DNA分子荧光探针

DNA分子荧光探针

一、DNA分子荧光探针(论文文献综述)

漆亚林,王海蓉,曹玉瑶,朱海亮[1](2022)在《有机小分子荧光探针检测核酸的研究进展》文中进行了进一步梳理核酸(nucleic acids, NAs)是脱氧核糖核酸(deoxyribonucleic acid, DNA)和核糖核酸(ribonucleic acid, RNA)的总称,它是许多核苷酸单体聚合成的生物大分子物质,在生命体的生长、发育和繁殖过程中起着至关重要的作用.随着荧光成像技术的发展,有机小分子荧光探针逐渐成为细胞、组织及活体内核酸识别以及可视化成像的有力工具.本文以识别核酸的有机小分子荧光探针的荧光母核为主线,对近年来(2000~2021)该类探针的研究进展进行了系统综述,并且对其设计思路、反应机理和生物应用进行了概括.最后,对未来有机小分子荧光探针识别核酸的研究领域进行了展望.

黄秋灵[2](2021)在《框架核酸荧光纳米探针的设计及应用》文中指出对生命系统中的复杂事件进行研究,需要对复杂样品中多个靶标进行同时检测分析。然而,可见光范围内可识别的荧光团数量有限,导致多路复用的能力受到限制。DNA作为自然界中遗传性息的分子载体,可以通过遗传密码编码生命系统中重要的生物大分子。近年来,DNA纳米技术的发展使我们可以借助DNA构建各种不同的功能纳米结构,这些功能纳米结构可以广泛地应用于生命科学、生物计算和生物成像等领域。本工作将DNA纳米技术和荧光技术相结合,对荧光分子的发光行为和荧光各向异性进行研究,实现了框架核酸荧光纳米探针的构建及应用。具体内容如下:1.利用嵌入式染料K21分子的荧光excimer检测DNA瞬时构象变化。DNA构象变化在调控基因表达和介导药物-DNA相互作用方面具有重要意义。然而,由于DNA构象变化的动态性质,直接探测DNA构象瞬时变化具有挑战性。在此,我们提出一种无标记的实时荧光检测方法,用于检测不同长度和不同结构的DNA瞬时构象变化。通过研究K21与DNA相互作用之后的发光行为,我们发现K21分子可以在DNA表面聚集,形成瞬态的excimer聚集体,并且K21分子单体和excimer聚集体的荧光发射比率与DNA结构瞬时构象的稳定性相关。此方法可以有效地区分多种高度相似但结构不同的DNA纳米结构(i-motif,G四联体,不同数量和不同位置碱基错配的双链DNA)。同时,我们利用此方法识别不同拓扑构象的同一质粒,结果显示,我们可以有效地分区相同序列、不同拓扑构象的质粒DNA。该方法提供了一种无标记的荧光策略来检测DNA结构的瞬时构象变化,在揭示活细胞中基因组的瞬态过程方面具有潜力。2.研究DNA四面体对嵌入式染料荧光各向异性的影响。嵌入式染料的荧光各向异性在核酸分析、荧光探针构建和生物传感等领域具有重要的应用意义,而目前基于框架核酸的嵌入式染料荧光各向异性的研究很少。在此,我们通过DNA序列设计精确调控DNA四面体(TDN)框架核酸的尺寸,结合嵌入式染料SYBR Green I,DAPI和Di YO-1,构建了一系列TDN荧光各向异性探针,研究了TDN尺寸对探针荧光各向异性的影响。实验结果表明,对于单嵌入式SYBR Green I和DAPI,随着TDN尺寸增加,探针的荧光各向异性增加。对于双嵌入式Di YO-1,探针的荧光各向异性随着四面体棱长的增加先降低后增加。该研究表明通过精确调控TDN尺寸可以实现对荧光染料各向异性的调控,以框架核酸为载体的荧光各向异性探针有望成为一种新型的优异探针3.基于框架核酸编码荧光各向异性条形码的构建。荧光各项异性(Fluorescence anisotropy,FA)因可以有效地区分具有重叠发射光谱特征的荧光分子,在生物分子的多靶标分析和成像方面具有巨大的潜力。然而,它对环境变化的敏感性阻碍了它在多路复用中的广泛应用。在此,受荧光蛋白启发,我们设计了类似于荧光蛋白微环境的荧光各向异性DNA框架(Fluorescence anisotropy framework,FAF)来调控荧光分子。我们发现,由于FAF的隔离效应,荧光分子的FA的稳定性显着提高。将荧光分子放置在FAF的不同位置,可以对其FA进行精细调控,这类似于荧光团与蛋白质结合后的光谱偏移。FAF的高度可编程性允许我们设计一系列光谱编码的FA条形码,并将其用于核酸的多路检测和活细胞的多路标记。FAF系统为多路复用FA探针的设计提供了一种新方法。

胡金萍[3](2021)在《基于单分子计数的荧光生物传感器检测肿瘤标志物的研究》文中认为癌症能否被有效的治疗及治愈很大程度上取决于能否在肿瘤的早期阶段对其进行及时的诊断。肿瘤标志物检测作为最直接快速的诊断手段,在肿瘤的早期筛查、诊断治疗以及预后评估等方面极具应用价值。肿瘤标志物主要存在于患者的组织、体液以及排泄物中,其表达量高低不同且成分复杂。传统的检测方法,例如质谱、高效液相色谱、凝胶电泳、酶联免疫吸附测定等通常具有操作费时费力、灵敏度低且特异性差等缺点,难以满足分析复杂样品中肿瘤标志物分子的要求。因此,亟待开发灵敏准确、简单快速的肿瘤标志物检测的新技术和新方法,特别是能够达到单细胞水平的有效检测,对于肿瘤的及时发现和治疗,提高癌症患者生存率,具有十分重要的意义。荧光生物传感器可以通过特异性的体内/外荧光标记将生物识别分子与生物标记物(靶标)相互作用信号转化为可测量的荧光信号。单分子荧光检测方法具有信噪比高、分辨率高、样品消耗少等优点,单分子计数是单分子荧光检测技术的一部分,是一种简便、快速且超灵敏的方法。本论文基于单分子计数方法,结合等温信号放大策略,构建了一系列具有良好分析性能的荧光生物传感器,实现了对肿瘤标志物分子的超灵敏检测。具体研究内容如下:(1)发展了一种基于Endo IV辅助信号放大的单分子荧光生物传感器检测DNA甲基化的方法。该生物传感器主要涉及四个基本元素,包括核酸内切酶HpaⅡ,信号探针,EndoⅣ和磁珠。我们设计了一种无嘌呤/嘧啶位点(AP位点)修饰的荧光信号探针,其5’端修饰生物素,3’端修饰Cy5。在甲基化DNA存在的情况下,由于HpaⅡ识别位点5’-CmCGG-3’的CpG甲基化,导致它们对HpaⅡ裂解具有抗性。甲基化DNA的正义链(S-DNA)可随后与信号探针退火形成S-DNA/信号探针双链体,启动Endo IV诱导的信号探针循环裂解,释放出大量Cy5荧光团。通过磁分离后的单分子荧光检测,对Cy5荧光信号进行单分子计数,即可准确定量DNA甲基化水平。该方法灵敏度高、特异性好,能够以7.3×10-17M的检测限灵敏地检测DNA甲基化,并且该方法能够区分混合体系中低至0.01%的甲基化水平,甚至可以在单细胞水平上定量基因组中的DNA甲基化水平,在临床诊断及表观遗传学研究中具有潜在应用价值。(2)发展了一种基于双向链置换信号放大结合单分子计数同时检测多种DNA糖基化酶的方法。我们设计了一种双功能DNA探针,由两条辅助探针和两条报告探针杂交而成,两条辅助探针在其3’末端的第5个碱基处分别修饰了一个次黄嘌呤碱基(I)和一个尿嘧啶碱基(U),可作为人烷基腺嘌呤DNA糖基化酶(hAAG)和尿嘧啶-DNA糖基化酶(UDG)的底物。另外,两条辅助探针5’末端分别修饰BHQ1和BHQ2,可与Cy3/Cy5标记的报告探针杂交形成BHQ/Cy3和BHQ2/Cy5对。UDG和hAAG的存在可以启动碱基切除修诱导的双向链置换扩增反应,从底物中释放出Cy5标记的报告探针和Cy3标记的报告探针。释放的荧光基团可以通过单分子检测准确定量,其中Cy5指示UDG,Cy3指示hAAG。该方法非常灵敏,hAAG的检测限为3.39×10-12 U μL-1,UDG的检测限为4.05×10-12 U μL-1。甚至可以在单细胞水平上准确定量DNA糖基化酶。此外,该方法可用于DNA糖基化酶抑制剂的筛选和酶动力学参数的测定,在临床诊断和药物开发中具有广阔的应用前景。

白亚茹[4](2021)在《基于含四氢噻吩结构的小分子荧光探针的手性羧酸识别研究》文中研究说明手性是自然界的基本属性,在自然界中普遍存在,手性物质在生物体内的作用是至关重要的,与生命过程中所发生的生物、化学反应过程息息相关,同一物质不同的对映体在生物体内作用是不相同的。对于手性药物也是如此,同一化合物的不同对映体药性是不相同的,甚至有时候药性会完全相反。近年来对手性物质的识别研究也越来越受到重视。而在这些手性物质中手性羧酸在药物的开发和制作工程、天然产物与非对称物质的合成、精细化工等各个方面研究中有很大的联系,手性羧酸的对映体识别研究是非常有意义的。在手性识别的方法中因荧光技术内在灵敏度高、操作方法简单、检测的的成本低的优势,荧光探针被广泛应用,手性小分子荧光探针结构有的立体专一性的特征,可以与手性物质的对映体选择性地结合,通过观察荧光信号达到识别目的,并且容易合成。在本论文中致力于合成含四氢噻吩结构的小分子荧光探针(S-S23),对21种手性羧酸的对映体进行识别。本文主要包括以下3个方面:第一章:主要对三个方面进行综述,其一综述了本论文研究的背景、意义以及主要内容;其二综述了荧光探针的结构、识别机制以及识别机理;其三综述了手性识别方法的研究进展。第二章:在本论文中合成24种含四氢噻吩结构的小分子荧光探针。首先利用不同取代基的邻羟基苯乙酮与苯甲醛(或邻羟基苯乙酮与不同取代基的苯甲醛)在室温下乙醇溶液进行反应,合成24种含有不同取代基的邻羟基查尔酮作为底物,产率为37%-93%。然后利用所合成的邻羟基查尔酮与2,5-二羟基-1,4-二噻烷在室温下的甲苯溶液中反应,加入催化剂C1,C2,C3,比较反应结果,加入催化剂C3所得探针S(((2R,3S,4S)-4-hydroxy-2-phenyltetrahydrothiophen-3-yl)(2-hydroxyphen-yl)methanone)产率最高为54%,用核磁共振光谱、单晶衍射技术以及红外光谱对其结构进行确认后,用相同的方法以C3为催化剂,其它含有不同取代基的23种邻羟基查尔酮作为底物,制备四氢噻吩结构的小分子荧光探针,产率为15-80%,通过核磁共振以及红外光谱对分子结构进行确认。第三章:本文以S作为荧光探针,通过检测其紫外吸收光谱,确定最大的吸收峰326 nm为荧光的激发波长,在此条件下分别检测S与21种手性羧酸对映体(L和D)和S在1:0.5,1:1,1:2,1:3不同摩尔比下的混合溶液,通过比较S与相同摩尔比下每一种羧酸混合溶液的荧光强度,发现均发生蓝移,但在摩尔比为1:0.5时,5(天冬氨酸)、6(谷氨酸)、7(谷氨酰胺)、8(甲硫氨酸)、9(色氨酸)、14(3-苯基乳酸)、15(扁桃酸)和16(酒石酸)对映体荧光强度变化明显,荧光强度比(IL/ID或ID/IL)分别为1.18,1.33,1.41,1.21,1.31,1.22,1.24和1.26;摩尔比为1:1时,3(丝氨酸)、4(丙氨酸)、5(天冬氨酸)、11(脯氨酸)、12(络氨酸)、14(3-苯基乳酸)、18(天冬酰胺)和21(精氨酸)对映体荧光强度变化明显,荧光强度比(IL/ID或ID/IL)分别为1.54,1.94,1.16,1.45,1.19,1.24,1.31和1.66;摩尔比为1:2时5(天冬氨酸)、6(谷氨酸)、12(络氨酸)、13(半胱氨酸)、14(3-苯基乳酸)、15(扁桃酸)、18(天冬酰胺)、19(组氨酸)、20(亮氨酸)和21(精氨酸)对映体荧光强度变化明显,荧光强度比(IL/ID或ID/IL)分别为1.18,1.29,1.19,1.18,1.20,1.13、1.18、1.16、1.18和1.49;摩尔比为1:3时3(丝氨酸)、4(丙氨酸)、5(天冬氨酸)、6(谷氨酸)、7(谷氨酰胺)、8(甲流氨酸)、13(半胱氨酸)、16(酒石酸)、17(苹果酸)、18(天冬酰胺)和21(精氨酸)对映体荧光强度变化明显,荧光强度比(ID/IL)为1.35,1.15,1.20,1.29,1.17,1.27,1.20,1.22,1.20,1.21和1.34,在不同摩尔比下,能够实现对一些手性羧酸的手性识别。在这其中S对5(天冬氨酸)对映体在4种不同摩尔比下都能识别,在摩尔比为1:3时,荧光强度比最大为1.20;S对4(丙氨酸)对映体在摩尔比为1:1时,识别效果最好,荧光强度比最大为1.94,基于此发现,利用S1-S23在摩尔比为1:1时,对4(丙氨酸)对映体进行手性识别,结果发现S4和S7识别效果较好,荧光强度比(ID/IL)为1.27和1.33。

杨锐[5](2021)在《微环境敏感型小分子荧光探针及其在细胞和组织成像中的应用》文中研究表明细胞内各种细胞器和微环境对维系细胞正常生命活动至关重要。不同细胞器微环境存在差异,这些微环境的相对稳定有利于细胞器生命活动的正常进行。由于每个细胞器具有特定的微环境,人们可以设计成像特定细胞器的微环境敏感型荧光探针,以此观测其微环境变化。由于不同细胞器之间存在微环境差异,还可以利用这些微环境差异设计双色、同时成像两种细胞器的探针,以此来研究这两种细胞器在细胞器互作网络中的作用。因此,本论文从以下几方面开展工作:(1)双色同时成像细胞核和线粒体的pH敏感型单一荧光探针;(2)带有长烷基链的黏度敏感型内质网荧光探针;(3)可成像组织中细胞膜和核仁的黏度敏感型荧光探针。1.在细胞中,细胞器不是孤立存在,它们通过彼此作用建立细胞器互作网络,为一系列生命活动提供重要保障。因此,同时成像两个细胞器有利于研究它们在细胞器互作网络中的作用。作为真核细胞中两个重要细胞器,细胞核和线粒体在活细胞增殖与存活、细胞凋亡和信号转导等多种生理过程中扮演着特殊角色。因此,双色成像这两种细胞器有利于研究细胞凋亡等生理过程。在一般情况下,细胞核由于存在核酸表现出嗜碱性,而线粒体在正常情况下可以维持一个碱性环境(pH=~8)。因此,利用细胞核的嗜碱特性和线粒体的碱性环境设计合成了可以双色同时成像细胞核和线粒体的pH敏感型荧光探针(HMBI)。在酸性环境中,HMBI呈现绿色荧光,在碱性环境中呈现红色荧光,染色细胞后,则分别以绿色和红色两种荧光成像细胞核和线粒体。此外,HMBI还可以区分正常细胞和损伤细胞,在正常细胞中HMBI可以呈现出绿色的细胞核和红色的线粒体,而在H2O2氧化损伤细胞中,线粒体的红色荧光强度降低显着。这可能是由于损伤细胞中线粒体膜电位和pH值降低引起的。本论文利用探针HMBI观测了细胞凋亡过程:在正常细胞中,该探针可以双色同时成像细胞核和线粒体,在凋亡细胞中,线粒体荧光强度明显降低,在细胞核中可以观测到细胞核固缩等典型凋亡特征。这一工作为开发同时、双色成像两个细胞器的单分子双靶标荧光探针提供了指导和借鉴。2.与细胞凋亡相似,内质网自噬也是多个细胞器共同参与的生理过程,它在蛋白质量控制过程中起重要作用,其中错误折叠或未折叠蛋白积聚可引起内质网应激,进而引发多种病理过程和严重疾病,如肿瘤,神经退行性疾病等。因此,研究内质网自噬意义重大。基于长烷基链与内质网膜结构上磷脂双分子层之间存在强疏水相互作用力的原理,设计合成了带有长烷基链的可观测内质网自噬的黏度敏感型荧光探针(HTMP-16)。该探针可以成像正常和损伤细胞中的内质网,并且具有牢固靶向内质网特性,这有利于长时间追踪成像内质网。鉴于此,用该探针实时追踪成像了内质网自噬过程。此外,由于该探针具有黏度敏感特性,HTMP-16还可以观测内质网黏度变化。目前,大部分内质网荧光探针(内质网追踪绿和内质网追踪红),都含有甲基磺酰胺靶向基团,它是通过结合内质网上钾离子通道的磺胺类受体来靶向内质网的。但是,这类靶向基团阻断KATP通道,导致细胞膜的膜电位降低。受长烷基链细胞膜探针易内在化特性的启发,考虑到内质网含有与细胞膜类似的膜结构,研制了新型长烷基链内质网探针。相比于以前报道的需要β-环糊精辅助跨膜的长烷基链内质网探针,本论文为内质网探针的研制提供了新思路。3.细胞膜是细胞屏障,它通过选择性地控制进入细胞的物质来维持细胞完整性,这一过程与细胞分化和融合,信号转导等一系列生命活动密切相关。同时,与体外培养细胞相比,组织中的细胞被细胞外基质包围,细胞外基质中含有不同数量和类型的生长因子、胶原蛋白、多糖和粘附分子,这是探针靶向组织中细胞器的一大障碍。因此成像组织中细胞膜的探针报道较少,并且存在信噪比低,成像模糊等问题。由于长烷基链与细胞膜磷脂之间存在较强结合力并且小分子探针具有组织渗透性好的特性,设计合成了可以成像组织中细胞膜的黏度敏感型小分子探针(DSP-16和DSP-18)。这两个探针具有较好的黏度敏感特性,这有利于高保真成像组织中的细胞膜。DSP-16和DSP-18可以成像活细胞、固定细胞和小鼠红细胞的细胞膜,对细胞膜表现出良好的靶向性。与商用细胞膜探针Dil相比,它们可以很好地成像小鼠肝脏组织中的细胞膜和大鼠骨骼肌组织的T-小管。4.核仁是一种重要亚细胞器,是合成、加工和装配核糖体RNA(rRNA)场所,与细胞增殖和分化紧密相关。核仁的数量,尺寸和活动性与细胞增殖有关,这些特性可以预示癌症和其它疾病。一些报道表明,核仁形态与几种神经退行性疾病密切相关。此外,核仁已成为恶性肿瘤病理检测的生物标记。因此,成像组织中的核仁意义重大,但相关探针报道较少。本论文利用小分子探针组织渗透性好的特性,合成了可以成像组织中核仁的荧光探针(IVMOI和HTMP)。它们在黏度较低的环境中荧光较弱,在黏度环境较高的环境中荧光较强,这有利于高保真成像细胞和组织中的核仁。综上所述,本文围绕着细胞和组织中的微环境,合成了一系列环境敏感型探针。利用细胞核中DNA的嗜碱性和线粒体的碱性环境,设计合成了双色同时成像细胞核和线粒体的荧光探针,并观测了细胞凋亡过程;利用磷脂与疏水烷基链之间的相互作用,合成了长烷基链型内质网探针,并观测了自噬过程;利用小分子组织渗透性好的特性,设计合成了可以成像组织中细胞膜和核仁的黏度敏感型荧光探针。本文对单分子双靶标等新型探针的设计具有指导作用,这些探针有助于细胞生理过程的研究,并促进组织病理学的发展。

曹婷[6](2021)在《用于水解酶活性检测的小分子荧光传感器的合成与应用》文中进行了进一步梳理酶是生物体正常发育和代谢中必不可少的一类非常关键的生物催化剂(biocatalyst),众多需要较苛刻反应条件的生化反应在酶的催化作用下只需要体内极为温和的环境即可高效率并且特异性地发生。对酶活性的检测在现代医学、生理学等学科中有着极为非凡的意义,现如今已经有诸多用于酶活性监测的方法被提出,而荧光传感器检测法由于其简单便捷、响应迅速、高灵敏性、高选择性以及可以用于即时成像等众多优点在各类检测手段中脱颖而出,已经大规模地应用于免疫分析、生化传感、医学诊断成像、食品环境检测等等的一系列科学研究领域。因此,如何设计和合成出更加简洁方便、低损耗大范围使用、检测结果准确快捷并且具有多种效果的新型酶活性荧光传感器,是当今科学研究中有着极为重要意义的一个课题!本篇论文从多种类型的水解酶活性检测这一角度出发,参考以往报道过的各种荧光传感器的设计和检测思路,设计并优化用于酶活性检测传感器实验方案,利用不同的发光团和检测机理设计并制备了每种酶相应的专一性有机小分子荧光传感器。本论文中设计的酶荧光传感器都具有优良的特异性和检测性能,且制备方法简单、传感器使用方便,可以很好地在细胞、活体中进行检测和成像操作。本文主要分为以下四个部分:一、合成了线粒体靶向丁酰胆碱酯酶(BChE)荧光化学传感器(BCh E-NBD)并首次在小鼠体内进行了影像学研究。BCh E-NBD有着长的吸收(580 nm)发射(628 nm)波长,检测中非常专一不受其它分析物(尤其是乙酰胆碱酯酶)的干扰,同时有着很低的生物毒性。BCh E-NBD在多种类型细胞的线粒体中首次实现对BCh E的检测成像实验中表现良好,更进一步的在小鼠体内对BCh E进行分布成像并证实了该酶在肝组织中的广泛存在。二、设计了首例基于活性的检测中性粒细胞弹性蛋白酶(NE)的比率荧光传感器DCDF。DCDF选择使用五氟丙酸酐作为识别基团,在添加NE后发射波长出现显着的光谱红移情况并且其斯托克斯位移近乎有60 nm之大。DCDF有着很强的选择性并且与待测物反应非常灵敏,而且能够不受其它酶干扰的在A549和He La细胞中进行内源性识别成像。三、设计并合成了首例长发射波长体内外特异性检测焦谷氨酸氨基肽酶-1(PGP-1)的比率荧光传感器DP-1。DP-1选择了DCD-NH2作为发光基团并以焦谷氨酸作为识别基团,其与PGP-1相互作用水解断裂酰胺键,溶液的紫外可见吸收峰由420 nm移动到520 nm,同时伴随着的是荧光光谱的最大发射峰从约564nm发生显着红移变为约616 nm。更深入的分析了在炎症诱发药品存在下Hep G2和RAW264细胞中的成像情况并研究了小鼠肿瘤模型的成像,首次表明PGP-1的表达与炎症和某些肿瘤疾病之间存在着密不可分的关联。四、设计了用于专一检测焦谷氨酸氨基肽酶-1的近红外比率型荧光传感器TP-1。该传感器有着约164 nm的斯托克斯位移和0.14 ng/m L的非常低的PGP-1的检测限,TP-1与酶发生反应后发射光谱有约80 nm的红移并且溶液颜色由黄变红。TP-1同样研究了在免疫增强剂的刺激下Hep G2和RAW264.7细胞的成像情况和对小鼠与器官的成像,结合前一工作进一步证实了PGP-1与生物体内的炎症和肝脏疾病关系紧密。此外,本工作首次揭示了PGP-1在肿瘤模型小鼠中的表达远远地超过了正常状态下的小鼠。基于酶活性的荧光传感器的探索工作依然是科学研究中的热门方向,本论文通过对这几种酶传感器的研究实验,为化学、生物、医学、临床等方向提供了新的检测手段和研究思路并为将来的进一步研究奠定了基础。

骆星宇[7](2020)在《基于鸟嘌呤四链体荧光点亮系统的生物成像和分析传感研究》文中提出核酸作为遗传物质是生命体形成的重要组成要素以及物种多样性的基础。基于分子生物学中碱基的排序和配对原则,核酸可以在特定条件下形成特殊的二级结构。其中G-四链体结构是由富含鸟嘌呤的DNA或者RNA在特定的环境下发生折叠并形成多个相互堆叠的鸟嘌呤四分体的核酸二级结构。G-四链体结构广泛存在于生命体中并且参与复制、转录和翻译等多个生命过程,因此针对G-四链体结构和功能的研究受到了科学家们的极大关注。近年来,多种天然的或人工合成的小分子化合物被发现具有特异性识别G-四链体结构的特性,并且许多小分子化合物作为G-四链体结构的配体也被证实具有诱导和稳定生物体内G-四链体结构形成的能力,同时展现出对G-四链体相关的生物行为的调控作用。得益于G-四链体的特殊拓扑构型,一些G-四链体配体也被发现在结合G-四链体结构后,可以产生高效的酶催化或荧光信号,因此G-四链体结构及其配体也被广泛应用于生物传感领域。尽管通过体外表征技术对G-四链体结构的研究已日趋成熟,而在细胞层面实现对G-四链体结构及其功能的系统探索却依然存在着诸多困难。目前,针对细胞内G-四链体研究较为流行的策略是通过G-四链体小分子荧光探针在细胞层面实现对G-四链体结构的成像和定位研究。现有的G-四链体小分子荧光探针具备了可设计、特异性强、光学性质稳定等特点,但是在细胞成像过程中,依然存在着跨膜效率低、响应速度慢以及灵敏度较差等缺点,使其在细胞内G-四链体结构的实时追踪和动态监控等方面依然存在着巨大的挑战。针对上述G-四链体小分子荧光探针存在的缺陷,我们设计并开发了一种新型的苯并噻唑类G-四链体小分子荧光探针ThT-NE。ThT-NE不仅具备传统G-四链体小分子荧光探针的良好性质,同时基于合理的结构设计赋予了ThT-NE在生物成像中更好的细胞膜渗透能力,从而将其成功应用于快速响应宿主细胞内的HCV RNA G-四链体结构的研究中。此外,基于G-四链体小分子探针在生物传感中的优势,我们也构建了一种蛋白酶响应的滚环转录方法(PRCTA),并成功地将其应用于细胞提取物中MMP-2活性的超灵敏可视化检测之中。本文具体研究内容如下:(1)病毒RNA G-四链体荧光点亮探针的构建及其性质探究。RNA病毒对全球人类健康造成了巨大的威胁,因此在宿主细胞内构建病毒基因组的成像系统对病毒学研究以及临床诊断都具有重要的科学意义。然而目前缺少可实现在活细胞中对病毒基因组响应的免标记或免基因修饰的化学工具,因此我们设想以病毒基因组中的特殊二级结构作为靶点,构建响应病毒基因组的荧光点亮探针。本文以丙型肝炎病毒(HCV)为研究模型,首先对HCV RNA基因组中保守基因区域进行筛选获得可形成G-四链体结构的CG2a序列。同时以苯并噻唑结构为基础合成出新型G-四链体荧光探针ThT-NE,并利用分子动力学模拟(MDS)及密度泛函理论计算(DFT)对ThT-NE与G-四链体结构结合的发光机理进行了系统的分析,发现ThT-NE结合G-四链体后其分子内电荷转移被抑制,减少非辐射驰豫。实验结果表明ThT-NE特异性结合CG2a后荧光增强了1693倍,可响应低至0.008μM的CG2a,实现了对CG2a的灵敏响应。(2)病毒RNA G-四链体荧光点亮探针用于细胞成像。RNA在生命系统中发挥着重要的功能,由于RNA本身没有荧光,因此开发结合特定RNA结构的荧光小分子探针,将为实现细胞内RNA成像及RNA在生命系统中的功能研究提供强力的工具。鉴于ThT-NE对HCV RNA G-四链体结构的特异性识别能力,本章工作将进一步测试ThT-NE对宿主细胞中病毒RNA G-四链体结构的成像效果。通过对成像条件进行了优化,可以发现相比于其他G-四链体小分子荧光探针,ThT-NE具有更好的荧光成像对比度以及快速识别HCV RNA基因组的能力。此外,ThTNE还拥有良好的生物相容性和抗光漂白能力,为实现宿主细胞内HCV RNA基因组的实时成像奠定了基础。因此,ThT-NE在细胞成像中展现出了优异的性能,为后续点亮宿主细胞内HCV RNA基因组的荧光和对HCV的系统研究和实时诊断提供了条件。(3)病毒RNA G-四链体荧光点亮探针的应用研究。基于ThT-NE在宿主细胞成像中体现出的高特异性、高对比度和快速响应的成像性质,本章工作对天然HCV在宿主细胞内的生活周期进行了系统的研究。我们首先分析ThT-NE的荧光亮点与特异性亚细胞器荧光染料的共定位情况,得出HCV RNA基因组在宿主细胞内空间分布信息。其次,我们进一步对ThT-NE的荧光亮点以及被点亮的细胞数量进行统计,分析出HCV RNA基因组在宿主细胞内的复制周期和感染分布,实现了对天然HCV的感染过程的可视化监测。最后,ThT-NE还能诱导和稳定G-四链体结构,通过抑制HCV的复制和翻译过程产生抗病毒效应。因此,上述实验结果表明ThT-NE是一种极具潜力的实现活细胞内HCV诊断和治疗的化学工具,基于ThT-NE实现病毒基因组的荧光点亮也为病毒学研究提供了一种可实现病毒分析、医学诊断以及药物开发的新策略。(4)蛋白酶水解响应的滚环转录检测方法用于MMP-2的活性检测。由于蛋白酶在肿瘤的恶性进展过程中起着至关重要的作用,因此蛋白酶也被认为是多种癌症的生物标志物。目前,虽然免疫分析和基于底物肽的荧光探针等蛋白酶分析方法得到了开发,但是这些方法难以同时兼顾对蛋白酶检测的灵敏度和准确度。为了解决这一难题,本章工作将蛋白酶响应的RNA聚合酶(PR)和滚环转录技术(RCT)进行耦合,开发了一种基于蛋白酶响应的滚环转录检测方法(PRCTA)。在目标蛋白酶存在时,PR被特异性切割而激活其RNA聚合酶活性,启动后续RCT来产生超灵敏的信号输出。本章工作以肿瘤生物标志物基质金属蛋白酶-2(MMP-2)作为研究对象构建了PRCTA,其通过体外转录将MMP-2催化活性转换并扩增为多个串联的RNA G-四链体结构,并结合ThT产生荧光信号输出。PR与RCT的高效耦合显着地提高了PRCTA的信号增益,从而实现了对MMP-2活性的超灵敏检测,其检测限可低至3 f M。通过证明PRCTA在细胞内可完成MMP-2活性的检测,本章工作实现了将PRCTA应用于不同细胞裂解液中MMP-2活性的灵敏分析。并且进一步通过成像系统对信号进行可视化读取,实现了对正常细胞和癌细胞的区分,以及对癌细胞内MMP-2的可视化检测。因此,PRCTA具备的高效、灵敏、直观的检测性能,为蛋白酶分析、药物筛选以及预后评估等提供了理想的研究平台,在生物医学研究和癌症诊断方面显示出巨大的潜力。

李威[8](2020)在《基于荧光技术的纳米催化研究以及细胞成像》文中研究表明本论文主要利用荧光小分子受激后由弱荧光信号转化为强荧光信号来监测化学催化反应过程,生物体内金属离子的时空分布以及监测基于纳米氧化石墨烯的药物递送系统在癌细胞内释放药物的过程。化学催化反应是一个复杂的过程,涉及多步反应,多种中间产物。捕获中间产物的动态变化过程有助于弄清催化反应机理。由于中间产物含量低、寿命短,常规方法难以实时动态地监测中间产物的生成与转化。其次,生物体内的微量元素锌,参与了蛋白结构调控,神经信号传导等生命过程,其含量在正常细胞内存在动态平衡变化。实时动态地监测体内Zn2+的时空动态分布过程可以为调节和维持Zn2+在体内稳态提供重要依据。另外,药物递送系统将药物递送到癌细胞后,释放药物是一个动态变化过程。荧光标记技术可以实时动态地对药物递送系统递送过程以及释放药物过程进行监测。荧光技术分辨率高,灵敏度强,检测速度快,非常适用于监测含量低,寿命短,且存在动态变化的样本。因此,本论文利用荧光技术实时动态地研究了金纳米催化剂催化反应过程,监测Zn2+在阿尔兹海默症中的时空分布以及监测基于纳米氧化石墨烯的药物递送系统在癌细胞内释放药物的过程。具体如下:1.利用荧光小分子研究纳米金(Au NPs)在富集浓缩后的催化活性。500 nm硅烷化-SiO2通过静电相互作用吸附5 nm Au NPs,自组装形成Au NPs@SiO2复合物。这种自组装方法不仅能富集Au NPs,而且有效阻止了Au NPs集聚。我们进一步利用荧光小分子研究Au NPs@SiO2复合物的催化活性。催化活性研究结果显示,Au NPs@SiO2的催化活性是同浓度Au NPs的3倍。该复合物颗粒重复使用5次后,催化转换效率仍能保持在80%左右。并且,通过调节Au NPs在SiO2表面的组装密度,可精确调控Au NPs@SiO2催化活性。2.利用单分子荧光技术实时动态地研究局域表面等离子体共振(LSPR)增强光催化反应。等离子体介导的光催化提供了一种利用太阳能的新策略。在等离子体介导的光催化反应中确定决速步骤及其活化能,有助于理解热载子(热电子-空穴)的作用,有助于合理设计具有高光化学转化效率和催化性能的催化剂。然而,由于缺乏能够捕获中间产物的高时空分辨率研究工具,确定光催化反应中的决速步骤及其活化能仍然是一个挑战。因此,我们利用单分子荧光技术实时动态地研究局域表面等离子体共振(LSPR)增强光催化反应。通过在等离子光催化中引入可变温度作为独立参数,可以清楚地区分级联反应步骤的活化能,包括中间产物生成过程,产物生成过程和产物解离过程,并且发现中间产物生成过程是限速步骤。等离子体增强催化性能的原因是等离子体能够有效降低中间产物生成的活化能。这项研究为等离子体增强光催化中的光化学能转化途径提供了新的见解,并为设计高性能等离子体催化剂提供了理论依据。同时,也表明了单分子荧光技术在揭示纳米催化反应中具有显着作用。3.构建一种基于框架核酸(FNA)的荧光探针监测阿尔兹海默症中Zn2+的时空分布。锌是人体健康的必需元素。在生物体内,Zn2+的含量升高往往会引发神经衰退性疾病,比如阿尔兹海默症(AD)。实时动态地监测Zn2+在阿尔兹海默症发展进程中的时空分布对于理解Zn2+在发病中扮演的角色具有重要意义。因此,我们设计并合成了具有固定形貌,大小的FNA-Zn2+荧光探针。FNA-Zn2+荧光探针能够灵敏地监测Zn2+的浓度变化,实现了细胞内源锌的准确检测。用FNA-Zn2+荧光探针进一步监测了Zn2+随AD细胞发病进程的时空分布,我们发现在AD发病过程中,Zn2+浓度快速上升,Aβ发生聚集。最终,Zn2+含量和Aβ聚集体都趋于稳定,但仍高于正常水平2-3倍。该方法能够准确反映细胞内Zn2+的含量变化,为诊断和治疗阿尔兹海默症提供了新思路和新方法。4.采用荧光标记的方法研究响应谷胱甘肽(GSH)的纳米氧化石墨烯(NGO)药物递送系统(DDS)对肿瘤靶向治疗的过程。我们设计并制备了以二硫键作为谷胱甘肽响应开关的基于生化还原反应的NGO药物递送系统(DDS),并对其进行荧光标记。该DDS只有在癌细胞中才能被激活并使其释放疏水性抗癌药物。为了获得更好的生物相容性和多重功能,该DDS通过基于双功能化NGO平台,在NGO边缘修饰了六臂聚乙二醇,在NGO基平面修饰了巯基。该DDS具有合适的横向尺寸(180 nm),高载药率(20 wt%),选择性药物释放能力(在10 mM GSH中为90%),高生物利用度。该DDS对正常细胞(293T)和癌细胞(A549)的毒性存在显着差异。因此,我们的实验结果证实了由GSH触发的这种生物还原反应性DDS及其使用二硫键作为双功能NGO开关的构建方法显示出对肿瘤靶向治疗的潜力。

洪洁灵[9](2020)在《基于零模波导芯片的单分子荧光检测》文中认为单分子荧光显微镜是揭示动力学和分子结合的有力工具。但是受光的衍射极限限制,使得大部分单分子实验要求反应物浓度在纳摩尔及以下。而在许多生物和化学反应中,需要反应物浓度在微摩尔或者毫摩尔浓度下进行,例如代谢物、神经递质、酶和催化剂等物质都需在高浓度下进行反应。零模波导是在玻璃基底上镀上一层约为100 nm厚的金属薄膜,加工出具有阵列结构的纳米孔器件,孔径为50-150 nm,将反应体积控制仄升(z L,10-21L)级别。零模波导纳米孔的孔径小于光的衍射极限,突破了光的衍射极限,因此可以允许反应物浓度在高浓度下进行观测。此外,由于光无法进入孔内,大大降低了背景荧光。利用零模波导进行单分子荧光检测时,无需核酸等温扩增,实现了真正意义上的单分子检测。本论文利用零模波导芯片,实现单分子荧光检测,具体研究内容如下:(1)以光刻和刻蚀为基础,我们使用负性光刻胶在玻璃基底上加工出孔阵列的抗蚀剂柱子,利用电子束蒸发将靶材金镀在基底上和抗蚀剂柱子顶端,经过氢氟酸刻蚀除去抗蚀剂柱子后获得零模波导芯片。通过扫描电镜SEM表征,我们成功制备了符合要求的零模波导芯片。(2)核酸内切酶IV(Endo IV)的是一种DNA修复酶,可以识别双链DNA的脱嘌呤/嘧啶位点(AP位点),并对该损伤位点进行切割。Endo IV除了用于研究DNA的损伤与修复,还可以用于DNA靶标的信号放大和检测。在第二章中,为了能够观察到由DNA分子结合引起的荧光强度变化,我们基于Endo IV的特性设计了目标链和具有AP位点并且使用荧光标记的检测探针。首先将目标链固定在纳米孔底部,目标链与检测探针互补配对形成双链结构,在未加入Endo IV时,使用共聚焦激光扫描显微镜可以观察到荧光,对固定有目标链的孔进行定位。加入Endo IV后,特异性识别检测探针上的AP位点并进行切割导致荧光消失。此时,再次加入检测探针后,可以观察到荧光重新出现并再次被Endo IV切割的现象。实验结果证明,我们可以利用零模波导芯片实现实时单分子荧光检测。(3)KRAS基因突变会导致KRAS蛋白失活,影响细胞通路。胰腺癌、结肠癌、肺癌和卵巢癌等许多癌症有很大概率是由KRAS基因突变引起的。在第三章中,我们选取KRAS基因密码子12处的基因序列,设计了目标链和具有荧光标记的短链检测探针。短链DNA的结合是不稳定的,因此目标链与检测探针互补配对后产生荧光,结合一定时间后解离导致荧光消失。我们将目标链以单分子的形式固定在芯片底部,随后将零模波导芯片放置在共聚焦激光扫描显微镜载物台上,加入不同浓度的检测探针后,实时监测荧光强度的变化。实验结果证明,我们观察到了单个分子的结合和解离。相比于其他技术,利用零模波导芯片有望实现真正意义上的单分子测序,识别单碱基错配。同时零模波导的纳米孔阵列结构提供了高通量检测的可能性。

王霞[10](2020)在《香豆素衍生物荧光探针的合成及其在生物成像中的应用》文中提出荧光探针由于具有选择性强、灵敏度高、操作方法简单,且可实现无创实时监测的等优点,被广泛应用于生物成像研究领域。香豆素类化合物是一类广泛分布于植物界的次生代谢物质,其基本母核结构苯并吡喃本身无荧光特性。然而,当7位或3、4位被某些取代基取代以后,就会产生较强的荧光信号,且具有较高的荧光量子产率、较大的Stokes位移、光化学性可调节和光稳定性较好等特点,是一种理想的荧光传感分子,被广泛应用于生物荧光传感的研究。本论文采用化学反应的方法,合成了具有细胞器靶向的3个香豆素类衍生物,为丰富香豆素类化合物荧光探针的制备及疾病诊断与治疗的细胞成像观察奠定和积累实验基础。具体内容如下:第一部分基于ICT化学发光机理以4-(二乙氨基)水杨醛和4,6-二羟基-2-巯基嘧啶为原料,通过化学方法合成了一种香豆素衍生物荧光探针(8-(二乙氨基)-2-硫代氧杂-2,3-二氢-4H铬[2,3-d]嘧啶-4-酮,探针2-1)。实验结果表明,当连硫代巴比妥酸功能性基团后,该探针能快速特异性地与细胞膜上GABAA受体中巴比妥酸位点结合,能长时间对多种活体细胞膜进行实时荧光成像。与商业染料DiI相比,该荧光探针具有合成方法简单,光稳定性强,细胞毒性低,与细胞孵育后能在短时间内靶向细胞膜(<5 min)且能长时间稳定(3h),能对细胞成像进行免洗处理,是一种较为理想的靶向细胞膜的荧光探针。此外,论文对该荧光探针用于GABAA受体药物筛选进行了初步探讨,结果表明该荧光探针对细胞膜上的其他受体没有特异性,可以作为一种筛选GABAA受体药物的有效工具,值得进一步深入研究。第二部分采用化学合成的方法,基于TICT化学发光机理得到2种结构类似的香豆素衍生物荧光探针((E)-2-(2-(2-(7-(二乙氨基)-2-氧代-2H-铬-3-基)乙烯基)-3-甲基苯并[d]噻唑-3-碘化铵,探针3-1和(E)-2-(2-(7-(二乙氨基)-2-氧代-4-(噻吩-2-基)-2H-铬-3-基)乙烯基)-3-甲基苯并[d]噻唑-3-碘化铵,探针3-2)。实验结果表明,由于2个探针结构上的细微差异,使得它们对DNA和RNA的结合产生明显差异。分子对接结果表明,4位引入噻吩杂环,使得探针3-2的三维分子结构趋于曲面构型,且RNA为单链结构,相比于DNA双链结构而言,更容易折叠弯曲,导致探针3-2与RNA具有更好的特异性结合能力。由相对应的实验结果可以看出,2种香豆素类荧光探针分子的细胞毒性均较低,且与商业化染料相比,具有良好的相关系数(重叠系数分别为0.91和0.95),这表明2种荧光探针均能很好地靶向线粒体。同时,由于结构中正电荷和扭转键的存在,2种荧光探针能够对线粒体内膜电位和粘度具有特异性响应,又因为这两个特性在正常细胞和癌细胞中的差异较为显着,所以能够用于区分正常细胞和癌细胞,从而实现正常组织与肿瘤组织的区别,用于癌症的诊断,是一类非常具有开发潜力的小分子荧光探针。综上所述,本论文根据香豆素化学结构的特点及其光学特性,运用化学合成的方法,制备了 3种具有细胞器靶向的小分子荧光探针,进一步拓宽了香豆素类化合物在荧光生物成像中的实际应用,为此后香豆素衍生物荧光探针的开发和应用奠定了实验基础和科学依据。

二、DNA分子荧光探针(论文开题报告)

(1)论文研究背景及目的

此处内容要求:

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例:

本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。

(2)本文研究方法

调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

三、DNA分子荧光探针(论文提纲范文)

(1)有机小分子荧光探针检测核酸的研究进展(论文提纲范文)

1 设计思路、反应机理和生物应用
2 检测核糖核酸的有机小分子荧光探针
3 检测脱氧核糖核酸的有机小分子荧光探针
4 检测核糖核酸和其他生物分子的有机小分子荧光探针
5 检测脱氧核糖核酸和其他生物分子的有机小分子荧光探针
6 检测核糖核酸和脱氧核糖核酸的有机小分子荧光探针
7 展望

(2)框架核酸荧光纳米探针的设计及应用(论文提纲范文)

摘要
Abstract
第1章 绪论
    1.1 DNA纳米结构的发展
        1.1.1 基于DNA tile的自组装
        1.1.2 基于DNA brick的自组装
        1.1.3 基于DNA origami的自组装
    1.2 DNA纳米结构在多路复用中的应用
        1.2.1 荧光比率编码条形码
        1.2.2 几何形状编码条形码
        1.2.3 其他编码方式
    1.3 荧光偏振各向异性简介
        1.3.1 荧光偏振各向异性的发展
        1.3.2 单光子稳态和时间分辨荧光各向异性
        1.3.3 双光子荧光各向异性
        1.3.4 荧光偏振各向异性的应用
    1.4 本课题的提出
第2章 嵌入式染料荧光excimer检测DNA瞬时构象变化
    2.1 引言
    2.2 实验部分
        2.2.1 实验材料
        2.2.2 实验仪器
        2.2.3 实验步骤
    2.3 实验结果与讨论
        2.3.1 K21染料的合成与表征
        2.3.2 K21染料的光物理性质
        2.3.3 K21染料与DNA的结合行为研究
        2.3.4 K21染料与DNA瞬时构象变化研究
        2.3.5 K21染料与DNA的结合机制
        2.3.6 碱基错配双链DNA和拓扑结构区分
        2.3.7 DNA质粒的拓扑重构检测
    2.4 结论
第3章 DNA四面体对嵌入式染料荧光各向异性的影响
    3.1 引言
    3.2 实验部分
        3.2.1 实验材料
        3.2.2 实验仪器
        3.2.3 实验步骤
    3.3 实验结果与讨论
        3.3.1 TDN的合成与表征
        3.3.2 TDN尺寸对SYBR Green I和 DAPI的荧光各向异性的影响
        3.3.3 TDN尺寸对DiYO-1 的荧光各向异性的影响
    3.4 结论
第4章 基于框架核酸编码荧光各向异性条形码的构建
    4.1 引言
    4.2 实验部分
        4.2.1 实验材料
        4.2.2 实验仪器
        4.2.3 实验步骤
    4.3 实验结果与讨论
        4.3.1 FAF提高荧光各向异性的稳定性
        4.3.2 FAF精确编程荧光分子的荧光各向异性
        4.3.3 FAF条形码的二维编码和成像
        4.3.4 Micro-RNA检测
        4.3.5 细胞分选
    4.4 结论
第5章 总结与展望
参考文献
致谢
作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果

(3)基于单分子计数的荧光生物传感器检测肿瘤标志物的研究(论文提纲范文)

摘要
Abstract
第一章 绪论
    1.1 荧光单分子检测技术
    1.2 肿瘤标志物概述
    1.3 基于单分子计数的荧光生物传感器在生化分析中的应用
        1.3.1 检测DNA
        1.3.2 检测MicroRNA
        1.3.3 检测酶活性
        1.3.4 检测循环肿瘤细胞
    1.4 本论文的研究意义及研究内容
    参考文献
第二章 核酸内切酶IV辅助信号放大的单分子荧光生物传感器检测DNA甲基化
    2.1 引言
    2.2 实验部分
        2.2.1 试剂和仪器
        2.2.2 DNA甲基化检测
        2.2.3 单分子检测和数据分析
        2.2.4 凝胶电泳和荧光检测
        2.2.5 检测混合物中DNA甲基化水平
        2.2.6 基因组中甲基化水平的检测
    2.3 结果与讨论
        2.3.1 DNA甲基化检测原理
        2.3.2 实验方法可行性验证
        2.3.3 实验条件优化
        2.3.4 实验方法的灵敏度
        2.3.5 实验方法的特异性
        2.3.6 基因组中DNA甲基化的检测
    2.4 结论
    参考文献
第三章 双向链置换扩增用于在单分子水平上同时检测多种DNA糖基化酶
    3.1 引言
    3.2 实验部分
        3.2.1 试剂和仪器
        3.2.2 双功能DNA探针的制备
        3.2.3 DNA糖基化酶诱导的碱基切除反应和链置换扩增反应
        3.2.4 凝胶电泳和荧光测量
        3.2.5 单分子检测和数据分析
        3.2.6 抑制剂实验
        3.2.7 细胞培养和酶提取
    3.3 结果与讨论
        3.3.1 DNA糖基化酶检测原理
        3.3.2 实验方法可行性验证
        3.3.3 优化实验条件
        3.3.4 实验方法的灵敏度
        3.3.5 实验方法的特异性
        3.3.6 动力学分析
        3.3.7 抑制剂分析
        3.3.8 实际样品分析
    3.4 结论
    参考文献
总结
攻读硕士学位期间的科研成果
致谢

(4)基于含四氢噻吩结构的小分子荧光探针的手性羧酸识别研究(论文提纲范文)

摘要
abstract
第一章 绪论
    1.1 研究背景及意义
    1.2 荧光探针的简介
    1.3 荧光探针的结构
    1.4 荧光探针识别机制
        1.4.1 共价识别机制
        1.4.2 非共价识别机制
    1.5 荧光探针识别机理
        1.5.1 光诱导电子转移(Photoinduced Electron Transfer,简称 PET)
        1.5.2 分子内电荷转移(Intramolecular Charge Transfer,简称 ICT)
        1.5.3 荧光共振能量转移(Fluorescence Resonance Energy Transfer,简称 FRET)
        1.5.4 聚集诱导发光(Aggregation-Induced Emission,简称 AIE)
        1.5.5 其它识别机理
    1.6 手性识别的研究进展
        1.6.1 基于光谱法手性识别研究进展
        1.6.2 基于色谱法手性识别研究进展
        1.6.3 基于电化学方法手性识别研究进展
    1.7 本论文研究的主要内容
第二章 荧光探针的高效合成研究
    2.1 引言
    2.2 实验部分
        2.2.1 试剂和仪器
        2.2.2 底物的制备
        2.2.3 催化剂的制备
        2.2.4 手性荧光探针的制备
    2.3 分析与表征
    2.4 结论
第三章 荧光探针用于识别手性羧酸
    3.1 引言
    3.2 实验部分
        3.2.1 仪器与试剂
        3.2.2 手性荧光探针分子S的紫外光谱
        3.2.3 溶液配制
    3.3 结果与讨论
    3.4 结论
全文总结
参考文献
附录1 核磁谱图
附录2 红外谱图
附录3 荧光光谱
附录4 紫外光谱
附录5 荧光光谱
致谢
研究生期间成果

(5)微环境敏感型小分子荧光探针及其在细胞和组织成像中的应用(论文提纲范文)

摘要
ABSTRACT
第一章 绪论
    引言
    1.1 荧光学原理
        1.1.1 荧光的产生
        1.1.2 荧光的特性
        1.1.3 荧光成像原理
    1.2 荧光探针的识别机理
        1.2.1 分子内电荷转移(ICT)和扭曲分子内电荷转移(TCT)
        1.2.2 光诱导电子转移(PET)
        1.2.3 激发态分子内质子转移(ESIPT)
        1.2.4 荧光共振能量转移(FRET)
        1.2.5 聚集诱导发光(AIE)
        1.2.6 激基缔合物(Excimers)
        1.2.7 两种机理的协同作用
    1.3 环境敏感型探针
        1.3.1 酸性敏感荧光探针
        1.3.2 黏性敏感荧光探针
        1.3.3 极性敏感荧光探针
        1.3.4 温度敏感荧光探针
    1.4 单分子双靶标荧光探针
        1.4.1 双靶向细胞器荧光探针
        1.4.2 双靶向分子荧光探针
        1.4.3 同时靶向细胞器/分子荧光探针
    1.5 内质网探针的研究现状
    1.6 直接在组织中成像细胞器荧光探针
    1.7 本论文的主要内容和创新
    参考文献
第二章 探针的合成与表征
    2.1 同时、双色成像细胞核和线粒体的pH敏感型荧光探针
    2.2 带有长烷基链的黏度敏感型内质网荧光探针
        2.2.1 探针HTMP和HTMP-16的合成
        2.2.2 探针DCP-12和DCP-18的合成
    2.3 黏度敏感型细胞膜荧光探针
    2.4 黏度敏感型核仁荧光探针
        2.4.1 碘盐中间体的合成
        2.4.2 MTBOI、IVMOI、HTQI及HOQI的合成
        2.4.3 DSQE、ECMOI及HMBTI的合成
第三章 pH敏感型单分子双靶标荧光探针及细胞凋亡的观测
    引言
    3.1 探针分子设计
    3.2 实验方法
        3.2.1 吸收和发射光谱的测试
        3.2.2 DNA结合常数的测量
        3.2.3 细胞染色及复染实验
        3.2.4 DNA消化实验
        3.2.5 探针与DNA结合的理论计算方法
        3.2.6 CCCP处理实验
        3.2.7 乳酸盐和丙酮酸盐的处理实验
        3.2.8 鱼藤酮处理实验
        3.2.9 紫杉醇处理实验
        3.2.10 细胞毒性实验
    3.3 光物理性质
    3.4 细胞成像实验
    3.5 机理探讨
    3.6 区分活细胞和损伤细胞
    3.7 可视化细胞凋亡
    3.8 光稳定性和细胞毒性
    3.9 小结
    参考文献
第四章 黏度敏感型长链内质网探针及内质网自噬的观测
    引言
    4.1 探针分子设计
    4.2 实验方法
        4.2.1 吸收和发射光谱的测试
        4.2.2 细胞培养和成像实验
        4.2.3 活细胞和固定细胞染色实验
        4.2.4 细胞共定位实验
        4.2.5 双氧水处理实验
        4.2.6 衣霉素处理实验
        4.2.7 饥饿处理实验
        4.2.8 雷帕霉素处理实验
        4.2.9 细胞毒性实验
    4.3 光物理性质
    4.4 细胞成像实验
    4.5 机理探讨
    4.6 观测内质网黏度
    4.7 追踪内质网自噬
    4.8 光稳定性和细胞毒性
    4.9 小结
    参考文献
第五章 黏度敏感型细胞膜荧光探针及组织成像的应用
    引言
    5.1 探针分子设计
    5.2 实验方法
        5.2.1 吸收和发射光谱的测试
        5.2.2 细胞培养和成像实验
        5.2.3 活细胞和固定细胞染色实验
        5.2.4 细胞共染实验
        5.2.5 组织的制备及染色实验
        5.2.6 细胞毒性实验
    5.3 光物理性质
    5.4 细胞成像实验
    5.5 机理探讨
    5.6 成像组织中的细胞膜
    5.7 成像组织中的T-小管
    5.8 光稳定性和细胞毒性
    5.9 小结
    参考文献
第六章 黏度敏感型核仁探针的初步探索及组织成像的应用
    引言
    6.1 探针分子设计
    6.2 实验方法
        6.2.1 吸收和发射光谱的测试
        6.2.2 核酸滴定实验
        6.2.3 细胞培养和染色实验
        6.2.4 RNA消化实验
        6.2.5 组织染色及成像实验
        6.2.6 细胞毒性实验
    6.3 光物理性质
    6.4 细胞成像实验
    6.5 机理探讨
    6.6 IVMOI与Hoechst 33342的共染实验
    6.7 成像组织中的核仁
    6.8 光稳定性和细胞毒性
    6.9 小结
    参考文献
第七章 总结与展望
    7.1 论文总结
    7.2 创新点
    7.3 工作展望
致谢
攻读博士期间取得的成果
附录
附件
学位论文评阅及答辩情况表

(6)用于水解酶活性检测的小分子荧光传感器的合成与应用(论文提纲范文)

中文摘要
Abstract
第一章 绪论
    1.1 引言
    1.2 荧光传感器
        1.2.1 荧光及其产生机理
        1.2.2 荧光传感器的构成
        1.2.3 荧光传感器的检测机理
        1.2.4 荧光传感器的类型
    1.3 酶以及酶的分类
    1.4 与疾病相关酶类的活性荧光传感器
        1.4.1 水解酶类荧光传感器
        1.4.2 氧化酶类荧光传感器
        1.4.3 还原酶类荧光传感器
        1.4.4 其他酶类荧光传感器
    1.5 论文的选题意义以及研究内容
    参考文献
第二章 线粒体靶向的荧光传感器用于小鼠肝脏中丁酰胆碱酯酶活性成像
    2.1 引言
    2.2 实验部分
        2.2.1 仪器和方法
        2.2.2 NBD的合成
        2.2.3 探针BChE-NBD的合成
        2.2.4 稳态紫外可见吸收和荧光光谱
        2.2.5 检出限的计算
        2.2.6 细胞毒性试验
        2.2.7 细胞培养和共聚焦显微镜成像
        2.2.8 斑马鱼的实时成像
        2.2.9 小鼠中的荧光成像
    2.3 结果与讨论
        2.3.1 BChE-NBD探针对BChE的光谱性质
        2.3.2 BChE-NBD对BChE的检测限和特异性识别
        2.3.3 BChE-NBD对BChE的动力学表征
        2.3.4 机制的探索
        2.3.5 人血清和小牛血清中BChE-NBD的光谱特性
        2.3.6 HeLa和HEK293T细胞中内源性BChE的细胞成像
        2.3.7 BChE-NBD在HEK293T和HeLa细胞中的共定位实验
        2.3.8 斑马鱼的荧光共聚焦成像
        2.3.9 小鼠荧光成像
    2.4 结论
    参考文献
第三章 基于活性的比率荧光小分子传感器用于内源性监测细胞内的中性粒细胞弹性蛋白酶
    3.1 引言
    3.2 实验部分
        3.2.1 仪器和方法
        3.2.2 荧光团DCD的合成
        3.2.3 荧光传感器DCDF的合成
        3.2.4 光物理性质的测量
    3.3 结果与讨论
        3.3.1 DCDF对NE的紫外-可见光吸收和荧光发射光谱特性
        3.3.2 DCDF对NE的选择性检测
        3.3.3 DCDF对NE的时间依赖性荧光响应
        3.3.4 DCDF对NE的检测限和Michaelis-Menten曲线的动力学特征
        3.3.5 DCDF对NE的pH效应
        3.3.6 机制的探索
        3.3.7 活细胞中NE的可视化成像
    3.4 结论
    参考文献
第四章 红光发射的比率荧光传感器对炎症模型小鼠中焦谷氨酸氨基肽酶-1 的成像
    4.1 引言
    4.2 实验部分
        4.2.1 仪器与方法
        4.2.2 检出限的计算
        4.2.3 具体的选择性测试实验
        4.2.4 细胞毒性测试
        4.2.5 细胞培养和共聚焦显微镜成像
        4.2.6 肿瘤小鼠模型中的荧光成像
    4.3 结果与讨论
        4.3.1 DP-1对PGP-1的光谱性质
        4.3.2 机制探索
        4.3.3 免疫增强剂在活细胞中上调PGP-1表达的细胞成像实验
        4.3.4 肿瘤模型小鼠的成像
    4.4 结论
    参考文献
第五章 用于体内快速检测焦谷氨酸氨基肽酶-1的超灵敏近红外比率荧光免疫传感器
    5.1 引言
    5.2 实验部分
        5.2.1 仪器与表征方法
        5.2.2 传感器的合成
        5.2.3 体外实验测量
        5.2.4 细胞实验测量
        5.2.5 小鼠实验测量
    5.3 结果与讨论
        5.3.1 TP-1与PGP-1的光谱性质
        5.3.2 TP-1对PGP-1的检测机制探索
        5.3.3 药物诱导活细胞中PGP-1上调的共聚焦成像
        5.3.4 炎症模型小鼠和肿瘤模型小鼠成像
    5.4 结论
    参考文献
第六章 总结与展望
    6.1 总结
    6.2 创新性
    6.3 展望
附录
    附录A BChE-NBD的核磁和质谱数据
    附录B DCDF的核磁和质谱数据
    附录C DP-1的核磁和质谱数据
    附录D TP-1的核磁和质谱数据
在学期间的研究成果
致谢

(7)基于鸟嘌呤四链体荧光点亮系统的生物成像和分析传感研究(论文提纲范文)

摘要
Abstract
第1章 绪论
    1.1 G-四链体
        1.1.1 G-四链体的结构
        1.1.2 G-四链体的功能
        1.1.3 病毒G-四链体简介
    1.2 G-四链体小分子荧光探针
        1.2.1 G-四链体小分子荧光探针的简介
        1.2.2 G-四链体小分子荧光探针在细胞成像中的应用
    1.3 G-四链体在生化分析中的应用
    1.4 滚环转录技术的简介
    1.5 本论文的研究构思
第2章 病毒RNA G-四链体荧光点亮探针的构建及其性质探究
    2.1 前言
    2.2 实验部分
        2.2.1 实验仪器与试剂
        2.2.2 寡核苷酸(RNA)
        2.2.3 圆二色谱实验
        2.2.4 荧光光谱实验
        2.2.5 凝胶电泳分析
        2.2.6 解离常数测定
        2.2.7 密度泛函理论计算(DFT)
        2.2.8 分子动力学模拟(MDS)
    2.3 结果与讨论
        2.3.1 荧光探针合成与表征
        2.3.2 ThT-NE的机理探究
        2.3.3 ThT-NE的发光性质
    2.4 本章小结
第3章 病毒RNA G-四链体荧光点亮探针用于细胞成像
    3.1 前言
    3.2 实验部分
        3.2.1 实验仪器与试剂
        3.2.2 寡核苷酸(RNA)
        3.2.3 圆二色谱实验
        3.2.4 荧光光谱实验
        3.2.5 荧光量子产率测定
        3.2.6 细胞毒性实验
        3.2.7 细胞培养及成像
    3.3 结果与讨论
        3.3.1 ThT-NE的细胞成像性质探究
        3.3.2 苯并噻唑类G-四链体小分子荧光探针的性质优化
        3.3.3 ThT-NE用于宿主细胞的快速成像
    3.4 本章小结
第4章 病毒RNA G-四链体荧光点亮探针的应用研究
    4.1 前言
    4.2 实验部分
        4.2.1 实验仪器与试剂
        4.2.2 寡核苷酸(DNA/RNA)
        4.2.3 细胞培养及成像
        4.2.4 配体竞争及酶切实验
        4.2.5 免疫荧光实验
        4.2.6 细胞流式实验
        4.2.7 荧光定量RT-PCR实验
        4.2.8 蛋白免疫印迹实验
        4.2.9 荧光原位杂交实验
        4.2.10 HCV纯化及病人血清感染实验
        4.2.11 抗病毒实验
    4.3 结果与讨论
        4.3.1 ThT-NE的成像特异性研究
        4.3.2 ThT-NE对HCV基因组的定位分析
        4.3.3 ThT-NE对HCV感染和增殖的监测
        4.3.4 ThT-NE对HCV的抑制功能
        4.3.5 本章小结
第5章 蛋白酶水解响应的滚环转录方法用于MMP-2的活性检测
    5.1 前言
    5.2 实验部分
        5.2.1 实验仪器与试剂
        5.2.2 环形DNA模板CDT的构建
        5.2.3 蛋白酶水解及滚环转录反应
        5.2.4 凝胶电泳实验
        5.2.5 圆二色谱实验
        5.2.6 转录产物的荧光测定
        5.2.7 水解MALDI-TOF表征
        5.2.8 荧光滴定实验
        5.2.9 细胞培养
        5.2.10 细胞裂解液制备
        5.2.11 蛋白免疫印迹实验
        5.2.12 可视化检测
    5.3 结果和讨论
        5.3.1 CDT的表征及MMP-2水解反应的验证
        5.3.2 PRCTA的构建及转录产物的表征
        5.3.3 PRCTA的特异性验证及MMP-2活性的检测
        5.3.4 PRCTA用于细胞裂解液中的MMP-2活性的检测
        5.3.5 PRCTA用于MMP-2活性的可视化检测
    5.4 本章小结
结论
参考文献
附录A 相关化合物的核磁谱图
附录B 攻读学位期间所发表的学术论文
致谢

(8)基于荧光技术的纳米催化研究以及细胞成像(论文提纲范文)

摘要
Abstract
第1章 绪论
    1.1 荧光
        1.1.1 斯托克位移和荧光光谱
        1.1.2 荧光寿命
        1.1.3 荧光量子产率
    1.2 荧光分子的应用
        1.2.1 荧光反应
        1.2.2 荧光探针
        1.2.3 荧光标记
    1.3 荧光技术
        1.3.1 荧光分光光谱技术
        1.3.2 单分子荧光技术-全内反射荧光显微技术
        1.3.3 激光扫描共聚焦显微技术
    1.4 总结和本课题的提出
第2章 利用荧光小分子研究负载于SiO2表面的金颗粒的催化活性
    2.1 引言
    2.2 实验部分
        2.2.1 实验试剂和仪器
        2.2.2 实验步骤
    2.3 结果和讨论
        2.3.1 Au NPs@SiO2 的自组装及其表征
        2.3.2 Au NPs@SiO2 的催化活性研究
        2.3.3 Au NPs@SiO2 的稳定性研究
    2.4 结论
第3章 利用单分子荧光技术揭示光催化机理
    3.1 引言
    3.2 实验部分
        3.2.1 实验试剂和仪器
        3.2.2 实验步骤
    3.3 结果和讨论
        3.3.1 宏观水平上光照增强金纳米棒催化的荧光反应
        3.3.2 单分子水平上等离子体增强金纳米棒的催化活性
        3.3.3 单分子技术可识别中间产物生成步和限速步
        3.3.4 等离子体光催化中限速步骤活化能的鉴定
        3.3.5 补偿效应和等速效应解释热载子在增强催化中的作用
    3.4 结论
第4章 利用荧光探针监测Zn2+在AD疾病模型中的时空分布
    4.1 引言
    4.2 实验部分
        4.2.1 实验试剂和仪器
        4.2.2 实验步骤
    4.3 结果与讨论
        4.3.1 烷基DNA单链的表征
        4.3.2 烷基FNA的表征
        4.3.3 BPEA与 FNA的疏水自组装及其表征
        4.3.4 FNA-BPEA的性质
        4.3.5 FNA-BPEA对细胞内源Zn2+的检测
        4.3.6 FNA-BPEA 对 AD 细胞模型中锌的时空分布监测
    4.4 结论
第5章 利用荧光标记研究纳米氧化石墨烯药物递送载体的药物释放
    5.1 引言
    5.2 实验部分
        5.2.1 实验试剂与仪器
        5.2.2 实验步骤
    5.3 结果与讨论
        5.3.1 PEG-NGO-SH载体和前药的制备和表征
        5.3.2 通过硫醇-二硫键交换将抗癌药物加载到PEG-NGO-SH上
        5.3.4 PEG-NGO-S-S-PTX的体外药物释放行为
        5.3.5 DDS的细胞摄取和细胞毒性评估
    5.4 结论
第6章 总结与展望
参考文献
致谢
作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果

(9)基于零模波导芯片的单分子荧光检测(论文提纲范文)

摘要
Abstract
第1章 绪论
    1.1 引言
    1.2 单分子荧光检测
        1.2.1 单分子荧光检测原理
        1.2.2 单分子荧光检测的关键
    1.3 单分子光学成像技术
        1.3.1 全内反射荧光显微术
        1.3.2 近场扫描光学显微术
        1.3.3 受激发射损耗显微术
    1.4 零模波导
        1.4.1 零模波导原理
        1.4.2 零模波导制备工艺
        1.4.3 零模波导应用
    1.5 本论文的构想
第2章 基于零模波导和核酸内切酶IV的检测
    2.1 引言
    2.2 实验部分
        2.2.1 试剂与仪器设备
        2.2.2 制备零模波导芯片
        2.2.3 零模波导芯片底部修饰
        2.2.4 实验过程
    2.3 结果与讨论
        2.3.1 实验设计原理
        2.3.2 零模波导芯片表征结果
        2.3.3 单个DNA分子检测的实现
        2.3.4 单分子自由扩散
        2.3.5 酶切
        2.3.6 荧光闪烁
    2.4 本章小结
第3章 基于零模波导芯片和KRAS基因的检测
    3.1 引言
    3.2 实验部分
        3.2.1 仪器与设备
        3.2.2 制备零模波导芯片
        3.2.3 零模波导芯片底部修饰
        3.2.4 实验过程
    3.3 结果与讨论
        3.3.1 实验设计原理
        3.3.2 荧光标记优化
        3.3.3 单个DNA分子检测的实现
        3.3.4 单分子自由扩散
        3.3.5 检测KRAS基因
    3.4 本章小结
结论
参考文献
附录A 攻读学位期间所发表的学术论文目录
致谢

(10)香豆素衍生物荧光探针的合成及其在生物成像中的应用(论文提纲范文)

摘要
Abstract
英文缩略词
第一章 绪论
    1.1 荧光探针发光机理
        1.1.1 分子内电荷转移(ICT)效应
        1.1.2 扭曲的分子内电荷转移(TICT)效应
        1.1.3 荧光共振能量转移(FRET)效应
        1.1.4 激发态分子内质子转移(ESIPT)效应
        1.1.5 聚集诱导发光(AIE)效应
        1.1.6 光致电子转移(PET)效应
    1.2 功能化靶向探针设计的一般原则
        1.2.1 激光共聚焦技术及发展现状
        1.2.2 荧光探针靶向细胞器的类型
    1.3 香豆素类化合物
        1.3.1 香豆素类化合物概述
        1.3.2 香豆素类荧光探针的研究进展
    1.4 本文研究内容及意义
第二章 一种具有特异性识别GABAA受体荧光探针的制备及细胞膜成像研究
    2.1 引言
    2.2 实验部分
        2.2.1 主要实验仪器
        2.2.2 主要实验试剂
        2.2.3 探针2-1的合成
        2.2.4 实验溶液的配制
    2.3 结果与讨论
        2.3.1 探针的光谱性能研究
        2.3.2 探针2-1生物成像应用
    2.4 本章小结
第三章 具有特异性识别DNA和RNA荧光探针的制备及生物成像研究
    3.1 引言
    3.2 实验部分
        3.2.1 主要实验仪器和试剂
        3.2.2 探针3-1和3-2的合成
    3.3 结果与讨论
        3.3.1 探针3-1、3-2的光谱性能测试
        3.3.2 探针3-1、3-2与目标物的模拟实验
        3.3.3 探针3-1、3-2对目标物的检测
        3.3.4 探针3-1、3-2生物成像应用
    3.4 本章小结
结论
参考文献
论文附图
个人简历及攻读学位期间取得的研究成果
致谢

四、DNA分子荧光探针(论文参考文献)

  • [1]有机小分子荧光探针检测核酸的研究进展[J]. 漆亚林,王海蓉,曹玉瑶,朱海亮. 中国科学:生命科学, 2022(03)
  • [2]框架核酸荧光纳米探针的设计及应用[D]. 黄秋灵. 中国科学院大学(中国科学院上海应用物理研究所), 2021(01)
  • [3]基于单分子计数的荧光生物传感器检测肿瘤标志物的研究[D]. 胡金萍. 山东师范大学, 2021(12)
  • [4]基于含四氢噻吩结构的小分子荧光探针的手性羧酸识别研究[D]. 白亚茹. 延安大学, 2021(11)
  • [5]微环境敏感型小分子荧光探针及其在细胞和组织成像中的应用[D]. 杨锐. 山东大学, 2021(11)
  • [6]用于水解酶活性检测的小分子荧光传感器的合成与应用[D]. 曹婷. 兰州大学, 2021(09)
  • [7]基于鸟嘌呤四链体荧光点亮系统的生物成像和分析传感研究[D]. 骆星宇. 湖南大学, 2020(02)
  • [8]基于荧光技术的纳米催化研究以及细胞成像[D]. 李威. 中国科学院大学(中国科学院上海应用物理研究所), 2020(01)
  • [9]基于零模波导芯片的单分子荧光检测[D]. 洪洁灵. 湖南大学, 2020(07)
  • [10]香豆素衍生物荧光探针的合成及其在生物成像中的应用[D]. 王霞. 郑州大学, 2020(02)

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DNA分子荧光探针
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