从动物和土壤中直接检测鼠疫耶尔森菌

从动物和土壤中直接检测鼠疫耶尔森菌

一、从动物和土壤中直接检测鼠疫耶尔森氏菌(论文文献综述)

李瑞[1](2021)在《云南家鼠鼠疫疫源地三县(市)地表土壤特性研究》文中提出目的调查家鼠鼠疫疫源地鼠疫静息期地表土壤特性现况,分析不同鼠疫发生情况的土壤特性分布差异和土壤各特性间的相关关系,探讨鼠疫流行与土壤特性之间的关系,为评估鼠疫发生和流行风险、有效预防和控制鼠疫疫情提供基线资料。方法2019年7月至8月选取云南家鼠鼠疫疫源地弥勒市、芒市和梁河县进行土壤采样,采样点根据鼠疫发生情况分为8个疫村和8个非疫村,共采集土壤样品230份,记录土地利用方式。Munsell比色卡法鉴别土壤颜色并归类,烘干法测定干物质含量,电位法测定p H值,电极法测定电导率,重铬酸钾氧化-外加热法测定有机质,微波消解—ICP-OES测定Fe、Ca、Ti、Co、Cu、Ni、V等7种金属元素含量。应用Microsoft Excel 2019录入并整理资料,SPSS 26.0统计分析,采用Chisquare test、Wilcoxon signed-rank test、Kruskal-Wallis H test、Mann-Whitney U test对不同地区、土壤颜色、土地利用方式及不同鼠疫发生情况的土壤特性分布差异分析,采用Spearman’s rank correlation分析土壤各特性相关关系。结果1.对230份土壤样品分类和检测,土壤颜色归类为五种,红、棕、黄棕、红黄和灰棕,p H中位数为5.82,低于云南土壤p H,电导率测定值中位数166.51μS/cm,有机质测定值中位数21.19 g/kg。疫源地富含Fe、Ca、Ti元素,Cu、Ni、V元素较其他金属元素含量低。2.不同地区土壤特性总体分布不全一致(均P<0.05),弥勒包括红、棕和黄棕土;芒市包括棕、黄棕和红黄土,梁河县包括棕、黄棕、红黄和灰棕土。弥勒酸度、电导率、Fe、Ti、Co、Cu、Ni、V元素最高,梁河县Ca元素含量最高(均P<0.017)。3.不同土壤颜色分类的土壤特性总体分布不全一致(均P<0.01),红黄土酸度最高、电导率和有机质含量最低;Fe、Ti、Co、Cu、Ni、V元素含量均在红土中最高,灰棕土中最低;Ca元素含量在棕土中高于黄棕土,黄棕土和灰棕土高于红土和红黄土(均P<0.005)。4.不同土地利用方式的p H、有机质、Ca、Cu、Ni、V元素总体分布不全一致(均P<0.05),耕地、林地的有机质高于草地;林地酸度大于草地,Ca元素含量最低,Cu、V元素含量高于草地,Ni元素含量高于耕地(均P<0.017)。5.不同鼠疫发生情况对比分析中,疫村Ni、V元素含量低于非疫村(P<0.05)。弥勒疫村电导率、Fe、Ti、Cu、Ni和V元素均低于非疫村,芒市疫村有机质、Ti、Co、Cu元素均高于非疫村,梁河县电导率、Ti元素高于非疫村(均P<0.05)。6.土壤各特性间具有相关性,p H与Ca、Co元素,电导率与p H、有机质、Ca、Cu元素,有机质与Cu元素均呈正相关。Ca和Ti、Co元素无相关,和Fe、Cu、Ni、V四种元素均呈负相关,其余六种元素间均呈正、强相关。结论1.云南家鼠鼠疫疫源地采样地区土壤整体呈酸性,处于轻度盐化状态,土壤养分有机质指标为三级中等,金属元素种类和含量丰富,除Ca元素外的其余六种金属元素含量均高于中国土壤环境背景值。2.弥勒主要为红色土,芒市主要为棕色土,梁河县主要为棕色土且色度广。红黄土酸度最强,电导率、有机质最低。红土中Fe、Ti、Co、Cu、Ni、V六种金属元素含量最高,灰棕土Ca元素含量相对较高,其他元素含量较低。土壤金属元素在不同颜色和不同地区的分布规律基本一致。3.不同土地利用方式土壤特性分布不同,林地酸度较强,有机质、Cu、Ni、V元素含量较高,Ca元素含量最低。4.不同疫况某些金属元素含量的差异与引起鼠疫暴发的含量升降趋势相同,但未达到引起鼠疫暴发升降倍数,且不同地区不同疫况某些元素存在差异,提示需分地区、连续动态密切监测金属元素变化规律,防控鼠疫暴发。5.不同疫况土壤各特性相关性分布基本一致。土壤特性间相关关系较密切,Ca元素和Fe、Cu、Ni、V四种元素均呈负相关,其余六种元素间均呈正、强相关。

秦婧靓[2](2021)在《云南省鼠疫耶尔森氏菌静息期前后基因组多样性研究》文中研究表明研究背景及目的鼠疫是一种严重危害人类健康的烈性传染病,历史上三次世界性的鼠疫大流行造成至少一亿六千万人的死亡。其中,发生在19世纪末的第三次鼠疫大流行被认为起源于中国云南省,随后经海洋航线波及美洲、大洋洲、非洲等地区,一直持续至20世纪中叶。鼠疫的病原菌——鼠疫耶尔森氏菌在自然界可长期存活,在适宜生境下能形成自然疫源地。但鼠疫菌在疫源地的流行并非长期持续,而是表现为流行-静息间隔交替出现的形式。其交替时间可从几年至几十年不等。限于过去研究手段不足,对于这种流行-静息间隔型鼠疫种群变化规律和遗传关系的研究仍处于空白阶段。该类型鼠疫的流行由本地长期潜伏的鼠疫菌所导致,还是由外地重新引入的鼠疫菌引发,目前也没有明确答案。我国有12种不同类型的鼠疫自然疫源地,其中云南黄胸鼠鼠疫自然疫源地呈现典型的流行-静息-再流行特征,且不同流行期都有丰富的菌株保藏,为流行-静息间隔型鼠疫研究提供了可靠样本。本研究中,我们分析了1952-2016年云南省12个州、市360株鼠疫菌,其中包括两次流行期和两次静息期菌株。通过对上述鼠疫菌全基因组序列进行种群结构和群体遗传学分析,以期重建云南省鼠疫菌的系统发育关系,明确该菌静息期前后的种群结构及遗传多样性,了解静息期前后鼠疫菌传播模式,探索其种群变化规律。研究内容与结果1.鼠疫耶尔森氏菌基因组变异及种群多样性分析本研究中,我们新测序了360株云南省黄胸鼠鼠疫疫源地分离株,覆盖了多个鼠疫菌系统发育分支,包括1.ORI2(343株)、2.MED、1.IN1、1.IN2、1.IN3、1.ORI3和2.ANT(17株)。优势种群1.ORI2中343株鼠疫菌共鉴定到263个可靠的SNP变异位点。系统发育分析表明,云南省鼠疫菌可分为2个主要群,流行1和静息1(静息前)菌株主要集中在Sublineage 1;流行2和静息2(静息后)菌株分布在Sublineage 2。这2个主要群由同一祖先平行分化而来,并且Sublineage 2不是Sublineage 1的后代菌株。进化速率及两两菌株间遗传距离分析结果表明,2个主要群菌株分支至节点距离与采样时间呈显着正相关,并且Sublineage 1菌株的进化速率及两两菌株间的遗传距离均高于Sublineage 2菌株。因此,我们推测云南省黄胸鼠疫源地鼠疫的两次流行分别由Sublineage 1和Sublineage 2导致。Sublineage 1中1952-1956年流行1菌株分布于德宏州、大理州和保山市,其中大理州分离菌株最多。1956年后鼠疫进入静息期,长达25年。与Sublineage 1有所不同,Sublineage 2可进一步细分为4个亚群(命名为wave 1-wave 4)。wave1菌株最先出现,主要分布于滇西;其次为wave 2和wave 3,wave 2菌株主要分布于滇西和滇中;wave 3分布于滇西、滇中、滇南和滇东,其采样时间短、地区跨度大;wave 4中包含静息2时期菌株,地区跨度仅次于wave 3。静息后鼠疫呈现出由西向东,由边境向内陆发展的动态模式,并且位于滇西的德宏州,鼠疫疫情出现最早消失最晚,一直有分离到鼠疫菌。2.云南省黄胸鼠鼠疫传播规律为了进一步了解云南省静息期前后鼠疫菌传播模式以及与国际菌株间的关系,我们结合采样时间、地点,并基于菌株间传播事件和系统发育关系,对静息期前后鼠疫菌进行了初步分析。系统发育分析表明,Sublineage 1中菌株呈梯形分布,大理分离株位于进化树根部,长期在本地进行传播;Sublineage 2由4个亚分支组成,其中wave 2和wave 3几乎在同一时期发生流行。因此,我们推测流行2的疫情可能是由Sublineage 2的多个分支共同导致。我们还观察到Sublineage 2中滇西菌株位于进化树的根部,菌株呈现由西向东的传播趋势。并且,位于滇西的德宏菌株集中分布于Sublineage 2的根部以及其亚分支中。综合流病学和基因组学分析结果,我们推断德宏州很可能就是流行2鼠疫疫情的起源地,并以此为中心向云南中部、南部及东部地区扩散。最后,我们纳入已公布的470株鼠疫菌以及此次测序的360株云南菌株,进一步明确了云南菌株在国际菌株中的系统发育地位。研究结论与意义本研究从全基因组角度分析了云南省1952-2016年黄胸鼠鼠疫自然疫源地鼠疫菌的种群结构、遗传多样性和传播模式,为后续深入研究这种流行-静息间隔型鼠疫种群变化规律及流行机制提供了新的线索。通过对有详细历史记录和样本的云南鼠疫疫源地的流行病学调查和群体基因组学分析,(1)我们发现静息期前后鼠疫的两次流行由2个姐妹种群分别引起,它们拥有共同祖先来源,而非同一分支相继发生;其中静息前菌株的遗传多样性及进化速率均高于静息后菌株。(2)我们明确了静息期前后鼠疫菌的传播模式,静息前菌株主要集中在大理州,长期在本地循环传播;而静息后鼠疫可能起源于德宏州,由西向东进行传播。本课题分析归纳了云南省几十年间鼠疫的传播规律,为鼠疫菌这一重要病原的防控提供重要支撑。

穆慧[3](2021)在《中国小肠结肠炎耶尔森菌分布特征与旱獭携带嗜吞噬细胞无形体的调查研究》文中认为第一部分 中国小肠结肠炎耶尔森菌分布特征目的通过对中国1980-2019年不同地区小肠结肠炎耶尔森菌的病原学与PFGE型别特征分析,为小肠结肠炎耶尔森菌病的防控提供依据。方法对中国不同区域、不同来源标本分离到的6847株小肠结肠炎耶尔森菌,进行血清型别、生化表型、毒力基因分布研究,对致病性菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)型别聚类分析。结果1.本研究中分离到的6847株小肠结肠炎耶尔森菌主要来源于动物(88.36%,6050/6847),其次是腹泻病人(6.44%,441/6847)、食品(4.76%,326/6847)及外环境(0.44%,30/6847)。在动物源菌株中,以猪源株占比最高(43.24%%,2616/6050),其次为啮齿类(27.69%,1675/6050)。2.小肠结肠炎耶尔森菌中致病性菌株2047株、非致病菌4800株。致病性菌株仅存在O:3和O:9两种血清型,O:3占比88.96%(1821/2047)、O:9占比11.04%(226/2047)。18个省市自治区的致病株以O:3血清型为主,宁夏回族自治区以O:9血清型为主。非致病菌在调查的22个省份均有分布,血清型众多,普遍比致病株具有更多的阳性生化反应。3.致病株共有两种组合,其中Ⅰ型占92.67%(1897/2047),携带ail、ystA、yadA和virF基因,Ⅱ型占7.33%(150/2047),为丢失毒力质粒的致病菌。非致病株以携带ystB基因的Ⅲ型和所有毒力基因均不携带的Ⅳ型占比较高,分别占62.83%(3016/4800)、36.19%(1737/4800)。上述四种典型的基因型别(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ)在所有调查的22个省份大多数省份有分布。此外,非致病株还存在仅携带ail基因(Ⅵ型)或同时携带ail和ystB基因(V型)的菌株分布于个别省份。4.1821株O:3致病株分为93个PFGE型别,分布19个省市自治区,其中K6GN11C30021、K6GN11C30012为优势带型分别占比46.35%、22.5%,75.38%的人源菌株与分离自当地的动物、食品菌株带型一致;226株O:9致病株共分为14个PFGE型别,分布于8个省市自治区,77.78%人源菌株与分离自当地的动物、食品菌株带型一致。结论1.我国小肠结肠炎耶尔森菌分布广泛、宿主众多,致病株仅有两个血清型,非致病株血清型众多,可能比致病株具有更强的生化代谢能力与环境适应力。2.非致病菌株普遍比致病性菌株具有更多的阳性生化反应,表明其可能具有更强的生化代谢能力与环境适应力。致病株中,O:3血清型与O:9血清型的主要生化编码亦不存在交叉,表明二者可能具有不同的生化分解能力与生态位。3.致病性菌株PFGE优势带型相对集中,地域分布广泛,多数人源菌株与分离自当地的动物、食品菌株带型一致,应警惕通过家畜家禽、食品及外环境等多种来源感染人的风险。第二部分 旱獭携带嗜吞噬细胞无形体的调查研究目的了解鼠疫自然疫源地中旱獭携带嗜吞噬细胞无形体的情况,为无形体病与鼠疫的防控提供科学依据。方法1.对采集到的旱獭标本检测嗜吞噬细胞无形体16S rRNA基因与groESL基因,对巢式序列进行测序比对;2.以嗜吞噬细胞无形体阳性的旱獭组织研磨液感染BALB/c小鼠及L929细胞,检测嗜吞噬细胞无形体16SrRNA基因与groESL基因并测序。结果1.从2019年至2020年在中国甘肃省肃北县喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地共采集到212只旱獭,总阳性率为20.75%(44/212),其中被捕获的活体旱獭的嗜吞噬细胞无形体阳性检出率为19.21%(29/151),自毙旱獭检出率为24.59%(15/61)。分布于旱獭的心、肝、脾、肺、骨髓中。2.旱獭来源的嗜吞噬细胞无形体的16S rRNA基因序列、groEL核苷酸序列,GroEL氨基酸序列与嗜吞噬细胞无形体参考菌株HZ(CP000235.1)的同源性分别为99.52%(1463/1470),94.07%(1173/1247)和99.52%(413/415)。3.旱獭组织中的嗜吞噬细胞无形体成功感染BALB/c小鼠及L929细胞,可从小鼠中及L929细胞再次检测到嗜吞噬细胞无形体。结论1.本研究首次发现旱獭携带嗜吞噬细胞无形体,具有较高的携带率,并分布于全身多个脏器。2.旱獭可能是嗜吞噬细胞无形体的储存宿主。

李瑞,尹家祥[4](2020)在《生态地理景观要素土壤与鼠疫的关系》文中研究表明生态地理景观是鼠疫自然疫源地形成的重要因素,由土壤、地形、气候、植被等要素构成,其中土壤要素在鼠疫静息期和流行期中起到了重要作用。本文结合鼠疫菌在土壤中的保存假说以及土壤性质对鼠疫流行的影响进行综述。

刘洁[5](2019)在《《全球视野下的新兴人畜共患病》(第一、二章)翻译实践报告》文中研究说明近年来,人畜共患病不仅频繁发生,而且呈现上升趋势,一次次涉及人畜共患病的突发公共事件让越来越多的人认识到研究人畜共患病的重要性。Emerging Zoonoses:A Worldwide Perspective(《全球视野下的新兴人畜共患病》)正是一部在当前时代背景下应运而生的着作,本翻译实践报告所选材料来自于该书的前两章,即总论部分,主要阐述了人畜共患病的历史回顾及此类疾病的传播机制等内容。本报告主要分为引言、翻译任务描述、翻译过程、案例分析及翻译实践总结五个部分。其中,案例分析部分为重点,通过列举分析翻译过程中遇到的典型例子,从遵照医学行业语言习惯为出发点,以力求译文科学性、准确性、真实性为翻译思路,采用灵活多样的翻译方法,处理医学文本中词汇、句法、表格等方面的问题及翻译难点,旨在达到既忠实源本又符合汉语医学文本表达习惯的效果。回顾翻译过程中遇到的问题及经验教训,译者意识到医学专业知识对于医学翻译实践的关键意义:只有以医学专业知识为支撑,以英汉两种语言的构造规律为抓手,才能深入理解源本,通顺完整地进行语言转换表达,使译文符合医学翻译标准的要求。由此,译文质量得到保证,译者也能提高自身医学翻译的综合素养。

王波[6](2019)在《鹤庆野鼠鼠疫疫源地鼠疫噬菌体的分离、生物学特性及基因组研究》文中指出[目 的]本课题旨在调查鹤庆野鼠鼠疫疫源地中是否存在鼠疫噬菌体,如果存在,这些噬菌体的特性如何,这些特性又与鹤庆鼠疫菌有什么样的联系,其在鼠疫的微生态中又扮演什么角色,又是怎样影响着鼠疫流行的。[方 法]1.选择2017年云南省鹤庆新发鼠疫疫点新华镇作为调查点,鼠笼及鼠铗法捕鼠,采集鼠肠道标本进行鼠疫噬菌体的分离。2.采用双层平板分离、纯化鼠疫噬菌体,并对其增殖,通过浓缩得到满足条件的噬菌体样本;3.对得到的噬菌体测定其最适生长温度,电镜观察形态,并测定其裂解谱,等一般生物学特性的研究。4.用λ噬菌体DNA试剂盒提取其DNA,并进行测序,对得到的鼠疫噬菌体全基因组进行生物信息学分析。[结 果]1.云南省鹤庆县分两次从四个自然村(马厂、小马厂、黑泥绍、安乐村)共采集成年活鼠样本354只,其中分离到鼠疫噬菌体2株,命名为HQ67及HQ103。2.两株噬菌体均属于肌尾噬菌体,头部呈正二十面体结构,尾较长。噬菌斑呈圆形,边缘清晰,直径在1-1.5nm。最适生长温度为37℃,具有特殊的裂解特性,仅裂解鼠疫菌,对其他菌株均不裂解。3.两株噬菌体基因组大小在34kb左右,GC含量在51.46%-52.24%之间,注释基因个数:HQ67注释基因个数39个,HQ103注释基因个数46个。两株噬菌体的核苷酸有97.5%的同源性,两株噬菌体基因组与基因库中两两比对发现:仅L-413C与HQ67的核苷酸有96.4%的同源性,与HQ103的核苷酸有96.6%的同源性。其他噬菌体与该两株噬菌体均无同源性。基因组中Blast 比对结果显示:该两株噬菌体基因与大肠杆菌菌株相似。且画进化树分析发现HQ103、HQ67和L-413C三株噬菌体在进化树的同一分支内,且后两株在同一小分支内。[结 论]本次研究表明鹤庆野鼠鼠疫疫源地中存在鼠疫噬菌体的分布,分离到的鼠疫噬菌体为肌尾型噬菌体,其裂解鼠疫菌具有温度依赖性,即在一定范围内,其裂解性随温度升高而增强,这提示在动物体内此噬菌体对鼠疫菌有生物屏障作用,而在环境中此噬菌体可以与鼠疫菌共存。从基因组上看,此次分离到的两株噬菌体是两株新发现的鼠疫噬菌体,其更深层次的生物学意义及与鼠疫菌在自然界的遗传进化的关系值得进一步探讨。

张艳[7](2018)在《云南省部分鼠疫疫源地中致病耶尔森氏菌PCR检测及其流行病学意义》文中进行了进一步梳理目的了解云南省部分鼠疫疫源地中致病耶尔森菌的分布及其流行现状;完善三种致病耶尔森菌的PCR基因检测方法。方法1.样本采集:共选取云南省野鼠鼠疫疫源地和云南省家鼠鼠疫疫源地共11个地区,家鼠鼠疫疫源地包括:梁河县、宜良县、保山市、弥勒县、弥渡县、玉溪市、文山市;野鼠鼠疫疫源地包括:玉龙县、剑川县、洱源县、鹤庆县。捕鼠采用鼠铗法;同时采集部分家鼠鼠疫疫源地的犬类肛拭子。2.三种致病耶尔森氏菌筛查基因确定:通过对采集的部分样本进行实验,确定筛查三种致病耶尔森氏菌的目标基因。3.PCR初筛:将采取的鼠结盲肠部及其内容物和犬类肛拭子共4985份样本置于10mL改良磷酸盐缓冲液(PBS)中,4℃冷增菌15-21天后用其沉淀液提取DNA,并对foxA、inv、0392基因进行PCR筛查。4.细菌筛查:将初筛过程中PCR阳性样本接种在CIN琼脂平板上,于28℃条件下、24h培养,挑取可疑菌落对foxA、inv、0392基因进行细菌PCR筛查。5.保菌处理:对细菌筛查阳性样本,提取其DNA进行PCR检测并保存其纯菌样本,置于-80℃冰箱保存。6.对实验结果进行统计和分析:数据分析采用R×C列联表的χ2检验,使用SPSS17.0进行统计分析,检验水准P<0.05为有统计学差异。结果1.三种致病耶尔森氏菌筛查基因确定情况:2016年1-5月采集宜良、丽江、弥勒、弥渡四个地区1344份样本和其他菌株进行foxA、inv、F1、0392基因筛查。其中foxA、inv基因分别对筛查小肠结肠炎耶尔森氏菌、假结核耶尔森氏菌筛查具有特异性,F1基因对筛查鼠疫耶尔森氏菌会出现非特异性条带,0392基因对鼠疫耶尔森菌筛查不会出现非特异性条带具有特异性,采用0392基因作为对鼠疫耶尔森菌筛查的目标基因。2.云南省部分鼠疫疫源地中致病耶尔森菌的分离情况:2016年1月至2017年10月,共采集云南省11个地区样本4985份样本,其中foxA阳性样本菌株共248株,分离为4.97%;初筛0392阳性样本6份,阳性率0.12%、初筛inv阳性样本0份。3.云南省部分鼠疫疫源地中致病耶尔森菌的统计学分析:云南省11个地区的三种致病耶尔森氏菌阳性率不完全相同(χ2=197.944,P<0.05);其中0392基因统计分析P>0.05,无统计学意义。foxA阳性菌株(χ2=333.74,P<0.05)具有统计学差异。Inv均为阴性无差异。4.云南省部分鼠疫疫源地鼠类和犬类统计学分析:鼠类样本共4284份,犬类样本共701份。其中鼠类foxA阳性菌株有225株,分离率为4.97%。犬类肛拭子foxA阳性菌株有23株,分离率为3.28%,统计分析(χ2=4.95,P=0.024<0.05)具有统计学差异,即鼠类foxA阳性菌株分离率高于犬类肛拭子foxA阳性菌株分离率。5.云南省野鼠鼠疫疫源地和家鼠鼠疫疫源地统计学分析:云南省野鼠疫源地和家鼠疫源地foxA阳性菌株分离率不完全相同(χ2=164.51,P<0.05),野鼠鼠疫疫源地的foxA阳性菌株分离率比家鼠鼠疫疫源地的分离率高。其中在野鼠鼠疫疫源地中玉龙县的foxA阳性菌株分离率比其他三个县的分离率高,在家鼠鼠疫疫源地以梁河县和弥勒县的foxA阳性菌株分离率较高。6.云南省部分鼠疫疫源地foxA阳性菌株在鼠类型分布情况:不同鼠类型的foxA阳性菌株分离率有差异(χ2=86.20,P<0.05)。其中家鼠鼠疫疫源地鼠类型主要是褐家鼠和黄胸鼠,野鼠鼠疫疫源地鼠类型主要是齐氏姬鼠、大绒鼠和中华姬鼠。对五种鼠类型进行两两比较:大绒鼠和齐氏姬鼠的foxA阳性菌株分离率要高于其他三种鼠的分离率,且foxA阳性菌株分离率主要分布在野鼠鼠疫疫源地,以齐氏姬鼠、大绒鼠为主。7.玉龙县和剑川县foxA阳性菌株分布情况:玉龙县鼠类样本共有853份,以南溪村委会旦后村foxA阳性菌株分离率最高。玉龙县的鼠类样本以大绒鼠foxA阳性菌株分离率要高于其他类型鼠类。剑川县样本包括鼠样本794份样本,foxA阳性菌株分离率较高地区主要集中在石龙村和长乐村。剑川县采集鼠类样本foxA阳性菌株分离率无统计学差异。结论1.云南省野鼠鼠疫疫源地小肠结肠炎耶尔森菌鼠类标本总体分离率高于家鼠鼠疫疫源地。2.在初筛疫源地现场标本或者处理鼠疫疫情时,使用鼠疫菌染色体上的特异基因如YPO0392上基因比在质粒上的F1基因进行PCR中更具说服力。3.在对疫源地的三种致病耶尔森菌监测中,可采用0392、foxA、inv三种目标基因进行组合筛查三种致病耶尔森菌。

魏嘉良[8](2013)在《蜱传媒病中鼠疫、野兔热病原检测方法的建立及疫病情况调查》文中研究表明鼠疫和野兔热均为流行于人类和动物中典型的自然疫源性疾病,呈世界性分布,其病原体分别为鼠疫耶尔森氏菌和土拉弗郎西斯菌,主要通过蜱等媒介叮咬或宿主间接触等方式传播,而引起人和动物的一直急性、烈性传染病。目前两种病原在自然界中的宿主主要包括哺乳动物和节肢动物,如鼠、兔、牛、羊、蜱等多达数百种。由于两种疫病传播速度快、感染剂量低、致死率高,所以两种病原均被列为A类生物恐怖制剂,并得到了世界广泛关注。我国东北三省及内蒙地区是两种病原的自然疫源地。为了了解该地区的流行病学情况,本研究建立了两种病原的PCR、荧光PCR、LAMP检测方法。利用所建立的方法和已知方法对蜱和血清中的两种病原进行抗原抗体检测研究。根据土拉弗朗西斯菌的外膜蛋白,设计合成特异性引物,通过优化反应体系,建立PCR检测方法,扩增片段为123bp;采用标准的鼠疫耶尔森氏菌PCR方法(卫标),扩增片段为249bp。经过敏感性PCR检测,对鼠疫耶尔森菌的最低检出拷贝数为3.02×106copies/μL;对土拉弗朗西斯菌最低检出拷贝数最低为6.4×108copies/μL。针对鼠疫耶尔森氏菌SY-1基因和土拉弗朗西斯菌外膜蛋白基因分别设计特异性引物和探针,建立两种病原的荧光PCR方法。构建两条对应荧光定量PCR检测鼠疫耶尔森菌和土拉弗朗西斯菌的标准曲线,其相关系数分别为1(SY-1引物)和0.998(TL-fopA引物),均呈现良好线性。通过特异性敏感性试验,方法特异性高、敏感性好。根据鼠疫耶尔森氏菌3a染色体基因序列设计并合成2对特异性引物,经过条件及体系的优化,建立了LAMP检测方法。通过浊度仪检测该方法可在40min左右判定结果。特异性敏感性实验结果表明,所建立的方法特异性高,敏感性好,可检测最低核酸拷贝数为3.02×104copies/μL。利用本研究所建立的方法对东北三省及内蒙地区捕捉的4797只蜱中的两种病原进行检测;结果显示为土拉弗郎西斯菌平均感染率为1.45%;吉林省总体染病率为2.37%,内蒙古总体染病率为3.37%,黑龙江省、辽宁省均为阴性;鼠疫耶尔森氏菌均无阳性出现。测序结果同源性高。应用北京军事兽医研究所微生物实验室鼠疫耶尔森氏菌IFA间接免疫荧光试剂盒和美国FULLER公司的土拉弗朗西斯菌IFA间接免疫荧光试剂盒对908份血清样品进行抗体检测,共检测出土拉弗朗西斯菌44份阳性血清,864份阴性。平均感染率为4.84%。其中吉林省总体感染率最高为10.71%,其次为内蒙古总体感染率为6.93%,其他两省均为阴性。鼠疫耶尔森氏菌均为阴性。本研究对蜱传媒病中鼠疫、野兔热的流行病学调查,在一定程度上证实了疾病在东北三省及内蒙地区的流行情况与分布情况,得到了蜱中和血清中两种病原的感染率,为该地区进行更详细更深入的调查研究打下了基础。

黄德蕙,梁江明[9](2011)在《国内外鼠疫引物设计研究进展》文中研究说明目的研究国内外鼠疫PCR引物,了解引物设计种类及特征。方法收集各文献资料中PCR引物设计方法,进行整理归类。结果显示PCR引物设计按数量可分为单引物PCR、双引物PCR、多引物PCR。结论掌握PCR引物设计方法,同时采取相应的防假阴性、假阳性及UDPE防污染措施,可有效地将PCR应用于鼠疫检测中。

浦昀[10](2011)在《三种鼠传疾病快速检测胶体金试纸条的研制》文中研究说明本研究采用胶体金免疫层析技术(GICA),研制鼠疫耶尔森氏菌(Yersinia Pestis;YP)、汉坦病毒(Hantavirus;HV)、钩端螺旋体(Leptospira; LP)快速检测试纸条,经过实验条件优选,使此检测方法操作简便、快捷、灵敏、特异、准确,提高技术含量,降低检测成本,使其适用于现场实地监测,达到及时准确地对3种鼠传疾病进行检疫、监测的目的。本研究对YP、HV和LP的抗原片断进行了优化选择,通过计算机分析同源序列确定了新的抗原位点。构建了由三种病原体共12个抗原位点(其中YP荚膜F1抗原位点2个、HV抗原位点5个、LP抗原位点5个)串联基因片段的表达载体pET-20b-rYHL及pET-20b-rYF、pET-20b-rHV、pET-20b-rLP,在原核表达载体系统中进行表达,纯化并鉴定其活性。纯化后rYHL蛋白经免疫家兔,制备多克隆抗体,随后采用GICA技术,制备鼠疫杆菌、汉坦病毒、钩端螺旋体一步法免疫胶体金快速检测试纸条。结果显示,rYHL及rYF、rHV、rLP四种重组融合蛋白在大肠杆菌中得到高效表达,纯化后表达蛋白经十二烷基硫酸钠—聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)可见与设计相对分子量相符的蛋白带,间接ELISA法检测具有良好的生物活性;rYHL重组融合蛋白免疫家兔得到多克隆抗体,ELISA实验显示制备的多克隆抗体效价稳定,与rYHL抗原能特异性结合;制备了直径约40nm的胶体金溶液,4℃条件下可稳定保存两个月以上,确定了胶体金溶液最佳pH值为7.0,确定了最适抗原标记量为100μg/mL,得到了免疫胶体金探针并进行了纯化;确定了胶体金试纸条的制备条件,制备了鼠疫、肾综合症出血热和钩端螺旋体病快速检测胶体金试纸条,具有良好检测效果。本研究成功构建了重组鼠疫耶尔森氏菌荚膜F1抗原、重组汉坦病毒抗原、重组钩端螺旋体抗原和重组鼠疫汉坦钩端优势抗原表达载体;对rYHL及rYF、rHV、rLP四种重组融合蛋白进行了表达、鉴定、纯化及活性测定;制备了重组鼠疫汉坦钩端优势抗原融合蛋白兔多克隆抗体;制备了胶体金溶液和免疫胶体金探针;制备了3种鼠传疾病的快速检测胶体金试纸条,通过试纸条的初步应用,表明其具有较高的特异性和敏感性,具有很好的应用前景。

二、从动物和土壤中直接检测鼠疫耶尔森氏菌(论文开题报告)

(1)论文研究背景及目的

此处内容要求:

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例:

本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。

(2)本文研究方法

调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

三、从动物和土壤中直接检测鼠疫耶尔森氏菌(论文提纲范文)

(1)云南家鼠鼠疫疫源地三县(市)地表土壤特性研究(论文提纲范文)

摘要
ABSTRACT
缩略语说明
1.前言
    1.1 研究背景及意义
    1.2 土壤与鼠疫菌的关系
    1.3 土壤与鼠疫媒介生物的关系
    1.4 云南家鼠鼠疫疫源地概况
2.材料与方法
    2.1 研究内容
    2.2 技术路线
    2.3 采样点选取与概况
    2.4 土壤样品采集与保存
    2.5 实验试剂、耗材和仪器
    2.6 土壤样品制备
        2.6.1 风干、除杂
        2.6.2 粗磨
        2.6.3 细磨
    2.7 土壤颜色鉴别
    2.8 土壤干物质含量测定
    2.9 土壤pH测定
        2.9.1 样品检测
        2.9.2 质量控制
    2.10 土壤电导率测定
        2.10.1 样品检测
        2.10.2 质量控制
    2.11 土壤有机质测定
        2.11.1 样品检测
        2.11.2 结果计算
        2.11.3 质量控制
    2.12 土壤金属元素测定
        2.12.1 仪器工作条件
        2.12.2 配制标准溶液及绘制标准曲线
        2.12.3 样品处理
        2.12.4 结果计算
        2.12.5 质量控制
    2.13 资料统计与分析
3.结果
    3.1 云南家鼠鼠疫疫源地土壤特性概况
        3.1.1 土壤样品采集分布情况
        3.1.2 疫源地土壤特性调查结果
    3.2 不同地区土壤特性分析
    3.3 不同土壤颜色分类的土壤特性分析
    3.4 不同土地利用方式土壤特性分析
    3.5 不同鼠疫发生情况的土壤特性分析
        3.5.1 不同疫况土壤特性分析
        3.5.2 不同地区不同疫况土壤特性分析
    3.6 土壤各特性之间相关性分析
4.讨论
    4.1 云南家鼠鼠疫疫源地土壤特性分布
    4.2 云南家鼠鼠疫疫源地土壤特性与鼠疫发生的关系
5.结论
参考文献
文献综述 生态地理景观要素土壤与鼠疫的关系
    参考文献
致谢
攻读学位期间发表的学术论文与研究成果

(2)云南省鼠疫耶尔森氏菌静息期前后基因组多样性研究(论文提纲范文)

缩略词
摘要
Abstract
第一章 前言
    1 鼠疫的危害
    2 鼠疫菌遗传多样性研究
    3 静息与流行间隔出现是鼠疫自然疫源地的重要特征
    4 我国鼠疫疫源地分布现状
    5 云南黄胸鼠鼠疫疫源地
    6 研究目的和意义
    7 研究方法和技术路线
第二章 材料与方法
    1 流行病学资料收集、菌株获取及测序
        1.1 鼠疫菌流行病学资料收集
        1.2 基因组数据集
        1.3 基因组测序
    2 数据质控及过滤
    3 基因组拼接和基因注释
    4 单核苷酸多态性鉴定
    5 趋同进化检测
    6 系统发育分析
    7 贝叶斯分析
        7.1 进化速率计算
        7.2 系统发生生物地理学分析
第三章 鼠疫菌静息期前后种群多样性分析
    1 种群结构与遗传多样性
        1.1 SNP结果统计
        1.2 趋同进化分析
        1.3 系统发育分析
        1.4 菌株遗传多样性分析
        1.5 进化速率计算
    2 时空分布与种群分化
        2.1 时间维度上种群动态变化规律
        2.2 地理维度上种群动态变化规律
        2.3 时空分布与种群动态变化规律
    3 小结
第四章 云南省黄胸鼠鼠疫传播规律
    1 静息期前后鼠疫菌传播规律
    2 云南鼠疫菌与国际菌株的进化关系
    3 小结
第五章 讨论
第六章 结论与展望
参考文献
附录
    附表1 本研究中使用的鼠疫菌公共序列背景信息
    附表2 本研究中新测序的云南鼠疫菌基因组背景及组装信息统计
本人简历
作者在学期间取得的学术成果
致谢
综述 动物鼠疫周期流行的生态位影响因素研究进展
    参考文献

(3)中国小肠结肠炎耶尔森菌分布特征与旱獭携带嗜吞噬细胞无形体的调查研究(论文提纲范文)

摘要
abstract
符号说明
第一部分 中国小肠结肠炎耶尔森菌分布特征
    前言
    材料与方法
        1.实验材料
        1.1 菌株来源
        1.2 实验仪器及试剂
        1.3 主要试剂
        2.实验方法
        2.1 生化鉴定
        2.2 生物分型
        2.3 血清分型
        2.4 毒力基因检测
        2.5 脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型
    结果
        3.实验结果
        3.1 实验菌株分布情况
        3.1.1 实验菌株宿主来源分布
        3.1.2 菌株分离年代情况
        3.1.3 地域分布特征
        3.2 生物血清型分布
        3.3 毒力基因分布
        3.4 基因序列分析
        3.5 生化反应
        3.6 PFGE分型结果
    讨论
    结论
第二部分 旱獭携带嗜吞噬细胞无形体的调查研究
    前言
    材料与方法
        1.实验材料
        1.1 标本来源
        1.2 实验试剂
        2.实验方法
        2.1 鼠疫耶尔森菌分离与鉴定、通用16S rRNA基因克隆与测序
        2.2 旱獭携带嗜吞噬细胞无形体的筛选
        2.3 BALB/c小鼠再感染及克隆测序
        2.4 细胞培养与测序
    结果
        3.实验结果
        3.1 嗜吞噬细胞无形体在旱獭中的发现
        3.2 旱獭携带嗜吞噬细胞无形体的检出情况
        3.3 嗜吞噬细胞无形体感染BALB/c小鼠
        3.4 嗜吞噬细胞无形体感染L929 细胞
    讨论
    结论
参考文献
文献综述 小肠结肠炎耶尔森菌致病机制研究
    综述参考文献
致谢
攻读学位期间发表的学术论文目录
个人简介
开题、中期及学位论文答辩委员会组成

(4)生态地理景观要素土壤与鼠疫的关系(论文提纲范文)

1 土壤—鼠疫菌的“潜在宿主”
    1.1 土壤保菌说
    1.2 土壤原生生物与鼠疫菌
2 土壤特性与鼠疫关系
    2.1 土壤类型
    2.2 土壤含水量
    2.3 土壤含盐量
    2.4 土壤金属元素
    2.5 土地利用方式
3 结论与展望

(5)《全球视野下的新兴人畜共患病》(第一、二章)翻译实践报告(论文提纲范文)

Acknowledgements
Abstract
摘要
chapter One Introduction
    1.1 The Original Materials
    1.2 Significance of the Task
Chapter Two Translation Process
    2.1 Pre-translation Preparation
        2.1.1 Stylistic features of medical text and its translation
        2.1.2 Translation tools
    2.2 Implementation of Translation
        2.2.1 Analysis of the source text
        2.2.2 Translating
        2.2.3 Revising and proofreading
    2.3 Difficulties in Translation
Chapter Three Case Analysis
    3.1 Translation at Lexical Level
        3.1.1 Daily vocabulary
        3.1.2 Special terms
    3.2 Translation at Syntactical Level
        3.2.1 Translation of passive voice
        3.2.2 Translation of clauses
    3.3 Additional Translation
    3.4 Translation of Tables
        3.4.1 Abiding by GB7713-87
        3.4.2 Rearrangement of tables
Chapter Four Summary
    4.1 Experience and Inspirations
    4.2 Problems and Shortages
Bibliography
Appendix

(6)鹤庆野鼠鼠疫疫源地鼠疫噬菌体的分离、生物学特性及基因组研究(论文提纲范文)

缩略词表
中文摘要
英文摘要
前言
    1. 鼠疫概况
    2. 云南省鼠疫流行史
    3. 鼠疫噬菌体
    4. 鼠疫噬菌体和鼠疫菌的相互关系
第一章 鼠疫噬菌体的分离
    1. 前言
    2. 材料
        2.1 材料
        2.2 培养基的配制
        2.3 实验仪器
        2.4 菌株
    3. 方法
        3.1 双层琼脂平板法
        3.2 宿主菌的培养
        3.3 样本预处理
        3.4 鼠疫噬菌体的分离
        3.5 分离出样本对应阳性株
        3.6 实验数据统计分析方法
    4. 结果
        4.1 采样数量
        4.2 疫噬菌体分离结果
    5. 讨论
第二章 鼠疫噬菌体的一般生物学特性的研究
    1. 前言
    2. 材料
        2.1 鼠疫噬菌体和宿主菌
        2.2 试剂与材料
        2.3 主要仪器(其余仪器见第一章)
    3. 方法
        3.1 噬菌体的纯化
        3.2 鼠疫噬菌体HQ67、HQ103最适裂解温度
        3.3 双层琼脂法观察噬菌斑的形态
        3.4 噬菌体大规模培养
        3.5 噬菌体的浓缩
        3.6 点滴法测噬菌体滴度
        3.7 电镜观察噬菌体形态
        3.8 鼠疫噬菌体HQ67、HQ103裂解谱的测定
    4. 结果与讨论
        4.1 HQ67和HQ103的最适裂解温度
        4.2 噬菌斑形态
        4.3 噬菌体电镜形态
        4.4 噬菌体不同温度下裂解特性测定
        4.5 讨论
第三章 鹤庆鼠疫噬菌体的基因组研究
    1. 前言
    2. 试剂与材料
        2.1 菌株
        2.2 试剂与材料
        2.3 设备仪器
        2.4 使用的分析软件
    3. 方法
        3.1 鼠疫噬菌体DNA的制备
        3.2 琼脂糖凝胶电泳
        3.3 送测序公司测序
        3.4 鼠疫噬菌体基因组一般特性分析
        3.5 基因组比较分析
        3.6 基因预测及功能注释
    4. 结果
        4.1 鼠疫噬菌体基因组一般特性分析
        4.2 基因组比较结果
        4.3 鹤庆两株噬菌体与基因库已知的11株鼠疫噬菌基因组用MEGA7构建进化树
        4.4 基因预测及功能注释
    5. 讨论
结论
参考文献
附录
    附表1 21株鼠疫菌株信息
    附表2 20株小肠结肠炎耶尔森菌
    附表3 95株不同种属菌株
    附表4 NCBI已知的12噬菌体的基因信息
    附表5 鼠疫噬菌体HQ67全基因组注释
    附表6 鼠疫噬菌体HQ103全基因组注释
    附表7 鼠疫噬菌体L-413C全基因组注释
文献综述
    参考文献
攻读学位期间文章发表情况
致谢

(7)云南省部分鼠疫疫源地中致病耶尔森氏菌PCR检测及其流行病学意义(论文提纲范文)

中文摘要
英文摘要
缩略词表
1 前言
    1.1 鼠疫流行现状
    1.2 小肠结肠炎耶尔森菌和假结核耶尔森菌流行现状
2 材料与方法
    2.1 实验材料
    2.2 实验方法
3 实验结果
    3.1 三种致病耶尔森菌PCR检测结果
    3.2 三种致病耶尔森菌筛查基因确定结果
4 讨论
5 结论
参考文献
附录
    附录1:测序结果
    附录2:研究生期间发表论文
综述
    参考文献
致谢

(8)蜱传媒病中鼠疫、野兔热病原检测方法的建立及疫病情况调查(论文提纲范文)

摘要
Abstract
前言
第一篇 文献综述
    第一章 鼠疫国内外流行情况与检测技术的研究进展
        1.1 国内外流行情况
        1.2 检测方法
        1.3 展望
    第二章 野兔热国内外流行情况与检测技术的研究进展
        2.1 国内外流行病学
        2.2 检测方法
        2.3 展望
第二篇 研究内容
    第一章 鼠疫耶尔森氏菌PCR检测方法的验证和土拉弗朗西斯菌PCR检测方法的建立
        1.1 材料
        1.2 试验方法
        1.3 结果
        1.4 讨论
        1.5 小结
    第二章 鼠疫耶尔森氏菌和土拉弗朗西斯菌Taq-man荧光PCR检测方法的建立
        2.1 材料
        2.2 方法
        2.3 结果
        2.4 讨论
        2.5 小结
    第三章 鼠疫耶尔森氏菌LAMP检测方法的建立
        3.1 材料
        3.2 方法
        3.3 结果
        3.4 讨论
        3.5 小结
    第四章 东北三省及内蒙地区蜱传鼠疫、野兔热流行病学调查
        4.1 材料
        4.2 方法
        4.3 结果
        4.4 讨论
结论
附录
参考文献
作者简介
致谢

(10)三种鼠传疾病快速检测胶体金试纸条的研制(论文提纲范文)

内容提要
中文摘要
Abstract
第1章 前言
    第1节 鼠疫耶尔森氏菌、汉坦病毒和钩端螺旋体及其所致疾病研究进展
        1.1 鼠疫耶尔森氏菌(Yersinia Pestis)
        1.2 汉坦病毒(Hantavirus)
        1.3 钩端螺旋体(Leptospira)
    第2节 鼠疫、肾综合症出血热和钩端螺旋体病的检测方法研究进展
        2.1 鼠疫检测方法研究进展
        2.2 肾综合症出血热检测方法研究进展
        2.3 钩端螺旋体病检测方法研究进展
    第3节 胶体金免疫层析技术研究进展
        3.1 胶体金免疫层析技术的原理
        3.2 胶体金免疫层析技术的特点
        3.3 胶体金免疫层析技术的应用
        3.4 胶体金免疫层析技术的发展趋势
第2章 实验研究
    第1节 抗原的制备鉴定及多克隆抗体制备
        1.1 材料与方法
        1.2 结果
        1.3 讨论
        1.4 小结
    第2节 胶体金及胶体金探针制备
        2.1 材料与方法
        2.2 结果
        2.3 讨论
        2.4 小结
    第3节 胶体金试纸制备及应用
        3.1 材料与方法
        3.2 结果
        3.3 讨论
        3.4 小结
第3章 结论
参考文献
作者简介
攻读博士学位期间取得的科研成果
致谢

四、从动物和土壤中直接检测鼠疫耶尔森氏菌(论文参考文献)

  • [1]云南家鼠鼠疫疫源地三县(市)地表土壤特性研究[D]. 李瑞. 大理大学, 2021
  • [2]云南省鼠疫耶尔森氏菌静息期前后基因组多样性研究[D]. 秦婧靓. 安徽医科大学, 2021(01)
  • [3]中国小肠结肠炎耶尔森菌分布特征与旱獭携带嗜吞噬细胞无形体的调查研究[D]. 穆慧. 宁夏医科大学, 2021(02)
  • [4]生态地理景观要素土壤与鼠疫的关系[J]. 李瑞,尹家祥. 中国人兽共患病学报, 2020(10)
  • [5]《全球视野下的新兴人畜共患病》(第一、二章)翻译实践报告[D]. 刘洁. 河南农业大学, 2019(04)
  • [6]鹤庆野鼠鼠疫疫源地鼠疫噬菌体的分离、生物学特性及基因组研究[D]. 王波. 昆明医科大学, 2019(06)
  • [7]云南省部分鼠疫疫源地中致病耶尔森氏菌PCR检测及其流行病学意义[D]. 张艳. 大理大学, 2018(12)
  • [8]蜱传媒病中鼠疫、野兔热病原检测方法的建立及疫病情况调查[D]. 魏嘉良. 吉林农业大学, 2013(S2)
  • [9]国内外鼠疫引物设计研究进展[J]. 黄德蕙,梁江明. 国外医学(医学地理分册), 2011(03)
  • [10]三种鼠传疾病快速检测胶体金试纸条的研制[D]. 浦昀. 吉林大学, 2011(09)

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从动物和土壤中直接检测鼠疫耶尔森菌
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