条锈病QTL元分析 |
| 2.2.3 小麦抗条锈病QTL一致性遗传图谱的构建 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 长江中下游麦区小麦地方种质条锈病抗性与产量相关性状多样性评价 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 苗期条锈病鉴定 |
| 3.1.3 苗期条锈病抗性鉴定设计与方法 |
| 3.1.4 长江中下游地区地方种质成株期田间鉴定 |
| 3.1.5 条锈病诱导环境下产量相关性状调查 |
| 3.1.6 表型数据处理 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 苗期条锈病抗性表型多样性分析 |
| 3.2.2 成株期条锈病抗性表型多样性分析 |
| 3.2.3 不同省份抗条锈病材料分布 |
| 3.2.4 条锈病诱导环境下产量相关性状分析 |
| 3.2.5 条锈病抗性稳定种质资源筛选 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 地方种质安岳红小麦成株期抗条锈病QTL定位 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 供试材料 |
| 4.1.2 苗期条锈病鉴定 |
| 4.1.3 苗期条锈病抗性鉴定设计与方法 |
| 4.1.4 安岳红小麦RIL群体成株期田间鉴定 |
| 4.1.5 表型数据处理 |
| 4.1.6 亲本和群体基因组DNA的提取和SNP检测分析 |
| 4.1.7 遗传连锁图谱的构建 |
| 4.1.8 运用完备区间作图法BIP和 MET模式表型鉴定数据定位 |
| 4.1.9 QTL命名 |
| 4.1.10 KASP标记开发设计及特异性检测 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 苗期鉴定结果 |
| 4.2.2 安岳红小麦群体成株期的条锈病鉴定分析 |
| 4.2.3 55K Axiom?Biobank芯片数据分型结果及连锁图谱构建 |
| 4.2.4 同一环境BIP和不同环境MET的 QTL定位 |
| 4.2.5 5个QTL的物理定位 |
| 4.2.6 控制小麦成株抗条锈病QTL遗传效应分析 |
| 4.2.7 成株期抗条锈病2个QTL的 KASP标记开发 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 安岳红小麦群体单环境BIP模型和多环境MET模型作图比较 |
| 4.3.2 与已知基因位置比较 |
| 4.3.3 KASP标记 |
| 4.3.4 定位5个重要QTL结果在育种中的应用价值 |
| 第五章 安岳红小麦产量相关性状QTL分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 供试材料 |
| 5.1.2 田间设计 |
| 5.1.3 产量相关性状调查 |
| 5.1.4 表型数据处理 |
| 5.1.5 DNA提取及SNP分型 |
| 5.1.6 遗传图谱构建 |
| 5.1.7 利用BIP和 MET两种模式对表型数据进行QTL定位 |
| 5.1.8 QTL命名 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 安岳红小麦群体及其亲本产量相关性状分析 |
| 5.2.2 产量相关性状QTL定位结果 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 产量相关性状单环境BIP模型和多环境MET模型作图比较 |
| 5.3.2 一因多效QTL |
| 5.3.3 比较已报道产量相关性状QTL结果 |
| 第六章 地方种质宜宾猪儿麦成株期抗条锈病QTL定位 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 供试材料 |
| 6.1.2 宜宾猪儿麦与台长29的RIL群体抗条锈病接种菌种 |
| 6.1.3 苗期条锈病抗性鉴定设计与方法 |
| 6.1.4 宜宾猪儿麦RIL群体成株期田间鉴定 |
| 6.1.5 表型数据处理 |
| 6.1.6 亲本和群体基因组DNA的提取和SNP检测分析 |
| 6.1.7 遗传连锁图谱的构建 |
| 6.1.8 运用完备区间作图法BIP模式和MET模式表型鉴定数据定位 |
| 6.1.9 QTL命名 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 苗期鉴定结果 |
| 6.2.2 宜宾猪儿麦群体成株期的条锈病鉴定分析 |
| 6.2.3 55K芯片数据分型结果及连锁图谱构建 |
| 6.2.4 同一环境BIP和不同环境MET的 QTL定位 |
| 6.2.5 5个QTL的物理定位 |
| 6.2.6 控制小麦成株抗条锈病QTL遗传效应分析 |
| 6.3 讨论 |
| 6.3.1 宜宾猪儿麦单环境BIP模型和多环境MET模型作图比较 |
| 6.3.2 与安岳红小麦定位结果及已知基因位置比较 |
| 6.3.3 成株期抗条锈病QTL在育种中的潜在应用价值 |
| 第七章 宜宾猪儿麦产量相关性状QTL分析 |
| 7.1 材料与方法 |
| 7.1.1 供试材料 |
| 7.1.2 田间设计 |
| 7.1.3 产量相关性状调查 |
| 7.1.4 表型数据处理 |
| 7.1.5 DNA提取及SNP分型 |
| 7.1.6 遗传图谱构建 |
| 7.1.7 利用BIP和 MET两种模式对表型数据进行QTL定位 |
| 7.1.8 QTL命名 |
| 7.2 结果与分析 |
| 7.2.1 宜宾猪儿麦群体及其亲本产量相关性状分析 |
| 7.2.2 产量相关性状QTL定位结果 |
| 7.3 讨论 |
| 7.3.1 产量相关性状单环境BIP模型和多环境MET模型作图比较 |
| 7.3.2 一因多效QTL |
| 7.3.3 比较已报道产量相关性状QTL结果及安岳红小麦结果 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 附表 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（9）普通小麦-野生二粒小麦染色体臂置换系在小麦遗传育种中的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 小麦的起源与分类 |
| 1.2 野生二粒小麦作为小麦种质资源的重要性 |
| 1.2.1 野生二粒小麦的起源与分布 |
| 1.2.2 野生二粒小麦的形态特征 |
| 1.2.3 野生二粒小麦的优良性状以及在育种中的应用 |
| 1.2.3.1 野生二粒小麦总体育种概述 |
| 1.2.3.2 野生二粒小麦用于小麦抗病育种研究 |
| 1.2.3.3 野生二粒小麦用于小麦耐逆性育种研究 |
| 1.2.3.4 野生二粒小麦用于小麦品质育种研究 |
| 1.3 遗传群体的类型 |
| 1.3.1 F_2群体 |
| 1.3.2 回交群体(BC) |
| 1.3.3 重组自交系(RIL) |
| 1.3.4 近等基因系(NIL) |
| 1.3.5 染色体片段置换系(CSSLs) |
| 1.3.6 双单倍体群体(DH) |
| 1.4 单倍体育种相关研究及应用 |
| 1.4.1 单倍体育种相关研究 |
| 1.4.2 单倍体技术在遗传育种中的应用 |
| 1.5 小麦杂种优势研究进展 |
| 1.5.1 杂种优势的利用和遗传基础研究进展 |
| 1.5.2 杂种优势的假说 |
| 1.6 小麦农艺性状与品质性状构成因素及相关性状的研究 |
| 1.6.1 小麦农艺性状 |
| 1.6.2 小麦品质性状 |
| 1.6.3 小麦农艺性状与品质性状的关系 |
| 1.7 本研究的目的与意义 |
| 2 野生二粒小麦染色体臂置换系品质性状分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 研究材料 |
| 2.1.2 研究方法 |
| 2.1.2.1 田间试验设计 |
| 2.1.2.2 品质性状检测 |
| 2.1.2.3 数据处理 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 两年置换系群体品质性状的遗传变异 |
| 2.2.2 置换系品质性状的变异 |
| 2.3 讨论 |
| 3 小麦农艺性状与产量性状杂种优势分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 研究材料 |
| 3.1.2 研究方法 |
| 3.1.2.1 田间试验设计 |
| 3.1.2.2 农艺性状调查 |
| 3.1.2.3 数据处理与杂种优势位点初定位 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 株高杂种优势分析 |
| 3.2.2 穗颈长杂种优势分析 |
| 3.2.3 穗长杂种优势分析 |
| 3.2.4 粒长杂种优势分析 |
| 3.2.5 粒宽杂种优势分析 |
| 3.2.6 千粒重杂种优势分析 |
| 3.2.7 预测小麦性状杂种优势位点可能位于的染色体片段 |
| 3.3 讨论 |
| 4 通过创建DH系选育小麦育种中间材料 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 研究材料 |
| 4.1.2 研究方法 |
| 4.1.2.1 田间试验设计 |
| 4.1.2.2 小麦主要农艺性状描述 |
| 4.1.2.3 小麦性状调查 |
| 4.1.2.4 品质性状检测 |
| 4.1.2.5 数据处理 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 主要性状分析 |
| 4.2.1.1 主要农艺性状分析 |
| 4.2.1.2 主要产量性状分析 |
| 4.2.1.3 主要品质性状分析 |
| 4.2.2 主要农艺性状与产量性状相关性分析 |
| 4.2.3 主要品质性状的相关性分析 |
| 4.2.4 方差分析 |
| 4.2.5 不同环境各性状相关性分析 |
| 4.2.6 聚类分析 |
| 4.3 讨论 |
| 5 总结与展望 |
| 5.1 总结 |
| 5.2 本研究的创新点 |
| 5.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录1 |
| 致谢 |
（10）野生二粒小麦面粉加工品质相关性状的全基因组关联分析及高分子量谷蛋白亚基基因1Ax1的克隆（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩写词(Abbreviations) |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 野生二粒小麦的相关研究及其进展 |
| 1.1.1 野生二粒小麦的形态特点与分布 |
| 1.1.2 野生二粒小麦全基因组的研究进展 |
| 1.1.3 野生二粒小麦优质性状及育种应用 |
| 1.1.4 小麦贮藏蛋白的组成和分类 |
| 1.1.5 种子储藏蛋白与品质性状的关系 |
| 1.1.6 小麦品质性状定位的研究进展 |
| 1.2 全基因组关联分析的研究进展 |
| 1.2.1 全基因组关联分析基本原理 |
| 1.2.2 全基因组关联分析的方法与策略 |
| 1.2.3 全基因组关联分析的优势与不足 |
| 1.2.4 全基因组关联分析的应用 |
| 1.3 高分子量谷蛋白的研究进展 |
| 1.3.1 HMW-GS基因的分子结构特点 |
| 1.3.2 HMW-GS分子标记开发 |
| 1.3.3 HMW-GS与小麦面包品质的关系 |
| 1.4 本研究的目的与意义 |
| 第二章 野生二粒小麦面粉加工品质相关性状的关联分析 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 植物材料 |
| 2.1.2 实验试剂与仪器 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 植物DNA的提取 |
| 2.2.2 基因组DNA浓度及纯度的鉴定 |
| 2.2.3 试验设计及性状调查 |
| 2.2.4 面粉加工品质性状统计分析 |
| 2.2.5 小麦55K SNP基因芯片基因分型 |
| 2.2.6 群体结构分析 |
| 2.2.7 全基因组关联分析 |
| 2.2.8 候选基因的鉴定 |
| 2.3 结果分析 |
| 2.3.1 野生二粒小麦面粉加工品质的表型变异分析 |
| 2.3.2 面粉加工品质性状与环境的互作关系 |
| 2.3.3 面粉加工品质性状相关性分析 |
| 2.3.4 小麦55K芯片A、B染色体位点的多样性 |
| 2.3.5 基于小麦55K芯片的121份野生二粒小麦群体结构分析 |
| 2.3.6 面粉品质相关性状的全基因组关联分析 |
| 2.3.7 显着关联的SNP位点预测的候选基因 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 品质性状相关性分析 |
| 2.4.2 面粉加工品质相关的SNP位点分析 |
| 2.4.3 候选基因功能分析 |
| 2.4.4 GWAS分析影响因素 |
| 第三章 野生二粒小麦J129-1Ax1亚基基因克隆与分析 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.1.1 植物材料 |
| 3.1.2 实验试剂与仪器 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 植物DNA的提取和纯化 |
| 3.2.2 HMW-GS基因的PCR扩增与回收 |
| 3.2.3 PCR产物T载克隆 |
| 3.2.4 定向缺失制备亚克隆 |
| 3.2.5 DNA测序与分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 HMW-GS基因的PCR扩增 |
| 3.3.2 HMW-GS基因的亚克隆 |
| 3.3.3 野生二粒小麦J129-1Ax1基因的序列特征 |
| 3.3.4 野生二粒小麦J129-1Ax1基因与已知Ax亚基氨基酸序列的比较 |
| 3.3.5 野生二粒小麦J129-1Ax1基因的系统进化分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 高分子谷蛋白亚基克隆方法 |
| 3.4.2 高分子量谷蛋白亚基对小麦品质改良的应用 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
四、普通小麦品质性状遗传与QTL分析（论文参考文献）
- [1]小偃麦种质系SN304的鉴定及重要性状QTL分析[D]. 张霞. 山东农业大学, 2021
- [2]小麦驯化过程中亚基因组差异核苷酸模式及粒型调控位点的研究[D]. 董鲁浩. 山东农业大学, 2021(01)
- [3]野生二粒小麦居群进化及其产量性状全基因组关联分析[D]. 李乐晨. 河南大学, 2020(02)
- [4]小麦-华山新麦草抗纹枯病渐渗系H-6-11-1的分子细胞遗传学分析[D]. 张珍悦. 西北农林科技大学, 2020
- [5]节节麦早期生物量、产量及其相关性状在人工合成小麦背景下的QTL分析[D]. 杨玉敏. 四川农业大学, 2020
- [6]黄河流域节节麦5t+10.5t亚基导入小麦后的品质效应分析[D]. 赵梦雨. 河南大学, 2020(02)
- [7]硬粒小麦核心种质遗传多样性及农艺和抗旱性状全基因组关联分析[D]. 王树彬. 山东大学, 2020(01)
- [8]长江中下游麦区小麦地方种质条锈病抗性与产量相关性状多样性评价及其QTL定位[D]. 程宇坤. 四川农业大学, 2019(06)
- [9]普通小麦-野生二粒小麦染色体臂置换系在小麦遗传育种中的应用[D]. 王中秋. 浙江农林大学, 2019(01)
- [10]野生二粒小麦面粉加工品质相关性状的全基因组关联分析及高分子量谷蛋白亚基基因1Ax1的克隆[D]. 张灿灿. 河南大学, 2019(01)