一、中国广东汉族群体mtDNA控制区的多态性（论文文献综述）
杨琪,张静怡,张晓春,夏若成,于欢,屈轶龄,王紫薇,谭睿,张素华,李成涛,高玉振[1]（2021）在《基于二代测序技术的浙江畲族线粒体DNA多态性》文中提出目的研究线粒体DNA（mitochondrial DNA,mt DNA）全基因组在浙江畲族的遗传多态性,探究畲族的母系遗传结构。方法对浙江畲族231名无关个体进行mt DNA全基因组测序,统计变异位点信息及单倍型多样性（haplotype diversity,HD）、个体识别率（discrimination power,DP）、随机匹配概率（randommatch probabilities,RMP）等群体遗传学参数。对浙江畲族样本mtDNA进行单倍群划分,并与中国其他9个群体进行母系遗传关系比较。结果在231例浙江畲族样本中共检测到8 507个变异位点（702种）,可划分为94个单倍群。HD、DP和RMP分别为0.998 6、0.994 2和0.005 8。浙江畲族与南方汉族群体之间的遗传分化程度最小(Fst=0.006 89),主成分分析及中介网络分析表明浙江畲族虽与广西瑶族、云南傣族、南方汉族遗传距离较近,但亦具有相对独特的遗传特征。结论 mtDNA全基因组在浙江畲族中具有良好的遗传多态性,浙江畲族的遗传组分较为复杂多元,与广西瑶族、云南傣族、南方汉族的母系遗传关系较近,同时也保留了其独特的母系遗传成分。
周园媛[2]（2021）在《线粒体DNA单倍型类群M9在糖尿病视网膜病变中的作用及机制研究》文中进行了进一步梳理糖尿病视网膜病变（diabetic retinopathy,DR）作为2型糖尿病（type 2 diabetes mellitus,T2DM）主要的微血管并发症,是导致患者致盲的首要原因,且DR缺乏有效的治疗手段,势必对个人、家庭、社会构成巨大的经济负担。因此,预防DR并揭示其致病机制具有重要的战略意义。近年来,我国DR的患病形势不容乐观,有赶超发达国家的趋势。我国DR患病率存在地域差异,且具有农村高于城市,北方高于南部及东部沿海的特点。云南省位于中国西南高原地区,具有独特的地域、人文结构。前期的调查研究发现,相较于其他地区,云南省T2DM患者的DR患病率高于全国平均水平。因此,云南省DR的防治任务异常艰巨,积极寻找云南省DR的相关危险因素,并制定临床决策模型迫在眉睫。DR复杂的致病机制尚未完全阐明。现有证据显示DR可受到来自基因和环境因素的双重“压力”。因此,除外揭示DR相关的风险临床因素,进一步寻找能够集云南省地理环境、基因遗传特征于一身的因素,并探究该因素与DR的相关性显得尤为必要。既往研究显示线粒体不仅与视网膜密切相关,亦是沟通基因遗传和地域环境的关键“环节”。视网膜是人体集血管,神经系统为一体的特殊器官,需消耗大量的三磷酸腺苷以维持视觉功能。作为细胞能量代谢的重要场所,正常的线粒体的功能对维持视网膜的正常代谢至关重要。线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）突变引起的线粒体功能障碍被证实与DR有关。此外,由于缺乏组蛋白的保护,mtDNA极易突变。人类祖先在向世界各地迁移时,在适应自然环境的过程中使得一些古老的mtDNA变异不断积累,最终形成的特定mtDNA遗传背景,即mtDNA单倍型类群。近年的研究证实mtDNA单倍型类群具有功能性的后果,多与能量代谢性疾病有关,并受到地域、种族等因素的影响。截止目前,mtDNA单倍型类群与DR的研究主要局限于欧美国家,且结果尚存争议。更重要的是,相关研究在我国鲜有报道。因此,结合云南省独特的地理人文背景,进一步探究mtDNA单倍型类群与DR的相关性,并揭示其潜在的致病机制具有重要意义。综上,本研究本从以下三个阶段开展。第一阶段,揭示云南省DR的相关危险因素,并构建临床决策模型。第二阶段,在第一阶段样本的基础上,筛选与云南省DR相关的mtDNA单倍型类群,即候选单倍型类群。第三阶段,通过比较候选单倍型类群与对照单倍型类群融合细胞的线粒体功能,并进行点突变和转录组测序分析,揭示候选单倍型类群在DR中的相关分子机制。总之,从临床研究过渡到基础研究,层层递进,不断丰富DR的致病机制。第一部分云南省糖尿病视网膜病变的相关危险因素分析及临床决策模型构建[目 的]揭示云南省T2DM患者DR的相关危险因素,并构建临床决策模型。[方 法]入组1654名汉族T2DM患者,依据眼底照相结果分为:无视网膜病变（without DR,WDR）组（n=826）,DR 组（n=828）。DR 组依据病变严重程度进一步分为:非增殖性糖尿病视网膜病变（non-proliferative diabetic retinopathy,NPDR）组（n=403）,增殖性糖尿病视网膜病变（proliferative diabetic retinopathy,PDR）组（n=425）。采集患者临床资料,采用SPSS 20.0软件进行单因素和logistic回归分析,并构建临床决策树模型。[结 果]1.单因素分析显示,与WDR组相比,DR组的女性占比,糖尿病病程,卧位或立位收缩压（systolic pressure,SBP）,卧位舒张压（diastolic pressure,DBP）,胆固醇（cholesterol,Chol）,尿素氮（bloodureanitrogen,BUN）,尿酸（uric acid,UA）,血肌酐（serumcreatinine,Scr）,空腹血糖及糖化血红蛋白（hemoglobin A1c,HbA1c）均显着升高（all P<0.05）;体重指数（body mass index,BMI）,臀围和预估肾小球滤过率（estimated glomerular filtration rate,eGFR）均显着下降（all P<0.05）。与NPDR组相比,PDR组的女性占比,卧位SBP,卧位DBP,Chol,低密度脂蛋白-胆固醇及BUN均显着升高（all P<0.05）,而年龄,臀围及eGFR均显着下降（all P<0.05）。2.Logistic回归分析显示,女性（优势比（oddsratio,OR）=1.520）,糖尿病病程≥10 年（OR=2.118）,立位或卧位 SBP≥ 140 mmHg（OR=1.417,OR=1.881）,Chol≥6.22 mmol/L（OR=1.591）是T2DM患者发生DR的风险因素。此外,慢性肾脏病（chronic kidney disease,CKD）分期或HbA1c风险等级每增加一个等级,T2DM患者发生DR的风险逐级增加。此外,女性（OR=2.161）,糖尿病病程≥10年（OR=1.483）,CKD分期等级的增加亦是NPDR患者进展为PDR的风险因素。3.决策树模型中,糖尿病病程是影响T2DM患者发生DR的首要危险因素,即根节点。CKD分期,卧位SBP,立位SBP和BMI是内部节点,是否合并DR为叶节点。提取规则后解释为:对于糖尿病病程<10年的患者,若满足:①CKD分期=G3/G4/G5;或②CKD 分期=G2 且 BMI<24 kg/m2;或③CKD 分期=G1且立位SBP≥140mmHg,则容易发生DR。反之,对于糖尿病病程≥10年的患者,若满足:①卧位SBP<140 mmHg且CKD分期=G2/G3/G4;或②卧位SBP≥140 mmHg且CKD分期=G3/G4/G5,则容易发生DR。[结 论]女性,糖尿病病程≥10年,立位或卧位SBP≥140mmHg,Chol≥6.22 mmol/L,CKD分期和HbA1c风险等级的恶化是云南省汉族T2DM患者发生DR的重要危险因素。此外,本研究制定的决策树模型显示,对T2DM患者进行DR患病风险评估时,应首先考虑糖尿病病程。若糖尿病病程<10年,则依据CKD分期进一步评判立位SBP或BMI;若糖尿病病程≥10年,则依据卧位SBP进一步评判CKD分期,最终得出DR的分类结局。该模型简洁直观,能帮助云南地区的临床医生（尤其是缺乏眼底镜等相关DR检测手段的基层医务人员）对T2DM患者发生DR的风险做出更有效的临床预测,值得在未来的临床实践中推广。第二部分 云南省糖尿病视网膜病变的相关mtDNA单倍型类群及mtDNA单核苷酸变异位点分析[目 的]筛选与云南省T2DM患者DR相关的mtDNA单倍型类群及mtDNA单核苷酸变异位点。[方 法]依据眼底照相结果,将832名T2DM患者（均来自第一部分）分为WDR组（n=403）,DR组（n=429）。DR组依据病变严重程度进一步分为NPDR组（n=227）,PDR组（n=202）。首先,提取患者外周血基因组DNA,对mtDNA进行测序后划分患者的mtDNA单倍型类群。然后,采用SPSS 20.0软件进行如下统计学分析:①对入组患者的临床基线资料进行单因素分析,明确第二部分的受试人群能总体代表第一部分的受试人群。②依据mtDNA单倍型类群分布频率绘制主成分分析图。③采用logistic回归分析明确与DR相关的风险mtDNA单倍型类群,即候选单倍型类群。④比较候选单倍型类群与其他单倍型类群临床参数的差异。⑤分析mtDNA控制区单核苷酸变异位点与DR之间的关联。[结 果]1.单因素分析显示,DR组的年龄,糖尿病病程,臀围,卧位SBP,空腹血糖,HbAlc,Chol,BUN,UA,Scr 均与 WDR 组差异显着（all P<0.05）,且结果与第一部分的研究结果一致,提示该部分受试者的临床数据具有良好的稳定性。2.832例T2DM受试者大致可分为40类mtDNA单倍型类群。其中,分布频率≥3%的mtDNA单倍型类群包括:单倍型类群A、B、C、D、R9、M*、M7、M9 和 N9。3.主成分分析显示,尽管mtDNA单倍型类群在中国西南省份内紧密聚集,但没有明显的群体分层现象。中国南部和西南部的mtDNA单倍型类群分布较东部和东北部更为复杂。4.Logistic回归分析显示,单倍型类群M9是DR的独立保护因子（P=0.004,OR=0.1）。5.与其他non-M9单倍型类群受试者相比,单倍型类群M9受试者的Chol浓度显着降低（P=0.042）。即使在WDR受试者中,单倍型类群M9受试者的Chol浓度也明显低于non-M9单倍型类群者（P=0.038）。6.mtDNA控制区的3个单核苷酸变异位点,即mt.T146C、mt.T16298C和mt.C16327T 与 DR 相关（all P<0.05）。[结 论]中国南方和西南地区mtDNA单倍型类群分布较华东和东北地区更为复杂。本研究首次发现单倍型类群M9是云南省T2DM患者发生DR的独立保护因素。本研究中的单倍型类群M9受试者的Chol总体低于单倍型类群non-M9受试者。第三部分M9与non-M9融合细胞的线粒体功能比较及转录组分析[目 的]比较M9与non-M9融合细胞的线粒体功能,并进行点突变和转录组测序分析,揭示单倍型类群M9作为DR保护因子的分子机制。[方 法]首先,依据既往文献,将糖脂代谢不相关的mtDNA单倍型类群作为单倍型类群M9的对照,即non-M9。通过胞质融合技术构建M9和non-M9融合细胞,进一步比较融合细胞的线粒体功能。其次,构建mt.T3394C和mt.G4491A突变质粒,分别转染non-M9融合细胞。依据质粒种类,实验分为正常对照（normal control,NC）组、空载体（Vector）组、野生型（wide type,WT）组和突变型（mutant type,MUT）组,观察 mt.T3394C 和 mt.G4491A 突变对 M7融合细胞线粒体功能的影响。最后,提取M9和non-M9融合细胞的RNA进行转录组分析。[结 果]1.以单倍型类群M7和D5（与糖脂代谢不相关）作为单倍型类群M9的对照,即 non-M9。2.成功构建M9和non-M9（M7,D5）融合细胞。融合细胞线粒体相关功能检测显示,M9融合细胞的线粒体膜电位和线粒体质量显着高于M7融合细胞（P<0.001）,但与D5融合细胞无显着性差异（P>0.05）。ATP含量在M9,M7和D5融合细胞间无显着性差异（all P>0.05）。M9融合细胞的胞浆活性氧（reactive oxygen species,ROS）和线粒体超氧化物水平显着低于M7和D5融合细胞（all P<0.01）。3.成功构建mt.T3394C突变质粒转染M7融合细胞。MUT组的胞浆ROS水平显着低于NC组,WT组和Vector组（all P<0.05）。MUT组的线粒体超氧化物水平均显着低于Vector组和WT组（all P<0.001）,但高于NC组（P<0.001）。4.成功构建mt.G4491A突变质粒转染M7融合细胞。MUT组的胞浆ROS水平显着低于WT组和Vector组（all P<0.001）,高于NC组（P<0.001）。MUT组的线粒体超氧化物水平高于NC组和Vector组（all P<0.01）,但与WT组无显着差异（P>0.05）。5.转录组分析显示,与non-M9（M7,D5）融合细胞相比,M9融合细胞中有 892 个差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）,其中 450 个基因上调,442个基因下调。上述DEGs的基因本体（Gene Ontology,GO）功能注释主要聚焦于细胞成分。京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析显示,上调的DEGs富集于5条通路,下调的DEGs富集于3条通路。其中,4条通路（PI3K-Akt signaling pathway,ECM-receptor interaction,HIF-1 signaling pathway 和 NF-kappa B signaling pathway）与DR相关。对极端差异的DEGs（满足错误发现率<0.05且差异倍数≥2）进行聚类分析,显示有6个基因上调,9个基因下调。其中,NRCAM和ADAMTSL3在视网膜表达。[结 论]与non-M9（M7,D5）融合细胞相比,M9融合细胞的胞浆ROS和线粒体超氧化物水平较低,且与DR致病相关的关键信号通路以及核基因的表达亦显着下调,提示单倍型类群M9在DR的形成中发挥重要作用。此外,单倍型类群M9特有的突变mt.T3394C可有效降低M7融合细胞的胞浆ROS和线粒体超氧化物水平,提示该突变部分介导了单倍型类群M9对DR的保护。
黄润泽[3]（2020）在《连南瑶族线粒体DNA遗传多态性研究》文中认为目的:糖尿病是全球性的公共卫生问题,其发病机理受到环境、遗传等多种因素的影响。研究表明,糖尿病的发病不仅与常染色的基因多态性有关系,跟线粒体DNA的遗传多态性也有很大的联系。糖尿病的遗传易感性存在民族差异。前期研究发现,连南瑶族人群的糖尿病发病率高于当地汉族人群,而对连南瑶族人群15个常染色体STR和19个Y-STR的分型检测证明了连南瑶族有着独特的亚人群遗传结构,但是进一步探究时无法确认T2DM易感性基因TCF7L2多态性和连南瑶族人群T2DM以及糖尿病前期之间的关系。本研究分析了连南瑶族线粒体DNA 60个基因位点的遗传信息以及相关单倍群的多态性,探索连南瑶族与其他民族之间的遗传关系,为T2DM易感基因的探究和早期遗传诊断体系的建立提供理论支持。方法:采用Expressmarker mtDNA-SNP 60四色荧光试剂盒,对连南瑶族209个无关亲缘个体的60个线粒体DNA基因座进行多重扩增,并使用Gene Amp PCR System 9700扩增仪进行PCR扩增。通过直接计数法对等位基因的频数及频率进行计算,使用HaploGrep 2.0平台对连南瑶族人群mt DNA的单倍型及单倍群进行划分,并根据相关计算公式计算群体遗传参数（随机匹配概率、个体识别能力、变异度以及偶合概率等）。根据已公开的数据,对连南瑶族和其他12个比较组的mtDNA单倍群多样性进行对比分析。种群之间的遗传距离使用PHYLIP软件计算,系统树分析使用Poptree 2软件进行绘制,并使用Past4软件进行主成分分析。结果:本研究获得了连南瑶族人群线粒体DNA60个基因座的位点信息以及相关单倍群的多态性信息。209个连南瑶族人共检出51处突变位点,累计观察变异位点1728个,其中以碱基错配为主,包括碱基转换位点46个,累计观察1612处;碱基颠换位点4个,累计观察118处。在nt9824位点,同时观察到单核苷酸转变和颠换（A/T/C）,而在nt1719、nt2706、nt3348、nt4491、nt7600、nt9123、nt9477、nt11251、nt15784位点,未检测到多态性。在209名连南瑶族个体中共发现38个单倍型。从线粒体DNA单倍群遗传分化情况来看,Fst遗传距离、系统进化树以及主成分分析结果均表明,连南瑶族与福建畲族亲缘性最近,与云南瑶族、湖南苗族等南方少数民族距离也比较接近,而与拉萨藏族、新疆哈萨克族等西北地区民族则亲缘关系较远。结论:（1）连南瑶族mtDNA单倍群具有明显的中国南方人群遗传特征,并且与福建畲族、云南瑶族、湖南苗族等南方民族的遗传距离更为接近,为民族的母系祖源追溯、迁徙途径以及交流历史的研究提供了参考。（2）mt DNA基因单倍型多态性在2型糖尿病的人群筛查以及防治策略方面具有重大意义,本研究为进一步连南瑶族2型糖尿病易感mtDNA位点的筛查及早期遗传诊断体系的构建提供了研究基础。
李维丽[4]（2019）在《镇雄王姓mtDNA HVI多态性研究及法医学应用》文中提出[目 的]为获取昭通市镇雄县场坝镇和泼机镇部分村落王姓家系个体mtDNA HVI多态信息,为其在法医学实践应用提供群体遗传学数据;毛干模板DNA提取、HVI扩增和测序的优化方法,以提高此类检材的检出率。[方 法]对云南省昭通市镇雄县场坝镇和泼机镇共16个村落277个王姓家系的542份样本,用mtDNAHVI引物扩增并对PCR扩增产物纯化后直接测序,统计样本序列的多态点信息,再应用MEGA X和DnaSP5等软件进行统计分析。对收集的毛干和指甲样本则分别使用改良后的QIA Investigator试剂盒法和改良后的MagAttract M48 DNA Manual Ki试剂盒法提取mtDNA模板,并用普通PCR和巢式PCR两种扩增方法对其进行HVI的扩增和测序,并统计分析其多态点信息。[结 果]1、542份血卡样本mtDNA HVR-I及附近序列扩增的片段长550bp,实际检出298个单倍型,169个多态点发生2174次突变,多态以转换为主,占总多态点的88.30%,其中C/T转换占73.39%,颠换占总多态的11.19%,以A/C变异为主。单个样本最多检测出多态位点达9个,最少检测出0个多态点（同rCRS序列一致）。2、双向测序的470个王姓样本单倍型多样度为0.9875±0.002,核酸多样度为0.01051±0.00024。3、镇雄王姓mtDNA的HVI与其他地区汉族个体相比,存在一定差异。4、硅膜法和磁珠法提取的毛发DNA经普通PCR和巢式PCR扩增后的PCR产物,经琼脂糖电泳后显示,两种扩增都能有效获得扩增片段,QIA硅膜法提取的模板DNA经过普通扩增能够得到目标片段,M48磁珠法提取的模板DNA经过巢式扩增后也能扩增出目标片段。5、毛干和指甲样本的mtDNA HVI序列进行了统计分析,涉及的24例样本,共检见8种单倍型,20个多态性位点,多态点中以碱基转换为主31个;5号和6号样本检见颠换的位点有2个,未检见缺失位点。6、同一个体的头发和指甲测序结果相同,未检见异质性。[结论]1.本研究获得的镇雄县2镇542份王姓男性mtDNA HVR-I群体遗传学数据,证实镇雄县王姓mtDNA HVR-I有丰富的多态位点;2.同姓男性个体具有相类似的Y染色体单倍型,检验同姓男性的mtDNA,为进一步个体识别提供新视角;3.采用直接扩增联合直接测序法,可有效检测mtDNA HVR-I的多态性,并可以利用较高的单倍型多样性为相关案件侦查提供线索或依据;4.改良后的QIA硅膜法对于毛干DNA的提取和扩增比M48磁珠法更有优势;5.mtDNA HVR-I多态性较好,可应用于法医学实践中。
张金松[5]（2017）在《HIV/AIDS患者线粒体DNA多态性及贞芪扶正颗粒对患者免疫重建影响的研究》文中指出艾滋病（Acquired immunodeficiency syndrome,AIDS）,又称获得性免疫缺陷综合征,是由人类免疫缺陷病毒（Human immunodeficiency virus,HIV）感染引起,主要攻击人CD4阳性的免疫细胞,导致人体免疫功能进行性损害、易出现各种机会感染及肿瘤的严重感染性疾病。目前治疗HIV感染最有效的方法是联合应用多种抗逆转录病毒药物,即高效抗逆转录病毒疗法（Highly active antiretroviral therapy,HAART）,即便如此,仍有相当比例的患者没有得到有效的免疫重建。己有的研究发现线粒体DNA（Mitochondrial DNA,mtDNA）的多态性对HIV感染者的疾病进程以及抗逆转录病毒药物的疗效及副作用等可能产生不同的影响,同时,作为对HAART的有益补充,中医药通过“扶助正气,调节阴阳”促进了HIV/AIDS患者的免疫重建,在艾滋病的防治上取得了卓有成效的工作。我们试图通过对HIV/AIDS患者mtDNA高变Ⅰ区碱基的变异情况及贞芪扶正颗粒联合HAART对HIV感染的治疗效果进行分析,以期能够从分子生物学的角度对HIV/AIDS患者的治疗提供更个体化的治疗策略,并探讨“扶正”类中药在HIV感染中的治疗作用。第一部分 HIV/AIDS患者线粒体DNA多态性的研究目的:对HIV/AIDS患者及正常健康人群的外周血白细胞mtDNA高变Ⅰ区的碱基序列进行对比分析,探讨HIV/AIDS患者mtDNA高变Ⅰ区单核苷酸多态性的变化。方法:1.选取达到入选条件的110例HIV/AIDS患者为病例组,另外110例健康人群作为对照组,提取全血基因组并对包含mtDNA高变Ⅰ区在内的序列进行PCR扩增。2.PCR产物经琼脂糖凝胶电泳鉴定、离心吸附柱纯化后进行正反双向测序,将序列信息与修正后的标准剑桥序列对比,采用spss13.0软件进行χ2检验分析其碱基的变异情况。结果:1.在所测的mtDNA高变Ⅰ区中,病例组碱基平均变异率为1.03%;对照组碱基平均变异率为0.64%,病例组碱基平均变异率明显高于对照组,有统计学意义（P<0.01）。2.病例组在 16129、16182、16183、16189、16223、16362 位点出现了超过20%的变异率。与对照组比较有增高的趋势,但无统计学差别。结论:1.HIV/AIDS患者mtDNA高变Ⅰ区存在碱基平均变异率的增高。2.HIV/AIDS 患者 mtDNA 高变 Ⅰ 区 16129、16182、16183、16189、16223、16362位点变异频率有增高的趋势,但其意义还需要更进一步的研究。第二部分贞芪扶正颗粒对HIV/AIDS患者免疫重建影响的研究及患者线粒体DNA多态性的回顾性分析目的:在HAART治疗的HIV/AIDS患者中加用贞芪扶正颗粒3、6月后,观察其CD4+T细胞计数、免疫重建效率及血常规、生化指标与单独进行HAART治疗的对照组之间的差异,并回顾性分析免疫重建效率不同的患者mtDNA高变Ⅰ区碱基的变异情况。方法:1.在第一部分的病例组中选取达到入选条件的63例贞芪扶正颗粒联合HAART治疗的HIV/AIDS患者为中药+HAART组;HAART治疗的另外75例HIV/AIDS患者为对照组。2.在疗前及疗后3、6月检测两组血CD4+T细胞计数及血常规、生化指标,采用spss13.0软件进行重复测量的方差分析、t检验及χ2检验分析CD4+T细胞计数、免疫重建效率及血常规、生化指标在两组之间的差异。3.根据第一部分研究的碱基变异情况对贞芪扶正颗粒+HAART治疗后免疫重建效率不同的患者mtDNA高变Ⅰ区碱基变异进行χ2检验分析。结果:1.未分层的两组患者疗后6月血CD4+T细胞计数:中药+HAART组,437.36±154.24;对照组,351.04±123.98,P=0.019;疗后 6 月免疫重建有效率:中药+HAART组71.2%,对照组有效率52.9%,P=0.033。2.0≤CD4+T细胞计数<200/μl分层,两组患者疗后6月CD4+T细胞计数:中药+HAART组,437.3±154.24;对照组:303.74±150.67,P=0.013;疗后 6 月免疫重建有效率,中药组有效率77.8%,对照组有效率44.4%,P=0.027。3.200/μl≤CD4+T细胞计数<400/μl分层,两组患者疗后6月后CD4+T细胞计数:中药+HAART 组,543.37±210.24;对照组,467.53±130.41,P=0.023;疗后 6月免疫重建有效率,中药组有效率63.6%,对照组有效率51.4%,P=0.30。4.两组患者疗后6月血白细胞（WBC）及血红蛋白（HB）指标:对照组 WBC:疗前,5.15±2.03;疗后,4.13± 1.95*;P=0.034 Hb:疗前,144.80±14.84;疗后,123.84±14.12*;P=0.017中药+HAART组WBC:疗前,4.55±1.06;疗后,5.03±1.42;P=0.190 Hb:疗前,136.30±25.46;疗后,140.74±34.33;P=0.4105.贞芪扶正颗粒+HAART组中免疫重建不良的HIV/AIDS患者mtDNA高变Ⅰ区16129、16189两个位点变异率有增高的趋势。结论:1.治疗6月后,中药组CD4+T细胞计数及免疫重建有效率比对照组增加。2.对CD4+T细胞计数<200/μl的HIV/AIDS患者,贞芪扶正颗粒+HAART对于患者的免疫重建可能更有优势。3.贞芪扶正颗粒对进行HAART治疗的HIV/AIDS患者白细胞（WBC）和血红蛋白（Hb）可能有保护及升高作用。4.HIV/AIDS患者mtDNA高变Ⅰ区的位点如16129、16189等可能与患者的免疫重建效率有关。
李莉,柳燕,林源,赵珍敏[6]（2013）在《用ESI-TOF-MS分型技术检测线粒体DNA高变区碱基组成的多态性》文中指出目的用ESI-TOF-MS分型技术检测线粒体DNA的D环高变区,通过碱基组成分析其多态性。方法在PLEXID技术平台上,分别对mtDNA高变区1（HVⅠ,15924-16428nt）和mtDNA高变区Ⅱ（HVⅡ,31-576 nt）进行碱基组成分析,考察mtDNA在华东汉族人群的多态性,并将该技术应用于一例特殊的亲子鉴定案件。结果用ESI-TOF-MS分型技术检测线粒体DNA,在高变区Ⅰ的8个区段检见碱基组成的多态性,在mtDNA高变区Ⅱ的10个区段检见多态性。在所应用的亲子鉴定案例中,线粒体DNA标记成了常染色体STR基因座的重要补充,经高变区Ⅰ和高变区Ⅱ的碱基组成检测,最后排除了非母。结论 ESI-TOF-MS检测mtDNA的技术具有良好的应用前景,在一些特殊的案件中,该法可为最终获得可靠鉴定结论提供技术支撑。
李骞[7]（2013）在《藏族低氧适应与遗传多态性的相关性研究》文中研究表明高海拔低氧适应,是指高海拔的低氧环境会给人的各系统,特别是对呼吸系统带来不利的影响,但伴随着在高海拔地区停留时间的延长,身体将产生对缺氧的一系列适应。随着几万年来人类在全球范围内的迁移,现代人类面临着许多严峻的环境压力,高海拔就是其中之一。高海拔地区存在低压、低氧、寒冷、太阳辐射等一系列暴露因素,但主要以极端的低压缺氧为特征,在海拔4000米高度,空气中氧含量只有海平面60%左右。低海拔地区的旅居者到高海拔地区后都会出现缺氧症状并导致高原性肺动脉高血压、肺水肿等高原病。但是,高海拔地区原住民却对低压缺氧环境早已适应。青藏高原是世界上最高和最大的高原,平均海拔4000m以上,面积超过250万平方千米。藏族主要分布于中国西藏自治区以及青海、甘肃、四川、云南等省。相较于居住在海平面的群体,藏族具有较高的肺通气量和较低的血红蛋白含量。这些生理上的差异都证明藏族早已适应高海拔低氧环境。因此,藏族是高海拔低氧适应研究方面具有独特优势的研究对象。为了探究基因多态性与高海拔低氧适应的相关性,我们进行了下列研究：（1）对不同海拔的藏族群体（西藏藏族：3650m；青海藏族：3100m；云南怒江藏族：1500m）和汉族群体（山东汉族：50m）进行线粒体单倍型类群划分和相关突变的检测。（2）对高海拔藏族群体（西藏藏族：3650m）和低海拔汉族群体（湖北汉族群体：500m） EGLN1基因的18个SNP进行分型并进行单倍型构建。（3）对不同海拔的藏族群体（西藏藏族：3650m；青海藏族：3100m;云南怒江藏族：1500m）和汉族群体（山东汉族：50m；湖北汉族：500m）进行了ACE基因插入/缺失多态性的检测。实验结果显示：（1）线粒体B和M7单倍型类群频率在高海拔群体中显着低于低海拔群体（P=0.003和P=0.03）,单倍型类群G和单倍型类群M9alalclb的频率在高海拔群体中显着高于低海拔群体（P=0.01和P=0.002）。同时,线粒体单倍型类群M9alalclb的划分位点3394C和7697A频率在高海拔群体中显着高于低海拔群体（P=0.012和P=0.02）（2）EGLN1基因13个非编码区SNP位点的纯合子基因型在高海拔和低海拔群体间均具有统计学差异（P<0.05）。单倍型分析显示,单倍型GTG （rs2066140、rs2739516和rs2808584）和TGCCACAT （rs2572248、rs2739513、rs2808586、rs2486741、rs2437147、rs10489610、 rs2749699和rs2486734）的频率在高海拔群体中高于低海拔群体（P<0.05）,单倍型GTG （rs2066140、rs2739516和rs2808584）和CATGGACC （rs2572248、 rs2739513、rs2808586、rs2486741、rs2437147、rs10489610、rs2749699和rs2486734）的频率在高海拔群体中低于低海拔群体（P<0.05）。（3）ACE基因插入/缺失多态在高海拔群体和低海拔群体间没有显着性差异。我们的结果提示：（1）线粒体单倍型类群B和M7可能与低氧环境的不适应相关；单倍型类群G和M9alalclb与低氧适应相关,特别是单倍型类群M9alalclb,其3394C和7697A突变可能是导致人体对低氧环境适应的主要原因。（2） EGLN1基因13个SNP位点的纯合子基因型和所构建的单倍型与高海拔低氧适应相关。（3）ACE基因插入/缺失多态与高海拔低氧适应没有相关性。
孙启鹏[8]（2013）在《基于微卫星与线粒体控制区探讨长江流域黑斑侧褶蛙种群遗传结构》文中指出黑斑侧褶蛙（Pelophylax nigromaculata）是中国大陆地域内分布最为广泛的两栖类动物。多年来,栖息地的破坏、环境污染和人类的大肆捕杀等多因素的胁迫,已致物种于快速衰退的过程之中（谢锋等,2006）。同时,两栖类无尾目分布广泛、个体迁移能力有限、易于采样等特点使其成为分子系统地理学研究的理想物种（Zeisset and Beebee,2008）。本研究沿长江流域采集了12个城市的样品,对应每个城市,在长江南北两岸各设一个采样点,总共得到24个地理种群。选择微卫星和线粒体作为分子标记,对24个地理种群进行种群遗传结构检测。主要研究结果如下：（1）基于微卫星与线粒体控制区检测长江流域黑斑侧褶蛙种群遗传多样性两种标记的分析结果共同表明整个长江流域黑斑侧褶蛙种群的遗传多样性维持在一个较高水平,但多样性分布不均。微卫星检测结果显示长江上游种群的平均等位基因数、平均期望杂合度、平均多态信息含量为：21.38、0.851、0.833；长江中、下游种群的分别为18.00、0.860、0.839；19.38、0.872、0.853。线粒体控制区检测结果显示长江上游种群的176个个体得到62种单倍型,单倍型多态性为0.752；长江中游种群的51个个体得到46种单倍型,单倍型多态性为0.995；长江下游种群的33个个体得到27种单倍型,单倍型多态性为0.983。（2）基于微卫星及线粒体控制区检测长江流域黑斑侧褶蛙种群的遗传分化微卫星分析得到两两种群间276个种群分化系数（FST）,平均值为0.188,其中91.7%的FST>0.05。上游14个种群间得到的91个FST中,94.5%>0.05；中游6个种群得到15个FST,有80%>0.05；下游4个种群得到6个FST,其中66.7%>0.05。线粒体分析得到两两种群间276个FST,58.7%的FST>0.05。上游14个种群间得到的91个FST中,65.9%>0.05；中游6个种群得到15个FST,有20%>0.05；下游4个种群得到6个FST,其中33.3%>0.05。检测结果中,FST甚至出现了负值,暗示着种群内部差异可能大于种群间差异。同时,两种标记分析结果显示种群间的基因交流相对有限。基于两种标记分别进行Mantel test分析,结果表明种群间的遗传分化与地理距离并无显着相关性。这暗示沿长江流域分布的众多水系支流及山脉阻隔可能是影响黑斑侧褶蛙种群遗传结构的主要因素。（3）基于微卫星及线粒体控制区探讨长江流域黑斑侧褶蛙种群系统发育关系基于微卫星的Structure聚类分析并未得到明显的聚类结果。基于118个线粒体控制区单倍型构建的NJ树及ML树也并禾形成显着的系统发育谱系。这一方面说明长江流域黑斑侧褶蛙种群间可能存在一定程度的基因流,同时线粒体控制区检测到整个长江流域种群间遗传分化程度并不特别显着,尤其对长江下游与中游种群来讲,种群间的差异度较小；另一方面,更新世冰期-间冰期的气候变化可能使长江流域黑斑侧褶蛙种群经历了反复的收缩-扩张,使得种群间尚未形成明显的系统发育关系。（4）基于微卫星标记进行瓶颈效应检测瓶颈效应检测结果显示,在不同检测模型下（IAM、TPM、SMM）总共有15个种群经历了显着或极为显着的瓶颈效应。这些近期经历了瓶颈效应的种群并无显着的区域性,在长江上、中、下游都有分布。这可能暗示长江流域黑斑侧褶蛙种群衰退的主因可能是人为捕杀或生境破坏。因为由疾病或气候变化引起的衰退通常表现为区域性种群全面衰退（Wake and Vredenburg,2008）。（5）基于线粒体控制区探讨长江流域黑斑侧褶蛙种群历史动态长江流域大种群基于无限突变位点模型的Tajima’s D值与Fu’s Fs值均小于0,但前者未达到显着水平（P=0.11）,而后者达到了显着水平（P=0.002）,这表明整个种群内部近期积累了较多的低频基因突变。歧点分布分析为多峰,但不能说明整个群体处于平衡状态,因为对于黑斑侧褶蛙这种小种群聚居的物种来讲,这也可能是由于群体内不同种群的历史动态不同所引起。
张桢珍[9]（2011）在《第四纪冰川气候对中国鼠耳蝠属蝙蝠系统进化和菲菊头蝠遗传结构的影响》文中研究指明第四纪全球气温波动较大,冰川期和间冰期交替,对动物的系统进化历程和种群的遗传结构分化具有重要的影响。当时的气候条件使中国地理环境发生了巨大的变化,生物的分布和扩散受到了严重影响。中国东部地区在第四纪更新世时期是否发生过冰川,以及是否存在冰期避难所,长期存在争议。本论文结合线粒体DNA（mtDNA）控制区和细胞色素b（Cyt b）基因序列对19种23只中国鼠耳蝠属（Myotis）蝙蝠进行属内种间水平的系统发育生物地理学研究,同时通过控制区基因高变区Ⅰ（HVⅠ）的序列对23个菲菊头蝠（Rhinolophus pusillus）种群共128只个体进行种内水平的分子系统地理学分析,共同探讨中国大陆地区第四纪的古气候历史,及其对物种形成和种群分布的影响。鼠耳蝠属蝙蝠的Cyt b系统发育研究,明确了绝大部分中国鼠耳蝠的分子分类地位,进一步说明形态分类与物种间实际亲缘关系不完全一致。Daubentonii组的5个物种间遗传分歧很大,大都位于不同的进化枝,其相似的形态特征独立进化了多次,是适应相似生态环境的结果。而位于同一进化枝的西南鼠耳蝠（M. altarium）、伊氏鼠耳蝠（M. ikonnikovi）和须鼠耳蝠（M. mystacinus）在体型上却存在明显的差别,其外形上的差异是对不同环境适应的结果。高颅鼠耳蝠（M. siligorensis）,大卫鼠耳蝠（M. davidii）,长指鼠耳蝠和两个未知物种（M. sp1、M. sp2）一起形成Clade III。该进化枝内除M. sp2外的四个物种在大约2.8 Mya发生分化。Clade III分化时间短,分化程度低,生物多样性高,推测其分化过程受冰川气候的影响较大。基于控制区序列、Cyt b基因序列、以及两个基因的联合序列这3种数据集的系统发育分析给出了3种不同的结果。在分化程度较低的物种之间,控制区基因与Cyt b基因的进化存在一定的差异。非编码蛋白的控制区基因的进化,更容易受到外界环境变动的影响。中国鼠耳蝠的控制区序列分为三个结构域,ETAS、CD和CSB。ETAS区和CSB区内分别存在重复序列RS1和RS2。去除多余的重复元件之后,控制区基因全长968– 1157 bp。长度变异主要在ETAS结构域,尤其是tRNA-Pro到ETAS1元件之间（38– 203 bp）。检测到哺乳动物中广泛存在的保守元件,ETAS1、ETAS2,F、E、D、C、B,CSB1、CSB2、CSB3。大足鼠耳蝠（M. ricketti）的ETAS结构域内检测到一个ETAS1-like元件。在所有样本的CSB结构域内检测到了CSB1-like保守元件;大趾鼠耳蝠（M. macrodactylus）的CSB结构域内检测到CSB1-like元件的部分重复。鼠耳蝠控制区ETAS结构域内的RS1重复序列,重复单元长81 bp左右。传统起始位置划分的First重复单元在不同样本之间较为保守,而与同一个体其他重复单元之间存在较多变异。第70、75和80三个位点上变异在不同样本间具有极高的相似性。First、Middle、Last三个重复序列的二级结构,单拷贝重复序列的变异频率图,都支持将重复序列起始位置向5′端方向移动17个碱基。中国菲菊头蝠（R. pusillus）种群的单倍型和核苷酸多态性水平很高,整个大陆地区的菲菊头蝠（R. pusillus）可能是一个由多个局部种群组成的玛他种群。东部种群遗传多样性水平较低,部分种群之间不存在显着分化或分化指数非常小,推测该地区存在一个基因交流较为频繁的大群体。单倍型进化树中,东部种群都聚在进化枝A内,于74000年前从大群体中的分化出来。此时处于第四纪的一个间冰期。之后进入了寒冷的冰川期,遗传多样性降低;到了冰川末期约18000年前,东部种群又开始逐步扩张,并向中西部地区扩散。中西部群体都由两个世系组成。一部分是其本地种群,另一部分则是由东部种群扩张而来。第四纪气候波动时期,Clade III的鼠耳蝠蝙蝠的进化受到了较大影响,进化方式不同的基因给出了不同的系统发育亲缘关系;中国东部地区菲菊头蝠（R. pusillus）种群的建群历史,也受到了较大的干扰。说明第四纪中国东部地区受当时全球冰川气候影响,存在过较大的气候和环境变化。在这期间Clade III的鼠耳蝠蝙蝠能够持续进化,并形成高的物种多样性;菲菊头蝠（R. pusillus）的东部种群在冰川期得以存留,且在后期继续扩张。证明了中国东部地区在第四纪气候波动的时期,存在适合物种生存和进化的冰川期生物避难所。
朱颖婷,程慧华,金颖,徐开轶,夏之秋,漆微韡,骆晓枫[10]（2009）在《人类线粒体DNA多态性及其应用的研究进展》文中进行了进一步梳理线粒体DNA是惟一分布于核外的遗传物质,呈严格母系遗传,突变率高且积累量大,因此人类线粒体DNA的遗传多态性对于个体识别、种族遗传关系分析、亲缘关系鉴定等具有重要意义,本文对人类线粒体DNA多态性应用于以上方面的研究进展以予综述。
二、中国广东汉族群体mtDNA控制区的多态性（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、中国广东汉族群体mtDNA控制区的多态性（论文提纲范文）
（1）基于二代测序技术的浙江畲族线粒体DNA多态性（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样本 |
| 1.2 DNA提取与定量 |
| 1.3 文库构建与高通量测序 |
| 1.4 数据处理与测序结果质量评估 |
| 1.5 畲族mt DNA多态性分析 |
| 1.6 群体间遗传关系分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 高通量测序数据整体质量评估 |
| 2.2 畲族mt DNA多态性 |
| 2.3 遗传关系分析 |
| 2.3.1 单倍群划分 |
| 2.3.2 群体间遗传关系分析 |
| 2.3.2.1 Fst |
| 2.3.2.2 PCA |
| 2.3.2.3中介网络图分析 |
| 3 讨论 |
（2）线粒体DNA单倍型类群M9在糖尿病视网膜病变中的作用及机制研究（论文提纲范文）
| 缩略词表(以字母顺序排列) |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 第一部分 云南省糖尿病视网膜病变的相关危险因素分析及临床决策模型构建 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第二部分 云南省糖尿病视网膜病变的相关mtDNA单倍型类群及mtDNA单核苷酸变异位点分析 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第三部分 M9与non-M9融合细胞的线粒体功能比较及转录组分析 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 全文总结 |
| 综述 线粒体DNA变异在2型糖尿病中的研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间获得的学术成果 |
| 致谢 |
（3）连南瑶族线粒体DNA遗传多态性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 前言 |
| 第二章 研究资料与方法 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.2 受试者入组标准、排除标准及分组方法 |
| 2.3 研究对象DNA标本采集 |
| 2.4 主要实验器材 |
| 2.5 主要试剂 |
| 2.6 样本的采集与检测 |
| 2.6.1 DNA的提取及PCR扩增 |
| 2.6.2 电泳检测的上样缓冲液配制 |
| 2.6.3 电泳检测及数据分析 |
| 2.7 质量控制 |
| 2.8 数据分析工具 |
| 2.8.1 PHYLOTREE |
| 2.8.2 PHYLIP |
| 2.8.3 POPTREE2 |
| 2.8.4 PAST4 |
| 2.9 统计分析 |
| 2.9.1 等位基因频率 |
| 2.9.2 单倍型划分及统计 |
| 2.9.3 遗传学参数统计 |
| 第三章 结果 |
| 3.1 连南瑶族人群mtDNA变异位点 |
| 3.2 连南瑶族人群人群mtDNA单倍型指标 |
| 3.3 连南瑶族人群法医学参数计算 |
| 3.4 连南瑶族mtDNA单倍群多样性与其他民族对比 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 T2DM发病率与基因、种族的关系 |
| 4.2 连南瑶族人群T2DM发病特征 |
| 4.3 连南瑶族人群mtDNA单倍群遗传多样性分析 |
| 4.4 连南瑶族与中国其他民族群体mtDNA遗传距离分析 |
| 第五章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录1 中英文缩略词一览表 |
| 附录2 208 个连南瑶族Expressmarker mt DNA-SNP60 测序结果 |
| 致谢 |
（4）镇雄王姓mtDNA HVI多态性研究及法医学应用（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 第一部分 镇雄县王姓男性mtDNA HVI多态性研究 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 展望与问题 |
| 第二部分 MtDNA的应用——毛干DNA的提取优化及在法医学中应用 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 附表1 王姓男性样本信息来源 |
| 附表2 扩增引物具体信息 |
| 附表3 542例样本多态点信息 |
| 附表4 542例样本检测得到多态类型信息 |
| 附表5 542例样本单倍型类型 |
| 附表6 其他地区汉族与王姓群体HV多态点比较 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间获得的学术成果 |
| 致谢 |
（5）HIV/AIDS患者线粒体DNA多态性及贞芪扶正颗粒对患者免疫重建影响的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一部分 贵州汉族HIV/AIDS患者及健康正常人群线粒体DNA高变Ⅰ区序列分析 |
| 前言 |
| 1. 材料与方法 |
| 2. 结果 |
| 3. 讨论 |
| 第二部分 贞芪扶正颗粒对HIV/AIDS患者免疫重建影响的研究及患者mtDNA多态性的回顾性分析 |
| 前言 |
| 1. 材料与方法 |
| 2. 结果 |
| 3. 讨论 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 文献综述 |
| 1. 线粒体的结构和功能 |
| 2. 线粒体基因组的特点及其多态性 |
| 3. 线粒体基因组与人类疾病的关系 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间成果 |
| 一、期刊论文 |
| 二、参编专着 |
| 三、科研课题 |
| 英文缩略词 |
| 致谢 |
（6）用ESI-TOF-MS分型技术检测线粒体DNA高变区碱基组成的多态性（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样本 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 DNA抽提 |
| 1.2.2 mt DNA检测 |
| 3 结果 |
| 3.1 质控结果 |
| 3.2 mt DNA高变区碱基组成的多样性 |
| 3.3 单核苷酸多态性 (SNP) 和片段长度多态性 |
| 3.4 案例应用 |
| 4 讨论 |
| 4.1 ESI-TOF-MS检测方法的特点 |
| 4.2 ESI-TOF-MS检测结果的判读方式 |
| 4.3 mt DNA碱基组成的多态性 |
| 4.4 ESI-TOF-MS分型技术在实际案例中的应用 |
（7）藏族低氧适应与遗传多态性的相关性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一部分：线粒体基因组与高海拔低氧适应的相关性 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.1.1 主要试剂及其配制 |
| 1.1.2 主要仪器设备 |
| 1.1.3 研究对象 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 DNA提取 |
| 1.2.2 不同海拔群体线粒体单倍型类群划分 |
| 1.2.3 不同海拔群体线mtDNA突变的分型 |
| 1.2.4 不同mtDNA突变基因型的细胞株低氧环境下细胞生长状况检测 |
| 1.2.5 统计分析 |
| 1.3 实验结果 |
| 1.3.1 不同海拔群体线粒体单倍型类群分布 |
| 1.3.2 不同海拔群体mtDNA突变分布 |
| 1.3.3 高低海拔群体线粒体单倍型类群的分布与比较 |
| 1.3.4 高低海拔群体mtDNA突变的分布与比较 |
| 1.3.5 线粒体单倍型类群结合mtDNA突变分析 |
| 1.3.6 不同mtDNA基因型细胞在不同氧浓度下的细胞生长状况 |
| 第二部分：EGLN1基因多态性与高海拔低氧适应的相关性 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 主要试剂及其配制 |
| 2.1.2 主要仪器设备 |
| 2.1.3 研究对象 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 DNA提取 |
| 2.2.2 EGLN1基因两个外显子SNP在高低海拔群体中的分型 |
| 2.2.3 高低海拔群体中EGLN1的16个非编码区SNP的分型 |
| 2.2.4 统计分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 高低海拔群体中EGLN1基因外显子区SNP等位基因和基因型的分布 |
| 2.3.2 各个群体中EGLN1基因非编码区SNP位点等位基因的分布 |
| 2.3.3 各个群体中EGLN1基因非编码区SNP位点基因型的分布 |
| 2.3.4 连锁不平衡分析和单倍型构建分析 |
| 第三部分：ACE基因多态性与高海拔低氧适应的相关性 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 主要试剂及其配制 |
| 3.1.2 主要仪器设备 |
| 3.1.3 研究对象 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 DNA提取 |
| 3.2.2 不同海拔群体ACE插入/缺失多态检测 |
| 3.2.3 统计分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 第四部分 全文讨论 |
| 4.1 藏族的高海拔低氧适应 |
| 4.2 线粒体基因组与高海拔低氧适应 |
| 4.3 EGLN1基因多态性与高海拔低氧适应 |
| 4.4 ACE基因插入/缺失多态性与高海拔低氧适应 |
| 4.5 有关方法学的讨论 |
| 第五部分 全文总结与展望 |
| 参考文献 |
| 论文综述 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 研究生简历 |
（8）基于微卫星与线粒体控制区探讨长江流域黑斑侧褶蛙种群遗传结构（论文提纲范文）
| 致谢 摘要 Abstract 第一章 文献综述 |
| 第一节 黑斑蛙研究概述 |
| 1. 黑斑蛙基本生物学特征 |
| 2. 黑斑蛙研究概况 |
| 2.1 黑斑蛙的形态及生态学研究 |
| 2.2 黑斑蛙的生理生化研究 |
| 2.3 黑斑蛙病理学研究 |
| 2.4 黑斑蛙遗传学与分子生物学研究 |
| 第二节 分子系统地理学 |
| 1. 分子系统地理学概述 |
| 1.1 分子系统地理学 |
| 1.2 分子系统地理学的发展与应用 |
| 2. 黑斑蛙分子系统地理学研究概况 |
| 第三节 mtDNA标记 |
| 1. 动物线粒体DNA组成和特点 |
| 2. 线粒体DNA进行系统发育分析的优点 |
| 3. 线粒体控制区 |
| 第四节 微卫星标记 |
| 1. 微卫星DNA分子标记的发现 |
| 2. 微卫星DNA分子标记的生物学特性 |
| 3. 微卫星标记进行系统发育分析的优点 |
| 第五节 本研究的目的与意义 第二章 基于微卫星的系统地理学分析 |
| 1. 微卫星群体检测分析 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 2. 数据分析 |
| 3. 实验结果 |
| 3.1 基因组DNA提取及PCR扩增产物检测 |
| 3.2 微卫星变性聚丙烯酰胺检测 |
| 4. 数据分析结果 |
| 4.1 种群遗传多样性分析 |
| 4.2 种群瓶颈效应检测 |
| 4.3 种群分化及种群间基因流分析 |
| 4.4 种群聚类分析 |
| 4.5 Mantel test检测 |
| 5. 讨论 |
| 5.1 长江流域黑斑蛙种群的遗传多态性与分布 |
| 5.2 长江流域黑斑蛙种群的遗传分化 第三章 基于线粒体控制区的系统地理学分析 |
| 1. 线粒体控制区群体检测 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 2. 数据分析 |
| 3. 实验结果 |
| 3.1 基因组DNA提取及PCR产物检测结果 |
| 3.2 PCR产物清洁回收后检测结果 |
| 4. 数据分析结果 |
| 4.1 黑斑蛙mtDNA控制区基因序列变异 |
| 4.2 黑斑蛙mtDNA控制区基因的遗传多样性 |
| 4.3 线粒体控制区单倍型的系统发育关系 |
| 4.4 种群遗传分化分析 |
| 4.5 中性检验和种群历史动态分析 |
| 5. 讨论 |
| 5.1 黑斑蛙线粒体控制区的遗传多态性 |
| 5.2 基于线粒体控制区的系统发育分析 |
| 5.3 基于线粒体控制区的种群遗传分化 |
| 5.4 基于线粒体控制区的种群历史动态 第四章 全文总结 参考文献 附录一 附录二 |
（9）第四纪冰川气候对中国鼠耳蝠属蝙蝠系统进化和菲菊头蝠遗传结构的影响（论文提纲范文）
| 中文摘要 英文摘要 第一章 引言 |
| 1.1 冰川气候概述 |
| 1.1.1 第四纪冰川气候 |
| 1.1.2 中国冰川期气候概述 |
| 1.1.3 研究方法 |
| 1.2 系统发育生物地理学 |
| 1.2.1 系统发育分析的基本原理和方法 |
| 1.2.2 鼠耳蝠属蝙蝠的系统发育 |
| 1.3 分子系统地理学 |
| 1.3.1 分子系统地理学及其研究现状 |
| 1.3.2 翼手目动物的分子系统地理学研究 |
| 1.3.3 菲菊头蝠研究概述 |
| 1.4 本研究的目的和意义 第二章 材料和方法 |
| 2.1 样本的采集与鉴定 |
| 2.1.1 鼠耳蝠属蝙蝠 |
| 2.1.2 菲菊头蝠 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 DNA 提取 |
| 2.2.2 引物设计 |
| 2.2.3 PCR 扩增和检测 |
| 2.2.4 目的片段的纯化回收 |
| 2.2.5 克隆及测序 |
| 2.3 实验数据的处理与分析 |
| 2.3.1 序列组成分析 |
| 2.3.2 鼠耳蝠蝙蝠控制区5′端RS1 序列 |
| 2.3.3 鼠耳蝠属蝙蝠系统发育分析 |
| 2.3.4 鼠耳蝠属蝙蝠分子钟分析 |
| 2.3.5 菲菊头蝠种群遗传结构分析 第三章 结果与分析 |
| 3.1 鼠耳蝠属蝙蝠Cyt b 基因序列 |
| 3.1.1 基因序列 |
| 3.1.2 系统发育分析 |
| 3.1.3 分子钟测试与分化时间估计 |
| 3.2 鼠耳蝠属蝙蝠控制区基因序列 |
| 3.2.1 控制区结构特征 |
| 3.2.2 长度变异 |
| 3.2.3 碱基组成 |
| 3.2.4 ETAS 结构域的重复序列 |
| 3.2.5 CSB 结构域的重复序列 |
| 3.2.6 Cyt b 与D-loop 区联合数据集的系统发育重建 |
| 3.3 菲菊头蝠种群遗传多样性分析 |
| 3.3.1 控制区基因HV Ⅰ 的序列组成及变异 |
| 3.3.2 单倍型和核苷酸多样性分析 |
| 3.3.3 种群遗传结构分析 |
| 3.3.4 种群遗传谱系分析 |
| 3.3.5 种群扩张时间和建群历史 第四章 讨论 |
| 4.1 基于Cyt b 的中国鼠耳蝠属蝙蝠分子系统发育 |
| 4.1.1 Daubentonii 组物种的趋同进化 |
| 4.1.2 西南鼠耳蝠与M. mystacinus 组 |
| 4.1.3 Clade III 的物种多样性 |
| 4.1.4 主要生物地理事件 |
| 4.2 鼠耳蝠属蝙蝠控制区基因的进化 |
| 4.2.1 控制区基因结构 |
| 4.2.2 RS1 重复序列及其起始位置 |
| 4.2.3 控制区重复序列RS1 和RS2 的进化 |
| 4.2.4 鼠耳蝠属蝙蝠控制区基因的系统发育 |
| 4.3 菲菊头蝠种群遗传结构和冰川期历史动态 |
| 4.3.1 遗传多样性和种群遗传结构 |
| 4.3.2 种群历史动态和冰川期事件分析 结论 参考文献 附录 后记 在学期间公开发表论文及着作情况 |
四、中国广东汉族群体mtDNA控制区的多态性（论文参考文献）
- [1]基于二代测序技术的浙江畲族线粒体DNA多态性[J]. 杨琪,张静怡,张晓春,夏若成,于欢,屈轶龄,王紫薇,谭睿,张素华,李成涛,高玉振. 法医学杂志, 2021(03)
- [2]线粒体DNA单倍型类群M9在糖尿病视网膜病变中的作用及机制研究[D]. 周园媛. 昆明医科大学, 2021(02)
- [3]连南瑶族线粒体DNA遗传多态性研究[D]. 黄润泽. 广东药科大学, 2020(01)
- [4]镇雄王姓mtDNA HVI多态性研究及法医学应用[D]. 李维丽. 昆明医科大学, 2019(06)
- [5]HIV/AIDS患者线粒体DNA多态性及贞芪扶正颗粒对患者免疫重建影响的研究[D]. 张金松. 南方医科大学, 2017(01)
- [6]用ESI-TOF-MS分型技术检测线粒体DNA高变区碱基组成的多态性[J]. 李莉,柳燕,林源,赵珍敏. 中国司法鉴定, 2013(04)
- [7]藏族低氧适应与遗传多态性的相关性研究[D]. 李骞. 北京协和医学院, 2013(11)
- [8]基于微卫星与线粒体控制区探讨长江流域黑斑侧褶蛙种群遗传结构[D]. 孙启鹏. 浙江大学, 2013(02)
- [9]第四纪冰川气候对中国鼠耳蝠属蝙蝠系统进化和菲菊头蝠遗传结构的影响[D]. 张桢珍. 东北师范大学, 2011(06)
- [10]人类线粒体DNA多态性及其应用的研究进展[J]. 朱颖婷,程慧华,金颖,徐开轶,夏之秋,漆微韡,骆晓枫. 国际遗传学杂志, 2009(06)